蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測通常被認(rèn)為是蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測的第一步，二級結(jié)構(gòu)是指α螺旋和β折疊等規(guī)則的蛋白質(zhì)局部結(jié)構(gòu)元件。不同的氨基酸殘基對于形成不同的二級結(jié)構(gòu)元件具有不同的傾向性。按蛋白質(zhì)中二級結(jié)構(gòu)的成分可以把球形蛋白分為全α蛋白、全β蛋白、α＋β蛋白和α/β蛋白等四個(gè)折疊類型。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的算法大多以已知三維結(jié)構(gòu)和二級結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)為依據(jù)，用過人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、遺傳算法等技術(shù)構(gòu)建預(yù)測方法。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件目前較為常用的幾種方法有：PHD、PSIPRED、Jpred、PREDATOR、PSA，其中最常用的是PHD。PHD結(jié)合了許多神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的成果，每個(gè)結(jié)果都是根據(jù)局部序列上下文關(guān)系和整體蛋白質(zhì)性質(zhì)（蛋白質(zhì)長度、氨基酸頻率等）來預(yù)測殘基的二級結(jié)構(gòu)。那么，最終的預(yù)測是這些神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)每個(gè)輸出的算術(shù)平均值。這種結(jié)合方案被稱為陪審團(tuán)決定法（jurydecision）或者稱為所有勝利者（winner-take-all）法。PHD被認(rèn)為是二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的標(biāo)準(zhǔn)?？偟膩碚f，二級結(jié)構(gòu)預(yù)測仍是未能完全解決的問題，一般對于α螺旋預(yù)測精度較好，對β折疊差些，而對除α螺旋和β折疊等之外的無規(guī)則二級結(jié)構(gòu)則效果很差。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件PHD的使用請見人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法中的“基于人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型的預(yù)測軟件PHDsec使用簡介”.nnPredict：http://nnpredict算法使用了一個(gè)雙層、前饋神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)去給每個(gè)氨基酸分配預(yù)測的類型。在預(yù)測時(shí)，服務(wù)器使用FASTA格式的文件，其中有單字符或三字符的序列以及蛋白質(zhì)的折疊類（α、β或α/β）。殘基被分為幾類，如α螺旋（H）、β鏈（E）或其它（－）。若對給定殘基未給出預(yù)測，則會(huì)標(biāo)上問號（？），這說明無法作出可信的分配。若沒有關(guān)于折疊類的信息，預(yù)測也能在不定折疊類的情況下進(jìn)行，而且這是缺省的工作方式。據(jù)報(bào)道，對于最佳實(shí)例的預(yù)測，nnpredict的準(zhǔn)確率超過了65%。PredictProtein：/predictprotein/國內(nèi)鏡像：http:///蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件PredictProtein在預(yù)測中應(yīng)用了略為不同的方法。首先，蛋白質(zhì)序列被作為查詢序列在SWISS-PROT庫中搜索相似的序列。當(dāng)相似的序列被找到后，一個(gè)名為MaxHom的算法被用來進(jìn)行一次基于特征簡圖的多序列比對。MaxHom用迭代的方法來構(gòu)造比對：當(dāng)?shù)谝淮嗡阉鱏WISS-PROT后，所有找到的序列與查詢序列進(jìn)行比對，并構(gòu)造出一個(gè)比對后的特征簡圖。然后，這個(gè)簡圖又被用來在SWISS-PROT中搜索新的相似序列。由MaxHom產(chǎn)生的多序列比對隨后被置入一個(gè)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，用PHD的方法進(jìn)行預(yù)測。SOPMA：http://pbil.ibcp.fr/蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件位于法國里昂的CNRS（CentreNationaldelaRechercheScientifique）使用獨(dú)特的方法進(jìn)行蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。它不是用一種，而是5種相互獨(dú)立的方法進(jìn)行預(yù)測，并將結(jié)果匯集整理成一個(gè)“一致預(yù)測結(jié)果”。這5種方法包括：Garnier-Gibrat-Robson（GOR）方法、Levin同源預(yù)測方法、雙重預(yù)測方法、PHD方法和CNRS自己的SOPMA方法。簡單的說，SOPMA這種自優(yōu)化的預(yù)測方法建立了已知二級結(jié)構(gòu)序列的次級數(shù)據(jù)庫，庫中的每個(gè)蛋白質(zhì)都經(jīng)過基于相似性的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。然后用次級庫中得到的信息去對查詢序列進(jìn)行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件其它特殊局部結(jié)構(gòu)的預(yù)測軟件其它特殊局部結(jié)構(gòu)包括膜蛋白的跨膜螺旋、信號肽、卷曲螺旋(CoiledCoils)等，具有明顯的序列特征和結(jié)構(gòu)特征，也可以用計(jì)算方法加以預(yù)測。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件卷曲螺旋COILS：http://卷曲螺旋預(yù)測方法，將序列與已知的平行雙鏈卷曲螺旋數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，得到相似性得分，并據(jù)此算出序列形成卷曲螺旋的概率。COILS算法將查詢序列在一個(gè)由已知包含卷曲螺旋蛋白結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行搜索。程序也將查詢序列與包含球狀蛋白序列的PDB次級庫進(jìn)行比較，并根據(jù)兩個(gè)庫搜索得分的不同決定輸入序列形成卷曲螺旋的概率。COILS可以下載到VAX/VMS系統(tǒng)上使用，也可通過簡單的Web界面使用。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件程序要求序列數(shù)據(jù)為GCG或FASTA格式，一次可以提交一條或多條序列。除了序列，用戶還能在兩種打分矩陣中選擇一種：MTK是根據(jù)肌球蛋白、原肌球蛋白和角蛋白序列得到的打分矩陣；或MTIDK，是根據(jù)肌球蛋白、原肌球蛋白、中間纖維類蛋白Ⅰ-Ⅴ、橋粒蛋白和角蛋白得到的打分矩陣。程序作者引述了兩種矩陣的適用特點(diǎn)：MTK更適合檢測雙鏈結(jié)構(gòu)，而MTIDK適合其它情形。用戶還能啟動(dòng)一個(gè)選項(xiàng)給予每個(gè)卷曲a和d位置上殘基（通常為親水性）相同的權(quán)重。如果COILS在無權(quán)重和有權(quán)重情況下得到的結(jié)果相差很大，則可能表明存在正錯(cuò)誤。程序的作者警告說COILS是用來檢測與溶液接觸的左手性卷曲螺旋的，對于包埋的或右手性卷曲螺旋則可能檢測不到。若一個(gè)序列被提交到服務(wù)器，程序會(huì)整理出一張預(yù)測結(jié)果圖，顯示沿著序列各個(gè)部分形成卷曲螺旋的傾向性。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件MacStripe：一個(gè)基于Macintoshi系統(tǒng)的應(yīng)用程序，使用了Lupas的COILS的預(yù)測方法，能輸出較簡單的預(yù)測結(jié)果。MacStripe要求輸入文件為FASTA、PIR或其它普遍文件格式，并象COILS一樣產(chǎn)生一個(gè)圖形文件，包含形成卷曲螺旋的概率，以及用柱狀圖顯示七連體重復(fù)模式的連續(xù)性。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件信號肽SignalP：http:///丹麥技術(shù)大學(xué)的生物序列分析中心開發(fā)了SignalP這個(gè)強(qiáng)大的信號肽及其剪切位點(diǎn)檢測工具。該算法基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法，用已知信號序列的革蘭氏陰性原核生物、革蘭氏陽性原核生物及真核生物的序列分別作為訓(xùn)練集。SignalP預(yù)測的是分泌型信號肽，而不是那些參與細(xì)胞內(nèi)信號傳遞的蛋白。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件跨膜區(qū)域TMpred：http://預(yù)測蛋白質(zhì)的跨膜區(qū)段和在膜上的取向，它根據(jù)來自SWISS-PROT的跨膜蛋白數(shù)據(jù)庫Tmbase，利用跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)段的數(shù)量、位置以及側(cè)翼信息，通過加權(quán)打分進(jìn)行預(yù)測。Tmpred的Web界面十分簡明。用戶將單字符序列輸入查詢序列文本框，并可以指定預(yù)測時(shí)采用的跨膜螺旋疏水區(qū)的最小長度和最大長度。輸出結(jié)果包含四個(gè)部分：可能的跨膜螺旋區(qū)、相關(guān)性列表、建議的跨膜拓?fù)淠Ｐ鸵约按硐嗤Y(jié)果的圖。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件蛋白質(zhì)預(yù)測分析網(wǎng)址

物理性質(zhì)預(yù)測：

ComputePI/MW

PeptidemassTGREASE/

SAPS

基于組成的蛋白質(zhì)識別預(yù)測

AACompIdentAACompSimPROPSEARCH

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件基于組成的蛋白質(zhì)識別預(yù)測

AACompIdentAACompSimPROPSEARCH

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件二級結(jié)構(gòu)和折疊類預(yù)測

nnpredicthttp://

PredictproteinSOPMAhttp://

SSPRED

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測

COILS

MacStripehttp://

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件與核酸序列一樣，蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進(jìn)行相關(guān)分析的第一步，由于數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡(luò)技校術(shù)的發(fā)展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫下載到本地檢索和通過國際互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行檢索均是可行的。

由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列

可聯(lián)網(wǎng)到：“”進(jìn)行檢索。

利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列

聯(lián)網(wǎng)到：http://srs.ebi.ac.uk/”，可利用EMBL的SRS系統(tǒng)進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的檢索。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件通過EMAIL進(jìn)行序列檢索

當(dāng)網(wǎng)絡(luò)不是很暢通時(shí)或并不急于得到較多數(shù)量的蛋白質(zhì)序列時(shí)，可采用EMAIL方式進(jìn)行序列檢索。

蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析

蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成，分子質(zhì)量，等電點(diǎn)，親水性，和疏水性、信號肽，跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如，疏水性圖譜可通知來預(yù)測跨膜螺旋。同時(shí)，也有很多短片段被細(xì)胞用來將目的蛋白質(zhì)向特定細(xì)胞器進(jìn)行轉(zhuǎn)移的靶標(biāo)（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類資源用于幫助預(yù)測蛋白質(zhì)的功能。

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件疏水性分析

位于ExPASy的ProtScale程序（）可被用來計(jì)算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜。該網(wǎng)站充許用戶計(jì)算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。輸入的數(shù)據(jù)可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT數(shù)據(jù)庫的序列接受號。需要調(diào)整的只是計(jì)算窗口的大?。╪）該參數(shù)用于估計(jì)每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。進(jìn)行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時(shí)，也可用一些windows下的軟件如，bioedit,dnamana等。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件跨膜區(qū)分析

有多種預(yù)測跨膜螺旋的方法，最簡單的是直接，觀察以20個(gè)氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區(qū)域，但同時(shí)還有多種更加復(fù)雜的、精確的算法能夠預(yù)測跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性。這些技術(shù)主要是基于對已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase數(shù)據(jù)庫，可通過匿名FTP獲得()，參見表一

資源名稱網(wǎng)址說明

TMPREDhttp://基于對tmpred數(shù)據(jù)庫的統(tǒng)計(jì)分析PHDhtm...tprotein.htmlMEMSAT蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件微機(jī)版本

蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等，從而，含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細(xì)胞的功能狀態(tài)密切相關(guān)?！盎颉癶ttp://”

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件前導(dǎo)肽與蛋白質(zhì)定位

在生物內(nèi)，蛋白質(zhì)的合成場所與功能場所常被一層或多層細(xì)胞膜所隔開，這樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)。合成的蛋白質(zhì)只有準(zhǔn)確地定向運(yùn)行才能保證生命活動(dòng)的正常進(jìn)行。一般來說，蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結(jié)構(gòu)中，并通過與膜上特殊的受體相互作用而得以表達(dá)。在起始密碼子之后，有一段編碼疏水性氨基酸序列的RNA片段，這個(gè)氨基酸序列就這個(gè)氨基酸序列就是信號肽序列。含有信號肽的蛋白質(zhì)一般都是分泌到細(xì)胞外，可能作為重要的細(xì)胞因子起作用，從而具有潛在的應(yīng)用價(jià)值。

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件卷曲螺旋分析

另一個(gè)能夠直接從序列中預(yù)測的功能motif是α-螺旋的卷曲排列方式。在這種結(jié)構(gòu)中，兩種螺旋通過其疏水性界面相互纏在一起形成一個(gè)十分穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。

蛋白質(zhì)卷曲的相關(guān)資源

資源網(wǎng)址

coiled-coilhttp://

http://

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件蛋白質(zhì)功能預(yù)測

基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測

到少有80個(gè)氨基酸長度范圍內(nèi)具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著性意義。最快的工具如BlastP能很容易地發(fā)現(xiàn)顯著性片段，而無需使用十分耗時(shí)的BLITZ軟件。

基于NCBI/BLAST軟件的蛋白序列同源性分析

類似于核酸序列同源性分析，用戶直接將待分析的蛋白質(zhì)序列輸入NCBI/BLAST(/blast)，選擇程序BLASTP就可網(wǎng)上分析?；赪U/BLAST2軟件進(jìn)行分析

華盛頓大學(xué)的BLAST軟件（dove.embl-heidelberg.dl/blast2）也可進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的同源性分析。

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件基于motif、結(jié)構(gòu)位點(diǎn)、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)功能預(yù)測

蛋白質(zhì)的磷酸化與糖基化對蛋白質(zhì)的功能影響很大，所以對其的分析也是生物信息學(xué)的一個(gè)部分。

同時(shí)，分子進(jìn)化方面的研究表明，蛋白質(zhì)的不同區(qū)域具有不同的進(jìn)化速率，一些氨基酸必須在進(jìn)化過程中足夠保守以實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的功能。在序列模式的鑒定方面有兩類技術(shù)，第一類是依賴于和一致性序列（consensussequence）或基序各殘基的匹配模式，該技術(shù)可用于十分容易并快速搜索motif數(shù)據(jù)庫。

Motif數(shù)據(jù)庫-PROSITE

最好的是PROSITE）

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件InterProScan綜合分析網(wǎng)站

InterProScan是EBI開發(fā)的一個(gè)集成了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等數(shù)據(jù)庫提供的蛋白質(zhì)序列中的各種局域模式，如結(jié)構(gòu)域，motif等信息統(tǒng)一起來，提供了一個(gè)較為全央的分析工具。

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析

簡單模塊構(gòu)架搜索工具（simplemodulararchitectureresearchtool,SMART）一個(gè)較好的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù)，可用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的分析，所得到的結(jié)構(gòu)域同時(shí)提供相關(guān)的資源的鏈接/

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測

PDB數(shù)據(jù)庫

蛋白質(zhì)基本立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(PDB,)其中有大量工具用于查看PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)，如rasmol，可用于顯于出蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)，下載地址：）

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件PDBFinder數(shù)據(jù)庫

是在PDB、DSSP、HSSP基礎(chǔ)上建立的二級庫，它包含PDB序列，作者，R因子，分辨率、二級結(jié)構(gòu)等，這些些信息隨著PDB庫每次發(fā)布新版，PDBFinder在EBI自動(dòng)生成，網(wǎng)址為“/

.

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件NRL-3D數(shù)據(jù)庫

是所有已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫，可用于查詢蛋白序列時(shí)行相似性分析以確定其結(jié)構(gòu)

ISSD數(shù)據(jù)庫

蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，其每個(gè)條目包含一個(gè)基因的編碼序列，同相應(yīng)的氨基酸序列對比，并給出相應(yīng)的多肽鏈結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件HSSP數(shù)據(jù)庫

是根據(jù)同源性導(dǎo)出的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，每一條PDB項(xiàng)目都有一個(gè)對應(yīng)的HSSP文件，

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫

對已知蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行手工分類得到的數(shù)據(jù)庫，位于劍橋的站點(diǎn)也提供BLAST檢索服務(wù)/

MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫

是ENTREZ檢索工具所使用的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，以ASN格式反蚋的PDB中的結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)。NCBI同時(shí)提供一個(gè)配套的三維結(jié)構(gòu)顯示程序的Cn3D,

Dali/FSSP數(shù)據(jù)庫

基于PDB數(shù)據(jù)庫中現(xiàn)有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，用自動(dòng)結(jié)構(gòu)對比程序Dali比較而形成的折疊單元和家庭分類庫。

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測

基于序列進(jìn)行蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)方面已有了大量文獻(xiàn)描述，本質(zhì)上，這些研究可被分為兩大類：基于單一序列的分析和基于多重序列對齊的分析。

文獻(xiàn)報(bào)道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了從二級結(jié)構(gòu)到折疊方面分析的多種資源。其網(wǎng)址為,也可通過email:predictprotein@embl-heidelberg.de進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測

蛋白質(zhì)同源家庭的分析對于確立物種之間的親緣關(guān)系和預(yù)測新蛋白質(zhì)序列的功能有重要意義，同源蛋白質(zhì)（homolog）進(jìn)一步劃分為直系同源（ortholog）和旁系同源（paralog）,前者指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因，后者則指在同一物種內(nèi)具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白、β珠蛋白和肌紅蛋白。

蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫（ProtoMap）

是對SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫中的全部蛋白質(zhì)由計(jì)算機(jī)自動(dòng)時(shí)行層次分類，把相關(guān)者聚集分極所得到的數(shù)據(jù)庫。

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件蛋白質(zhì)序列多重對齊分析及進(jìn)化分析

如果發(fā)現(xiàn)一個(gè)未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列具有較高的同源性（大于30%）那么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應(yīng)家族的成員，從而可從分子時(shí)化的角度對蛋白質(zhì)序列進(jìn)行綜合分析。

常用在線蛋白工具

BCMSearchLauncher

/seq-search/

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件蛋白序列二級結(jié)構(gòu)預(yù)測綜合站點(diǎn)，從此出發(fā)，輸入蛋白序列，可以根據(jù)需要，使用各種在線預(yù)測工具，包括Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAPS、TMpred、SOUSI、Paircoil、ProteinHydrophilicity/HydrophobicitySearch、SOPM，使用十分方便。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)+預(yù)測軟件DAS

蛋白跨膜預(yù)測服務(wù)器、輸入蛋白序列，預(yù)測跨膜區(qū)域。

TopPred2

斯德哥爾摩大學(xué)理論化學(xué)蛋白預(yù)測服務(wù)器提供的膜蛋白拓?fù)鋵W(xué)預(yù)測Topologypredictionofmembraneproteins在線工具

SOSUI

東京農(nóng)業(yè)科技大學(xué)（Tokyo