(19)國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局(10)申請(qǐng)公布號(hào)CN120210391A(71)申請(qǐng)人中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所地址100193北京市海淀區(qū)圓明園西路2號(hào)(72)發(fā)明人何曉紅王明坤羅苗馬月輝趙玉和田(74)專(zhuān)利代理機(jī)構(gòu)北京路浩知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司11002專(zhuān)利代理師黃爽(54)發(fā)明名稱(chēng)與山羊體型性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用本發(fā)明涉及分子生物學(xué)及遺傳育種領(lǐng)域，尤其涉及一種與山羊體型性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用。所述SNP分子標(biāo)記位為山羊第8號(hào)染色體標(biāo)記所在的山羊參考基因組版本號(hào)為ARS1。本發(fā)明提供的位于山羊JAK2基因上的SNP位點(diǎn)，該位點(diǎn)與山羊體長(zhǎng)、體高和體重3個(gè)體型性狀相關(guān)，可以作為檢測(cè)山羊體型性狀的分子標(biāo)記。本發(fā)明提供的分子標(biāo)記不受山羊的年齡、性別等限制，可21.與山羊體型性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述SNP分子標(biāo)記含有如SEQIDNO:1所示序列的第101位的多態(tài)性為G/A的核苷酸序列。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，具有所述多態(tài)性的位點(diǎn)的基因型為GG或GA對(duì)應(yīng)大體型個(gè)體，具有所述多態(tài)性的位點(diǎn)的基因型為AA,對(duì)應(yīng)于小體型個(gè)體；所述體型性狀選自體重、體高或體長(zhǎng)中的一種或多種。3.用于擴(kuò)增權(quán)利要求1或2所述SNP分子標(biāo)記的引物或含有所述引物的檢測(cè)試劑或試劑盒。4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的引物，其特征在于，所述引物包括如SEQIDNO:2所示的上游引物和如SEQIDNO:3所示的下游引物。5.權(quán)利要求1或2所述SNP分子標(biāo)記或權(quán)利要求3或4所述引物或含有所述引物的檢測(cè)試劑或試劑盒的以下任一應(yīng)用：(1)用于山羊體型性狀選育；(2)用于具有大體型性狀山羊個(gè)體的早期預(yù)測(cè)；(3)用于山羊品種的遺傳改良；6.一種檢測(cè)山羊體型性狀的方法，其特征在于，所述方法包括：提取待測(cè)山羊的基因組進(jìn)一步地，分析PCR擴(kuò)增產(chǎn)物包括：檢測(cè)待測(cè)山羊在如權(quán)利要求1或2中所述SNP分子標(biāo)記的基因型；基因型檢測(cè)結(jié)果為GG或GA的待測(cè)山羊，相較于基因型檢測(cè)結(jié)果為AA的待測(cè)山7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，PCR擴(kuò)增的條件為：95℃預(yù)變性5min;95℃變性30s,55℃或60℃退火30s,72℃延伸1-2min,共30-35個(gè)循環(huán)；72℃保溫2min。3技術(shù)領(lǐng)域[0001]本發(fā)明涉及分子生物學(xué)及遺傳育種領(lǐng)域，具體地說(shuō)，涉及一種與山羊體型性狀相背景技術(shù)[0002]Janus激酶2(Januskinase2,JAK2)是一種蛋白質(zhì)編碼基因。該基因編碼一種非受體酪氨酸激酶，可以與生長(zhǎng)激素(GHR)、催乳素(PRLR)、瘦素(LEPR)、促紅細(xì)胞生成素(EPOR)、血小板生成素受體(MPL/TPOR)等多種受體結(jié)合，在細(xì)胞因子和生長(zhǎng)因子信號(hào)傳導(dǎo)中起核心作用，對(duì)肢體發(fā)育障礙、心血管系統(tǒng)以及骨髓增生性疾病的發(fā)生和組織器官發(fā)育至關(guān)重要。目前，已有研究人員利用全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)對(duì)波爾山羊進(jìn)行選擇信號(hào)分析，篩選與肌肉發(fā)育相關(guān)候選基因，結(jié)果顯示，包括JAK2等多個(gè)候選基因和信號(hào)通路與肌肉發(fā)育相關(guān)。對(duì)大體型與小體型山羊品種的分析發(fā)現(xiàn)JAK2基因的多態(tài)性與山羊的體型大小相關(guān)。同時(shí)，根據(jù)多組織轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)表明，JAK2基因在山羊和綿羊的主動(dòng)脈中高表達(dá)，其次在肌肉中也表達(dá)。[0003]山羊(Caprahircus)是世界上最重要的畜種之一，大約在10500到9900年前被馴化。山羊?yàn)槿祟?lèi)提供了肉、絨、奶和皮等重要生產(chǎn)資料，在人類(lèi)生產(chǎn)活動(dòng)中發(fā)揮著重要的作用。中國(guó)有著悠久的山羊馴化歷史和豐富的山羊品種資源。山羊是適應(yīng)性最強(qiáng)和地理分布最廣泛的家畜，在嚴(yán)寒的青藏高原、寒冷干燥的東北、高溫高濕的南方、干燥炎熱的沙漠和喀斯特山區(qū)都有不同品種的山羊分布。為了融入不同的環(huán)境和生態(tài)系統(tǒng)，山羊受到長(zhǎng)期的自然選擇和人工選擇，并根據(jù)不同的自然環(huán)境和人類(lèi)的定向選擇，逐步形成具有不同外貌特征、體型和不同遺傳特性的品種。中國(guó)地方山羊品種具有性成熟早、適應(yīng)性強(qiáng)、耐粗飼和[0004]分子標(biāo)記輔助選擇(MolecularMarker-assistedSelection,MAS)育種的發(fā)展使得DNA分子標(biāo)記技術(shù)在山羊遺傳多樣性研究中發(fā)揮了重要作用。為了更好地開(kāi)發(fā)和利用優(yōu)良品種的經(jīng)濟(jì)特性，以及保護(hù)和合理利用品種資源，開(kāi)發(fā)山羊特異的分子標(biāo)記是必要的。這些標(biāo)記可以應(yīng)用于大體型山羊的選育，并為大體型山羊的分子育種提供理論基礎(chǔ)。發(fā)明內(nèi)容[0005]本發(fā)明的目的是提供一種與山羊體型性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用。[0006]為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明目的，第一方面，本發(fā)明提供一種與山羊體型性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記位于山羊基因組8號(hào)染色體第39264302bp處，多態(tài)性為G/A;所述SNP分子標(biāo)記對(duì)應(yīng)的山羊參考基因組版本號(hào)為ARS1。[0007]進(jìn)一步地，所述SNP分子標(biāo)記含有如SEQIDNO:1所示序列的第101位的多態(tài)性為G/A的核苷酸序列(n=g或a);具有所述多態(tài)性的位點(diǎn)的基因型為GG或GA對(duì)應(yīng)大體型個(gè)體，具有所述多態(tài)性的位點(diǎn)的基因型為AA,對(duì)應(yīng)于小體型個(gè)體；所述體型性狀選自體重、體高或體長(zhǎng)中的一種或多種。4[0008]第二方面，本發(fā)明提供與山羊體型性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的以下任一應(yīng)用：(1)用于山羊體型性狀選育；(2)用于具有大體型性狀山羊個(gè)體的早期預(yù)測(cè)；(3)用于山羊品種的遺傳改良；(4)用于JAK2基因分型，所述JAK2基因在NCBI上(參考基因組ARS1版本)的參考序[0009]第三方面，本發(fā)明提供用于擴(kuò)增與山羊體型性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的引物或含有所述引物的檢測(cè)試劑或試劑盒的以下任一應(yīng)用：(1)用于山羊體型性狀選育；(2)用于具有大體型性狀山羊個(gè)體的早期預(yù)測(cè)；(3)用于大體型性狀山羊品系的鑒定；(4)用于山羊品種的遺傳改良；(5)用于JAK2基因分型，所述JAK2基因(參考基因組ARS1版本)在NCBI上的參考序[0010]優(yōu)選地，所述引物包括如SEQIDNO:2所示的上游引物和如SEQIDNO:3所示的下游引物。[0012]第四方面，本發(fā)明提供一種檢測(cè)山羊體型性狀的方法，所述方法包括：提取待測(cè)山因型檢測(cè)結(jié)果為GG或GA的待測(cè)山羊，相較于基因型檢測(cè)結(jié)果為AA的待測(cè)山羊而言，具備更[0013]優(yōu)選地，PCR擴(kuò)增的條件為：95℃預(yù)變性5min;95℃變性30s,55℃或60℃退火30s,72℃延伸1-2min,共30-35個(gè)循環(huán)；72℃保溫2min。[0014]借由上述技術(shù)方案，本發(fā)明至少具有下列優(yōu)點(diǎn)及有益效果：本發(fā)明提供了一種與山羊的多種體型性狀密切相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其位于山羊基因組第8號(hào)染色體第39264302bp處，通過(guò)對(duì)該分子標(biāo)記的基因型進(jìn)行檢測(cè)可以實(shí)現(xiàn)山羊體型性狀(該標(biāo)記與山羊體長(zhǎng)、體高和體重3個(gè)體型性狀相關(guān))的鑒定，為大體型山羊的選育提供有效的檢測(cè)手段。本發(fā)明提供的分子標(biāo)記可以用于優(yōu)質(zhì)肉羊新品種的培育，為山羊體型性狀的遺傳改良提供了有效的基因工程手段，在山羊養(yǎng)殖業(yè)中具有重要的應(yīng)用價(jià)值。[0015]本發(fā)明提供的分子標(biāo)記不受山羊的年齡、性別等限制，可用于選育優(yōu)異體型山羊品種，大大加快了優(yōu)異體型山羊品種的育種進(jìn)程。附圖說(shuō)明[0016]圖1為本發(fā)明較佳實(shí)施例中大體型組山羊和小體型組山羊的體重、體高和體長(zhǎng)表[0017]圖2為本發(fā)明較佳實(shí)施例中山羊體型性狀全基因組SNP效應(yīng)分布曼哈頓圖；其中，A5選出的選擇信號(hào)曼哈頓圖，其中框內(nèi)表示本發(fā)明SNP分子標(biāo)記所在基因組位置。[0018]圖3為本發(fā)明較佳實(shí)施例中體型性狀候選基因篩選；其中，A為中大體高組和小體高組間三種選擇信號(hào)分析方法中共同篩選出的基因，其中三種方法共同鑒定到98個(gè)受選擇基因，B為與體高顯著相關(guān)基因、與體長(zhǎng)顯著相關(guān)基因和與體重顯著相關(guān)基因的維恩圖。有1[0019]圖4為本發(fā)明較佳實(shí)施例中SNP位點(diǎn)在小體型組與大體型組間基因型分布。具體實(shí)施方式[0020]本發(fā)明提供一種與山羊體型性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用，所述SNP分子標(biāo)記位于山羊第8號(hào)染色體第39264302bp處；所述位點(diǎn)上存在G/A突變，與山羊體型性狀具有顯著的相關(guān)性，該基因存在GG、GA和AA三種基因型，GG或GA基因型的個(gè)體體型顯著高于AA基因第一方面，本發(fā)明提供一種分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記位于山羊基因組8號(hào)染色體第39264302bp處，多態(tài)性為G/A;所述SNP分子標(biāo)記所在的山羊參考基因組版本號(hào)為ARS1。[0022]進(jìn)一步地，所述分子標(biāo)記位于核酸的第101位，所述核酸具有如SEQIDNO:1所示[0023]進(jìn)一步地，所述分子標(biāo)記為GG或GA基因型的山羊，相較于基因型AA的山羊具備更[0024]第二方面，本發(fā)明提供如下引物對(duì)(SEQIDNO:2-3):[0025]第四方面，本發(fā)明提供所述的分子標(biāo)記，或所述的引物組合，或所述的試劑盒在檢測(cè)山羊的體型性狀中的應(yīng)用。[0026]本發(fā)明進(jìn)一步提供所述的分子標(biāo)記，或所述的引物組合，或所述的試劑盒在山羊育種中的應(yīng)用。緩沖液、標(biāo)準(zhǔn)陽(yáng)性模板等中的至少一種。獲得所述待測(cè)山羊的基因組DNA,采用所述的引物對(duì)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，檢測(cè)所述待測(cè)山羊在所述分子標(biāo)記的基因型，根據(jù)基因型檢測(cè)結(jié)果判斷所述待測(cè)山羊的體型性狀。[0029]根據(jù)基因型檢測(cè)結(jié)果判斷所述待測(cè)山羊的體型性狀包括：基因型檢測(cè)結(jié)果為GG與GA的待測(cè)山羊，相較于基因型檢測(cè)結(jié)果為AA基具備更優(yōu)的體型性狀，即更大的體重、更高的體高以及更長(zhǎng)的體長(zhǎng)。[0030]本發(fā)明所述體型性狀包括體重、體高或體長(zhǎng)中的一種或多種。[0031]以下實(shí)施例用于說(shuō)明本發(fā)明，但不用來(lái)限制本發(fā)明的范圍。若未特別指明，實(shí)施例中所用的技術(shù)手段為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的常規(guī)手段，所用原料均為市售商品。[0032]實(shí)施例1基因組遺傳變異的獲得61、以國(guó)家種質(zhì)資源庫(kù)為基礎(chǔ)，采集大體型組和小體型組山羊品種的耳組織樣品或者血樣(包含16個(gè)品種127只),提取總DNA,并對(duì)DNA進(jìn)行質(zhì)控，并送測(cè)序公司進(jìn)行高深度全基因組重測(cè)序(華大基因，T7平臺(tái)),平均測(cè)序深度為10×左右。收集相應(yīng)山羊品種的體型性能測(cè)定等表型數(shù)據(jù)。[0033]2、將測(cè)序公司下機(jī)的fastq文件進(jìn)行整理。剔除不符合標(biāo)準(zhǔn)和質(zhì)量較差的reads。通過(guò)對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控與過(guò)濾后，得到較高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。使用BWA(Version0.7.15)軟件的MEM算法將CleanData比對(duì)到最新山羊參考基因組(ARS1)上得到最初的bam文件，使用SAMtools(Version1.9)軟件對(duì)bam文件進(jìn)行排序并去除PCR重復(fù)。[0034]3、首先使用GATK(Version4.1.4.0)軟件的HaplotypeCaller模塊對(duì)所有個(gè)體進(jìn)行變異檢測(cè)，并生成gvcf文件，利用GATK軟件的CombineGVCFs功能合并所有個(gè)體的gvcf文件，最終利用GenotypeGVCFs進(jìn)行基因分型。僅使用常染色體進(jìn)行后續(xù)分析，采用SelectVariants功能對(duì)生成的vcf文件進(jìn)行初始過(guò)濾。SNP過(guò)濾條件：QD60.0,MQ3.0,過(guò)濾(QD<-2.0||ReadPosRankSum<-8.0||FS>60.0||12.5||QUAL<30)。質(zhì)控后，最終有112頭國(guó)內(nèi)外山羊品種個(gè)體以及16744201個(gè)SNPs位點(diǎn)用于后續(xù)全基因組選擇信號(hào)分析。[0035]大體型組山羊和小體型組山羊的體重、體高和體長(zhǎng)表型統(tǒng)計(jì)圖見(jiàn)圖1。[0036]實(shí)施例2分子標(biāo)記的篩選1、本研究群體為112頭國(guó)內(nèi)地方山羊品種個(gè)體，樣品來(lái)自國(guó)家畜禽種質(zhì)資源庫(kù)。[0037]2、使用FsT、π-RATIO和Tjimas'D三種方法來(lái)篩選基因組受選擇區(qū)域。首先，使用VCFtools(Version0.1.16)軟件，計(jì)算大體高組與小體高組的Fs(窗口長(zhǎng)度100kb,步長(zhǎng)為件，計(jì)算大體高組與小體高組的π-RATIO(--window-pi10000);最后使用VCFtools的前5%的窗口作為潛在受選擇的區(qū)域。使用R(Version4.3.2)中的ggplot2(Version3.4.4)軟件對(duì)分析結(jié)果進(jìn)行可視化(圖2)。三種方法分別注釋出1078、996和1003個(gè)基因(圖3中A),其中98個(gè)基因?yàn)槿N方法共同識(shí)別的基因。[0038]同時(shí)對(duì)體重性狀和體長(zhǎng)性狀使用與體高分析同樣的三種選擇信號(hào)分析方法進(jìn)行基因篩選。體重性狀分析中，高組包括5個(gè)品種55只個(gè)體，分別為：遼羊、內(nèi)蒙古絨山羊(阿爾巴斯型)、徐淮山羊、都安山羊信號(hào)分析方法共同識(shí)別到106個(gè)基因。接著將三個(gè)性狀注釋的顯著相關(guān)基因進(jìn)行重疊，結(jié)果發(fā)現(xiàn)共同定位到JAK2(圖3中B),其中體高組信號(hào)最高?？梢暬Y(jié)果表明，在8號(hào)染色體中，39.6MB-39.7MB區(qū)域內(nèi)，該基因區(qū)域在大體高組與小體高組中受到選擇。7[0039]3、使用Plink(Version1.90)軟件計(jì)算SNP位點(diǎn)的基因型在大體型組與小體型組間的差異顯著性，體型性狀包括體重、體長(zhǎng)和體高，通過(guò)fisher檢驗(yàn)與卡方檢驗(yàn)，結(jié)果表明該位點(diǎn)在大體型與小體型組間的差異極顯著(P<0.01),表1為本發(fā)明位點(diǎn)不同基因型間體重的顯著性分析。[0040]表1本發(fā)明位點(diǎn)不同基因型間體重的顯著性分析優(yōu)勢(shì)比卡方檢驗(yàn)--費(fèi)希爾檢驗(yàn)[0041]實(shí)施例3引物設(shè)計(jì)上游引物：5'-GACTAAAAAAAGAGGCTGGTGG-3'(SEQIDNO:2)下游引物：5'-ATTCTTTCTTGGTAGAGAGCAC-3'(SEQIDNO:3)用于擴(kuò)增出待測(cè)SNP所在的核苷酸片段。1)提取待測(cè)山羊的基因組DNA;2)以基因組DNA為模板，利用SEQIDNO:2-3所示引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增；和反向引物各1μl,10mmol/LdNTPMixturelμl,1.25U/25