PBS是公開(kāi)源代碼的作業(yè)管理系統(tǒng)，在此環(huán)境下運(yùn)行，用戶(hù)不需要指定程序在哪些節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行，程序所需的硬件資源由PBS管理和分配。1、PBS命令PBS提供用于作業(yè)管理的命令。(1)qsub命令—用于提交作業(yè)腳本命令格式：qsub[-adate_time][-cinterval][-Cdirective_prefix][-epath][-I][-jjoin][-kkeep][-lresource_list][-mmail_options][-Muser_list][-Nname][-opath][-ppriority][-qdestination][-rc][-Spath_list][-uuser_list][-vvariable_list][-V][-Wadditional_attributes][-z][script]參數(shù)說(shuō)明：因?yàn)樗捎玫倪x項(xiàng)一般放在pbs腳本中提交，所以具體見(jiàn)PBS腳本選項(xiàng)。例：#qsubaaa.pbs 提交某作業(yè)，系統(tǒng)將產(chǎn)生一個(gè)作業(yè)號(hào)qstat命令—用于查詢(xún)作業(yè)狀態(tài)信息命令格式：qatat[-f][-a][-i][-n][-s][-R][-Q][-q][-B][-u]參數(shù)說(shuō)明：-fjobid列出指定作業(yè)的信息-a 列出系統(tǒng)所有作業(yè)-i 列出不在運(yùn)行的作業(yè)-n 列出分配給此作業(yè)的結(jié)點(diǎn)-s 列出隊(duì)列管理員與scheduler所提供的建議-R 列出磁盤(pán)預(yù)留信息-Q 操作符是destinationid,指明請(qǐng)求的是隊(duì)列狀態(tài)-q 列出隊(duì)列狀態(tài)，并以alternative形式顯示-auuserid列出指定用戶(hù)的所有作業(yè)-B 列出PBSServer信息-r 列出所有正在運(yùn)行的作業(yè)-Qfqueue列出指定隊(duì)列的信息-u 若操作符為作業(yè)號(hào)，則列出其狀態(tài)。若操作符為destinationid,則列出運(yùn)行在其上的屬于user_list中用戶(hù)的作業(yè)狀態(tài)。例：#qstat-f211查詢(xún)作業(yè)號(hào)為211的作業(yè)的具體信息。qdel命令—用于刪除已提交的作業(yè)命令格式：qdel[-W間隔時(shí)間]作業(yè)號(hào)

命令行參數(shù)：例：#qdel-W15211 15秒后刪除作業(yè)號(hào)為211的作業(yè)(4)qmgr命令—用于隊(duì)列管理qmgr-c"createqueuebatchqueue_type=execution"qmgr-c"setqueuebatchstarted=true"qmgr-c"setqueuebatchenabled=true"qmgr-c"setqueuebatchresources_default.nodes=1"qmgr-c"setqueuebatchresources_default.walltime=3600"qmgr-c"setserverdefault_queue=batch"2、PBS腳本文件PBS腳本文件由腳本選項(xiàng)和運(yùn)行腳本兩部分組成。（1）PBS作業(yè)腳本選項(xiàng)（若無(wú)-C選項(xiàng)，則每項(xiàng)前面加'#PBS'）-adate_time:date_time格式為：[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS]表示經(jīng)過(guò)date_time時(shí)間后作業(yè)才可以運(yùn)行。-cinterval：定義作業(yè)的檢查點(diǎn)間隔，如果機(jī)器不支持檢查點(diǎn)，則忽略此選項(xiàng)。-Cdirective_prefix：在腳本文件中以directive_prefix開(kāi)頭的行解釋為qsub的命令選項(xiàng)。（若無(wú)此選項(xiàng)，則默認(rèn)為'#PBS'）-e path ：將標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤信息重定向到path-I ：以交互方式運(yùn)行-j join :將標(biāo)準(zhǔn)輸出信息與標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤信息合并到一個(gè)文件join中去。-k keep ：定義在執(zhí)行結(jié)點(diǎn)上保留標(biāo)準(zhǔn)輸出和標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤信息中的哪個(gè)文件。keep為o表示保留前者，e表示后者，oe或eo表示二者都保留，n表示皆不保留。若忽略此選項(xiàng)，二者都不保留。-lresource_list：定義資源列表。以下為幾個(gè)常用的資源種類(lèi)。cput=N ：請(qǐng)求N秒的CPU時(shí)間;N也可以是hh:mm:ss的形式mem=N[KIMIG][BIW]:請(qǐng)求N{kilolmegalgiga}{byteslwords}大小的內(nèi)存。nodes=N:ppn=M :請(qǐng)求N個(gè)結(jié)點(diǎn)，每個(gè)結(jié)點(diǎn)M個(gè)處理器。-mmail_optio-Muser_list-Nname-opath-ppriority-qdestination-ryln-Sshell-uuser_list-mmail_optio-Muser_list-Nname-opath-ppriority-qdestination-ryln-Sshell-uuser_list:定義有關(guān)此作業(yè)的mail發(fā)給哪些用戶(hù)。：作業(yè)名，限15個(gè)字符，首字符為字母，無(wú)空格。：重定向標(biāo)準(zhǔn)輸出到path。：任務(wù)優(yōu)先級(jí)，整數(shù)，[-1024，1023]，若無(wú)定義則為0.：destination有三種形式：queue,@server,queue@server。：指明作業(yè)是否可運(yùn)行，y為可運(yùn)行，n為不可運(yùn)行。:定義作業(yè)將在運(yùn)行結(jié)點(diǎn)上以哪個(gè)用戶(hù)名來(lái)運(yùn)行。:指明執(zhí)行運(yùn)行腳本所用的shel1,須包含全路徑。:定義作業(yè)將在運(yùn)行結(jié)點(diǎn)上以哪個(gè)用戶(hù)名來(lái)運(yùn)行。-vvariable」ist:定義export到本作業(yè)的環(huán)境變量的擴(kuò)展列表。-V :表明qsub命令的所有環(huán)境變量都export到此作業(yè)。-Wadditional_attributes：作業(yè)的其它屬性。-z :指明qsub命令提交作業(yè)后，不在終端顯示作業(yè)號(hào)。(2)運(yùn)行腳本同LINUX下一般的運(yùn)行腳本文件。［注］：腳本文件中的mpirun_rsh命令行中的節(jié)點(diǎn)列表文件要用環(huán)境變量表示$PBS_NODEFILE,這個(gè)環(huán)境變量表示由pbs自動(dòng)分配給作業(yè)的節(jié)點(diǎn)列表；節(jié)點(diǎn)數(shù)為命令行中指定的進(jìn)程數(shù)。格式如下：mpirun_rsh-np進(jìn)程數(shù)-hostfile$PBS_NODEFILE可執(zhí)行程序名3、PBS環(huán)境下運(yùn)行示例(1)腳本文件編輯示例實(shí)例1:運(yùn)行mpi程序命令行：#viaaa.pbs編輯的內(nèi)容:#PBS-Nmyjob#PBS-o/home/jz/my.out#PBS-e/home/jz/my.err#PBS-lnodes=2:ppn=2cd目錄(你們?cè)瓉?lái)直接在節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行時(shí)所在的目錄)mpirun_rsh-np4-hostfile$PBS_NODEFILE/home/jz/helloworld解釋?zhuān)涸却蠹叶际窃谥袛噍斎雖pirun_rsh..…這些命令執(zhí)行程序的，現(xiàn)在只要把這些提交命令放在.pbs配置文件的最后，由PBS來(lái)調(diào)度執(zhí)行(自動(dòng)分配節(jié)點(diǎn)和其它資源)。Myjob是為你此次要運(yùn)行的程序起的任務(wù)名，可以改成你自己想要的名字原先輸出信息都是直接在屏幕上顯示的，現(xiàn)在屏幕上的顯示全部輸出到文件中，上例中輸出文件是/home/jz/my.out文件，大家可以根據(jù)自己的需要修改(目錄，文件名)。程序運(yùn)行時(shí)遇到的一些錯(cuò)誤會(huì)記錄在.err文件中。好處:因?yàn)閷?duì)每個(gè)任務(wù)都設(shè)定了不同的輸出文件，所以看結(jié)果只要打開(kāi)相應(yīng)文件看就可以了，不需要開(kāi)多個(gè)終端，而且里面有任務(wù)的詳細(xì)信息，比如實(shí)際分配的是哪些節(jié)點(diǎn)計(jì)算，運(yùn)行時(shí)間等。#PBS-lnodes=2:ppn=2,你們程序需要幾個(gè)節(jié)點(diǎn)只要修改nodes后的數(shù)字就可以了，ppn=2保持不變，因?yàn)槲覀兊臋C(jī)器每個(gè)節(jié)點(diǎn)都是雙cpu的。mpirun_rsh-np4-hostfile$PBS_NODEFILE/home/jz/helloworld此例中-np后的4是并行數(shù)(2X2=4個(gè)cpu)，-hostfile$PBS_NODEFILE不需要改變。/home/jz/helloworld是你編譯好的可執(zhí)行文件名，需修改。對(duì)于每個(gè)你要運(yùn)行的mpi程序都需要這樣一個(gè).pbs配置文件也就是說(shuō)大家原來(lái)的操作是：mpirun 現(xiàn)在改成2步走：1）寫(xiě)個(gè)pbs配置文件（比如xxx.pbs）；2）向pbs提交（qsubxxx.pbs）實(shí)例2：運(yùn)行非mpi程序有些用戶(hù)并不是自己編寫(xiě)mpi程序，同樣也可以用pbs提交。比如物理系運(yùn)行程序時(shí)一般輸入的命令是RunDMol3.shTiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt，那么配置文件可以這樣寫(xiě)：命令行：#vijob.pbs編輯的內(nèi)容：#PBS-Nphysics_job#PBS-o/home/physics/physics_job.out#PBS-e/home/physics/physics_job.err#PBS-lnodes=1:ppn=2#PBS-rycd目錄（你們?cè)瓉?lái)直接在節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行時(shí)所在的目錄）RunDMol3.shTiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt解釋?zhuān)阂簿褪钦f(shuō)把原來(lái)在終端直接輸入的命令RunDMol3.shTiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt放到pbs配置文件中，因?yàn)槟銈冎灰粋€(gè)節(jié)點(diǎn)，所以nodes=1，至于用哪個(gè)節(jié)點(diǎn)系統(tǒng)自動(dòng)分配，你們肯定很關(guān)心是分配了哪個(gè)節(jié)點(diǎn)給你們，那么可以用qstat命令查詢(xún)（比如qstat-n）。（2） 提交作業(yè)示例命令行：#qsubaaa.pbs顯示結(jié)果：[jEljiLiiiLtiagenode qaiitiaaa?pb；321L?iLuiLtiagenud已?cluster?呂已u?edu?cn（3） 作業(yè)狀態(tài)查詢(xún)示例Qstat后加不同參數(shù)可以查看不同的信息（各參數(shù)的意思，上面有詳細(xì)的說(shuō)明，你們可以一個(gè)個(gè)試驗(yàn)一下，以后就知道查看哪些信息，需要哪些參數(shù)）實(shí)例：命令行：#qstat-a （查看作業(yè)的狀態(tài)）顯示結(jié)果：[jzBnanaijenode ascarJohid Marne User TiiLaUseSQueue211sn：±Fi：±genDdeniyjob js OOs00sOuRbatch解釋?zhuān)篔obid211是給你提交的任務(wù)分配的任務(wù)號(hào)，S（任務(wù)狀態(tài)，R表示正在運(yùn)行，Q表示正在排隊(duì)等候調(diào)度）命令行：#qstat-n （查看作業(yè)使用的節(jié)點(diǎn)）顯示結(jié)果：Lpiiys1csIJiLL^iagenoilepi^sics」Sqstat--niLL：zLtiagenude?cluster??cn:ReH1dReq1dElapJobII：1 TJseEnaiLizQueue Jobname SessIDNI：1STSKIIclloeyTim亡鬥Time580?in；王miLgEn□出已?physicsbatchpliysics_jLi4124 1 -- -- 144:UR--blade32/l+bladeS2/0 一解釋:blade32就是分給你這個(gè)任務(wù)的節(jié)點(diǎn)命令行：#qstat-f211 （查看有關(guān)作業(yè)運(yùn)行具體信息）顯示結(jié)果：[jsqstat-E211JobId:￡11?mmagenodE?c1U3匕已工??cn■Job_}I：me■nyjobJob_Dimer=]eBrnmaaenodeBcluster■日己u?e（3u?e：iir亡souices_ii3亡d?eput二uD;0u:Ouresouices_U3已d?iqfil=716khresource3__Q3ed 二9436Ebresourcesjised.walltimE=00:00:00job_st-ite-Rdueue=batchaervel=m^agenode?clusrer?sen?edu?cnCheckpoint=ucLlm已=3acHayZD 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