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文檔簡(jiǎn)介
四個(gè)階段:
一、以導(dǎo)致遺傳病得基因突變位點(diǎn)為靶標(biāo),以DNA分子雜交為核心
二、以PCR技術(shù)為核心
三、以生物芯片為核心
四、以DNA測(cè)序技術(shù)為核心
廣義:分子標(biāo)志物包括基因組DNA、各種RNA、蛋白質(zhì)與各種代謝物
臨床分子生物學(xué)檢驗(yàn)靶標(biāo)主要以核酸(DNA與RNA)為主
基因組DNA就是臨床分子生物學(xué)檢驗(yàn)中最常用得分子靶標(biāo)
病原生物基因1、菌種鑒定:PCR-測(cè)序與PCR-DNA探針雜交;縮短檢測(cè)時(shí)間
2、確定病毒感染與病毒載量:明確感染源,判斷病情,監(jiān)測(cè)療效
3、病毒分析:基因型變異產(chǎn)生不同臨床癥狀
4、細(xì)菌耐藥監(jiān)測(cè)與分子流行病學(xué)調(diào)查:隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA;指導(dǎo)選擇
治療方案,控制病原菌得感染傳播
基因變異1、致病基因得分子缺陷2、線粒體基因突3、腫瘤相關(guān)基因
單基因病1、致病基因結(jié)構(gòu)發(fā)生了改變,影響了編碼產(chǎn)物量與質(zhì)得改變,如血紅蛋白病、
血友病、Duchenne肌營(yíng)養(yǎng)不良等。
2、致病基因中核昔酸三聯(lián)體重復(fù)序列發(fā)生高度擴(kuò)展,如脆性X綜合征、亨廷
頓病、強(qiáng)直性肌營(yíng)養(yǎng)不良等。
基因多態(tài)性用于:1、基因定位與疾病相關(guān)性分析2、疾病診斷與遺傳咨詢3、多基因病
得研究4、器官移植配型與個(gè)體識(shí)別
循環(huán)游離核酸檢測(cè)(包括游離DNA與游離RNA)用于:產(chǎn)前診斷、惡性腫瘤早期診斷、病
例檢測(cè)
臨床分子生物學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)以分子雜交技術(shù)、PCR技術(shù)與DNA測(cè)序技術(shù)、芯片技術(shù)、雙
向電泳技術(shù)、生物信息學(xué)技術(shù)為主要技術(shù)
分子生物學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)可用于微生物感染得確診、感染性病原體得分型、耐藥監(jiān)測(cè)。
分子生物學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)有利于臨床上對(duì)遺傳性疾病得早期預(yù)防、早期診斷、早期治療。
重要國(guó)際生物信息中心:1、美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心(NCBD2、歐洲生物信息學(xué)冊(cè)究
所(EBI)3、日本國(guó)立遺生研究所(DDBJ)
一級(jí)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)有GenBank、EMBL與DDBJ;
蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)有SWISS-PROT、PIR、UNIPROT等。蛋白質(zhì)X射線晶體三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)
庫(kù)有PDB等。
蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)常用得有SWISS-PROT、PIR、PDB數(shù)據(jù)庫(kù)。
二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)非常多,如人類基因組圖譜庫(kù)GDB、轉(zhuǎn)錄因子與結(jié)合位點(diǎn)庫(kù)TRANSFAC、蛋白
質(zhì)結(jié)構(gòu)家族庫(kù)SCOP等。
**乙型肝炎病毒核酸得檢測(cè)常用技術(shù):1、普通PCR技術(shù)2、熒光定量PCR技術(shù)3、支
鏈DNA技術(shù)4、核酸雜交技術(shù)5、雜交捕獲系統(tǒng)6、基因芯片技術(shù)
**HBV基因分型得方法:1,PCR-RFLP2、PCR-RBD3、ELISA4、基因芯片
人乳頭瘤病毒基因組結(jié)構(gòu):HPVDNA為一雙鏈閉環(huán)分子,基因組可分三個(gè)區(qū)段:早期區(qū)
(E)、晚期區(qū)(L)、長(zhǎng)控制區(qū)或上游調(diào)節(jié)區(qū)或非編碼區(qū)。
***HPVDNA檢測(cè)及基因分型:
1、核酸雜交技術(shù)(主要包括核酸印跡、原位雜交,雜交捕獲等技術(shù)。目前常采用HCII
技術(shù)、核酸分子雜交與PCR相結(jié)合得方法。具有較強(qiáng)得特異性,并可分型)2、
PCR技術(shù)**
(采用型特異性引物進(jìn)行HPV快速分型,現(xiàn)已成為HPV惑染最常用得檢測(cè)方法之一。目
前常用通用引物-PCR(GP-PCR)與實(shí)時(shí)定置PCRo1、GP-PCR,依據(jù)不同HPV亞型有共同
保守序列得特點(diǎn)來設(shè)計(jì)通用引物,可廣譜擴(kuò)增HPVDNA,具有較高得敏感性,可檢測(cè)出
10-400拷貝得HPV病毒含量。在GP-PCR得基礎(chǔ)上,建立了巢式PCR與巢式多重PCR檢
測(cè)HPVDNA。提高了檢測(cè)敏感性與多重感染率。2、實(shí)時(shí)定量PCR法,該法可實(shí)現(xiàn)HPV
DNA定量與快速檢測(cè)?,F(xiàn)在市售產(chǎn)品可以檢測(cè)E6與E7得mRNA;進(jìn)行HPV16、18、31、
33與45分型。檢測(cè)靈敏度高,但設(shè)備昂貴,操作繁瑣,不適于宮頸癌得大規(guī)模篩查。)
3、基因芯片技術(shù)(基因芯片可對(duì)HPV進(jìn)行分型與多重感染診斷,適于高通量HPV篩
查)4、流式熒光液芯技術(shù)
5、飛行時(shí)間質(zhì)譜技術(shù)
臨床意義:(一)宮頸疾病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)(-)療效評(píng)估及術(shù)后跟蹤(三)預(yù)防控制與疫苗研發(fā)
**HIV-1基因組中,gag、pol、env為結(jié)構(gòu)基因,編碼病毒核心蛋白(gag)、多聚酶(pol)、
與外膜蛋白(env)。vprvrevxvif、tatvvpu/vpx、nef等6個(gè)基因?yàn)檎{(diào)控基因,編碼
調(diào)控蛋白與輔助蛋白。
核酸序列依賴擴(kuò)增(NASBA)就是一種等溫?cái)U(kuò)增RNA得技術(shù),能直接擴(kuò)增單鏈RNA特異序
列,通過合成cDNA,在等溫條件下進(jìn)行體外序列特異性核酸擴(kuò)增。
NASBA需要AMV逆轉(zhuǎn)錄酶、核糖核酸酶H、噬菌體T7RNA聚合酶共同作用完成。NASBA
分非循環(huán)相(模板RNA與引物I互補(bǔ))與循環(huán)相(轉(zhuǎn)錄得反義RNA與引物II互補(bǔ))兩個(gè)
階段
流行性感冒病毒核酸檢測(cè):主要有R—PCR、實(shí)時(shí)熒光定量RT-PCR、基因芯片、逆轉(zhuǎn)錄-
環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(RT-LAMP)等。
結(jié)核分枝桿菌核酸得檢測(cè):1、PCR2xReal-timePCR3、PCR-RFLP4、線性探
針雜交法(LPA)5、鏈替代擴(kuò)增技術(shù)(SDA)6、擴(kuò)增結(jié)核分枝桿菌直接試驗(yàn)(AMTDT)7、
基因芯片技術(shù)8、GeneXpert全自動(dòng)結(jié)合檢測(cè)平臺(tái)
結(jié)核分枝桿菌得耐藥性檢測(cè):(1)DNA測(cè)序(2)PCR-SSCP(3)PCR-RFLP(4)PCR-RDB⑸
基因芯片技術(shù)
淋病奈瑟菌核酸得檢測(cè):1、PCR2、實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)3、連接酶鏈反應(yīng)4、
連替代擴(kuò)增技術(shù)(SDA)
淋病奈瑟菌得主要耐藥基因:(1)gyrA與parC基因(2)penAxponA基因(3)porB基
因(4)Mtr系統(tǒng)調(diào)控基因(5)erm基因
淋病奈瑟菌耐藥檢測(cè)得分子生物學(xué)技術(shù):(1)DNA測(cè)序⑵PCR-SSCP(3)PCR-RFLP(4)
基因芯片技術(shù)
*醫(yī)院細(xì)菌感染得常用分子生物學(xué)檢驗(yàn)技術(shù):1、脈沖場(chǎng)凝膠電泳(PFGE)被認(rèn)為就是菌
株分子分型得“金標(biāo)準(zhǔn)”2、PCR-RFLP3、擴(kuò)增限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析(AFLP)
4、重復(fù)序列PCR5、隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA技術(shù)6、多位點(diǎn)測(cè)序分型
白假絲酵母菌得分子生物學(xué)檢驗(yàn):1、PCR普通PCR、實(shí)時(shí)PCR、巢式PCR與多重PCR
等2、PCR-斑點(diǎn)雜交3、DNA指紋技術(shù),包括RFLP、隨即擴(kuò)增多態(tài)性分析(RADP)、
電泳核型分析等4、AP-PCR5、DNA序列分析6、基因芯片技術(shù)
新型隱球菌得分子生物學(xué)檢驗(yàn):1、PCR2、斑點(diǎn)雜交3、PCR-RFLP
沙眼衣原體得分子生物學(xué)檢驗(yàn):1、PCR2、連接酶鏈反應(yīng)3、DNA序列分析
肺炎衣原體得分子生物學(xué)檢驗(yàn):PCR、實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)、巢式PCR與競(jìng)爭(zhēng)性PCR
肺炎支原體得分子生物學(xué)檢驗(yàn):1、PCR2、核酸雜交,探針有特異性DNA片段探件、
人,合成得寡核甘酸探針、全DNA探針。常用斑點(diǎn)雜交。3、PCR-RFLP
梅毒螺旋體得分子生物學(xué)檢驗(yàn):1、PCR2、核酸雜交3、PCR-RFLP
分子生物學(xué)檢驗(yàn)可早期診斷患者得梅毒感染,及時(shí)治療,防止病情惡化與蔓延。另外就
是耐藥基因分析與流行病學(xué)研究得首選方法。
弓形蟲DNA主要有三種形式:染色體DNA、線粒體DNA、與胞質(zhì)DNA利
用分子生物學(xué)技術(shù)已檢出弓形蟲得主要基因有B1基因、P22基因(SAG2)、P30基因
(SAG1)、P43(SAG3)與棒狀體蛋白1(R0P1)等。分生檢
測(cè):1、PCR主要側(cè)重檢測(cè)B1基因與P30基因。2、斑點(diǎn)雜交
a珠蛋白合成障礙性貧血得分子生物學(xué)檢驗(yàn)1、PCR2、Southern印跡雜交3、AS-
PCR4、SSCP5、gap-PCR
B珠蛋白生成障礙性貧血得分子生物學(xué)檢驗(yàn):PCR-RDB、PCR-RFLP、基因芯片、PCR-ASO、
AS-PCR
血友病B得分子生物學(xué)檢驗(yàn):直
接檢測(cè)法有Southern印跡雜交、DNA測(cè)序、基因芯片與毛細(xì)管電泳;間接
檢測(cè)方法有RFLP、SSCP、變性梯度凝膠電泳(DGGE)、雙脫氧指紋圖譜、變性高效液相
色譜(DHPLC)。
脆性X綜合征得分子生物學(xué)檢驗(yàn):
(一)Southern印跡雜交(二)PCR(三)微衛(wèi)星序列分析通過分
子診斷FMR-1基因突變開展患者判定、攜帶者篩查、產(chǎn)前診斷與群體篩查等。
腫瘤相關(guān)得基因:原癌基因、抑癌基因、細(xì)胞周期調(diào)節(jié)基因、細(xì)胞凋亡基因以及維持
細(xì)胞基因組穩(wěn)定性基因等。
細(xì)胞周期調(diào)節(jié)基因:周期蛋白(cyclins)、周期蛋白依賴性激酶(CDKs)、CDK抑制因子
(CKIs)及細(xì)胞周期檢查點(diǎn)等其她蛋白
細(xì)胞凋亡相關(guān)基因可分三類:促細(xì)胞凋亡基因、抑制細(xì)胞凋亡基因、細(xì)胞凋亡過程中表
達(dá)得基因。
P53就是研究得較為充分得與腫瘤發(fā)生、發(fā)展關(guān)系明確得抑癌基因,絕大多數(shù)腫瘤都伴
有P53基因得突變。
乳腺癌(17號(hào)染色體長(zhǎng)臂上)得發(fā)生、發(fā)展緊密聯(lián)系得基因有BRCA1、BRCA2、TP53、t
erbB2xc-MycvP53、Bcl-2、BAX、iASPP、ATMXMDM-2以及PTEN等
乳腺癌得分子生物學(xué)檢驗(yàn):1、
雌激素受體(ER)與孕激素受體(PR)檢測(cè)(免疫組織化學(xué))2vc-
erbB-2/HER2檢測(cè)(免疫組化、熒光原位雜交)
3、PS2檢測(cè)
4、Ki67檢測(cè)
5、乳腺癌復(fù)發(fā)基因檢測(cè)(DNA微集陣列技術(shù)、多基因RT-PCR定量檢測(cè)技術(shù))(70基因
檢測(cè)方法、21基因檢測(cè)方法)
遺傳性結(jié)直腸癌相關(guān)基因:結(jié)腸腺瘤性息肉?。ˋPC)基因、DNA錯(cuò)配修復(fù)(MMR)基因、
微衛(wèi)星異常
微衛(wèi)星異常主要表現(xiàn)為:微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI);微衛(wèi)星雜合性丟失(LOH)o
結(jié)直腸癌得分子生物學(xué)檢驗(yàn):1、HNPCC得篩查2、微衛(wèi)星異常檢測(cè)3、APC基因突變
檢測(cè)4、DCC基因突變檢測(cè)5、DNA甲基化得檢測(cè)6、結(jié)直腸癌個(gè)體化治療得相關(guān)檢
測(cè)
白血病相關(guān)基因突變:C-KIT、FLT3、NPM(核仁磷酸蛋白)、N-RAS、N0TCH1
白血病相關(guān)基因表達(dá)異常:WT1、H0X1K白血病融合基因。(WT1可作為不伴特異分子
異常得AML微小殘留白血病(MRD)得理想檢測(cè)指標(biāo))
白血病得分子生物學(xué)檢驗(yàn):FISH、PCR、RT-PCRx實(shí)時(shí)定量PCR(FISH適于多種臨床標(biāo)本,
但靈敏度不及PCR,主要用于初診與復(fù)發(fā)得檢測(cè)。)
線粒體12SrRNA基因得A1555G與C1494T突變就是導(dǎo)致氨基糖昔類抗生素耳毒性得主
要分子致病基礎(chǔ)。tRW°T7511c等突變則與非綜合征型耳聾相關(guān);而
tRNA,頡)A3243G等突變可導(dǎo)致綜合征型耳聾。
耳聾相關(guān)得mtDNA突變得檢測(cè):1、PCR-RFLP2、DHPLC3、DNA測(cè)序4、基因芯
片
LHON(Leber遺傳性視神經(jīng)病變)相關(guān)得mtDNA突變位點(diǎn)得檢測(cè)方法有PCR-RFLP、PCR-
SSCPxDHPLCxDNA測(cè)序、熒光定■PCR、AS-PCR、及基因芯片等
tRNALeugA3243G仍就是目前國(guó)際上唯一公認(rèn)得線粒體糖尿病致病突變
線粒體糖尿病得分子生物學(xué)方法:PCR-DHPLC、PCR-RFLP、PCR-測(cè)序、熒光定量PCR、
基因芯片等。
染色體結(jié)構(gòu)異常類型有缺失、重復(fù)、倒位、等臂染色體、環(huán)狀染色體、易位等類型。
染色體疾病常用得分子生物學(xué)檢驗(yàn)技術(shù):FISH、MLPA、CGH、無(wú)損傷產(chǎn)前染色體病分子
生物學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)
藥物相關(guān)基因分類:藥物作用靶點(diǎn)相關(guān)基因、藥物代謝酶基因(CYP450、N-乙酰基轉(zhuǎn)移
酶)、藥物副反應(yīng)相關(guān)基因
植入前遺傳學(xué)診斷(PGD):PCR及其相關(guān)技術(shù)、多色熒光原位雜交技術(shù)、全基因組擴(kuò)增
及基因芯片等相繼應(yīng)用于PGD。
PGD最早適用于包括性別診斷、某些單基因遺傳病、染色體結(jié)構(gòu)與數(shù)目異常等
植入前遺傳學(xué)診斷(PGD)常用得分子生物學(xué)技術(shù):單細(xì)胞PCR技術(shù)、熒光原位雜交、植
入前遺傳學(xué)單倍型分析(PGH)技術(shù)、非整倍體篩選(PGS)
分子生物學(xué)技術(shù)在HLA分型中得應(yīng)用(DNA分型技術(shù)):1、RFLP與PCR-RFLP技術(shù)2、
PCR-SSCP技術(shù)3、測(cè)序技術(shù)4、PCR-SSO技術(shù)5、PCR-SSP技術(shù)6、基因芯片技
術(shù)7、流式細(xì)胞儀技術(shù)8、氨基酸殘基配型標(biāo)準(zhǔn)分型技術(shù)
測(cè)序技術(shù)(就是最可靠、最直接、最準(zhǔn)確得HLA分型方法)
法醫(yī)物證學(xué)主要內(nèi)容包括:個(gè)體識(shí)別、親子鑒定、性別鑒定、種族與種屬認(rèn)定。
核酸標(biāo)志物存在多種不同得形式,包括基因突變位點(diǎn)、基因多態(tài)性位點(diǎn)、等位基因,
mRNA、mircoRNAv線粒體DNA、病原生物基因組DNA、DNA甲基化位點(diǎn)與循環(huán)核酸等。
熒光原位雜交技術(shù)(FISH)得原理:將標(biāo)記得核酸探針變性后,利用探針與被檢樣本上已
變性得靶核酸序列在退火溫度下復(fù)性,進(jìn)行分子雜交,對(duì)大得靶序列(>1kb)采用直接標(biāo)
記得熒光探針,對(duì)于小得靶核酸序列以及弱雜交信號(hào)通過生物素或地高辛標(biāo)記核酸探針,
在用熒光標(biāo)記得配體(如抗體)進(jìn)行雜交信號(hào)放大,最后用熒光顯微鏡觀察熒光信號(hào),在
不改變被檢標(biāo)本(即維持其原位)得情況下對(duì)靶核酸序列進(jìn)行定位、定性與半定量分析。
(用于FISH得探針可以就是DNA或RNA,核酸探針得標(biāo)記方法可用缺口翻譯法、隨機(jī)引
物法、PCR法或體外轉(zhuǎn)錄法)
FISH就是一種非放射性原位雜交,其原理就是將標(biāo)記了熒光得探針與固定在載玻片上
細(xì)胞染色體或染色質(zhì)得特異部位進(jìn)行原位雜交,然后用熒光顯微鏡在不同波長(zhǎng)得激發(fā)光
下觀察,判斷特定染色體得數(shù)目或其存在或缺失得情況。具有簡(jiǎn)單、快速、靈敏度高、
特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)。
熒光原位雜交技術(shù)得方法特點(diǎn):1、簡(jiǎn)便、穩(wěn)定、直觀、省時(shí)2、檢測(cè)結(jié)果得局限性
FISH檢測(cè)得一般過程①標(biāo)本玻片得制備;②標(biāo)本預(yù)處理;③探針與標(biāo)本得變性;④原
位雜交;⑤雜交后得洗滌與復(fù)染;⑥FISH信號(hào)分析。
多重連接依賴性探針擴(kuò)增(MLPA):利用多重PCR擴(kuò)增反應(yīng)檢測(cè)與探針雜交與連接反應(yīng)得
組合,可在同一反應(yīng)管內(nèi)司時(shí)檢測(cè)被檢樣本40~50個(gè)不同得DNA或RNA序列得拷貝數(shù)變
化。
MLPA技術(shù)得原理:樣本得每個(gè)被檢測(cè)位點(diǎn)包括兩個(gè)特異得寡核昔酸片段探針,一個(gè)由化
學(xué)合成(5'端探針,如圖1A與2A),另一個(gè)通常經(jīng)M13噬菌體衍生法制備(也可由化學(xué)合
成法合成,探針設(shè)計(jì)略有不同)得探針(3’端探針,1B與2B),5'端探針包括探針5'端
一段通用引物序列X
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