1、菌株 JP1降解PAHs的生物信息學(xué)分析報告人：孔靜2016-1-11菌株 JP1全基因組測序菌株 Pseudomonas stutzeri JP1 由本課題組從汕頭海域海底沉積物中分離得到?；蚪M測序、序列拼接以及初步的序列分析由深圳華大基因科技有限公司完成。主要運用Illumina 高通量測序技術(shù)，采用全基因組鳥槍法（WGS）進(jìn)行建Paired-End片段庫進(jìn)行測序?；蚪M長度3.59Mb（3593793bp）基因個數(shù)4533GC含量65.44%基因在基因組中的含量86.46%基因平均長度792bp基因間區(qū)長度562817bp基因間區(qū)GC含量63.15%基因間區(qū)在基因組中的含量13.54%

2、 菌株JP1基因組統(tǒng)計表 菌株JP1的KEGG代謝通路二級分類圖外源物質(zhì)的生物降解和代謝碳水化合物和氨基酸代謝遺傳信息處理：復(fù)制和修復(fù)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和膜轉(zhuǎn)運細(xì)胞運動cis-3,4-phenanthrenedihydrodiol-4-carboxylate dehydrogenase PAH dioxygenase pyrene dioxygenase naphthalene 1,2-dioxygenase subunit alpha PAHs從高環(huán)到低環(huán)的降解既有區(qū)別又有聯(lián)系的。2NrCOGKEGGSwissprotTrEMBL511139144434871066634345222336463五大數(shù)

3、據(jù)庫注釋雙加氧酶韋恩圖兒茶酚1,2-雙加氧酶苯甲酸雙加氧酶亞單位菌株 JP1中雙加氧酶的注釋21KEGGTrEMBLSwissprot菌株 JP1中單加氧酶的注釋5111三大數(shù)據(jù)庫注釋單加氧酶韋恩圖烷烴加氧酶厭氧降解多環(huán)芳烴相關(guān)信息NrCOGKEGGSwissprotTrEMBL菌株 JP1中羧化酶的注釋五大數(shù)據(jù)庫注釋羧化酶韋恩圖59128934675835753435353435633533有沒有必要對菌株JP1中的基因重新注釋？phenanthrene 9,10-monooxygenase 部分施氏假單胞菌基因組的比較AB利用軟件Mauve2.3.1分析菌株 JP1與菌株 ATCC1758

4、8基因組比較基因組的進(jìn)一步分析？菌株 JP1轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析 利用 Illumina HiSeq 2500測序儀，PE125的測序策略完成樣品轉(zhuǎn)錄組測序。1. 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理 2. 測序評估3. 基因的注釋 4. 基因的GO功能分類5. 差異表達(dá)基因分析6. Pathway分析 2、測序Reads質(zhì)量評估Total Unigenes3900Nr3820COG3258Swissport2902Kegg2521annotation gene:3820without annotation gene number:803. 基因表達(dá)注釋Gene Ontology(

5、簡稱GO)是一個國際標(biāo)準(zhǔn)化的基因功能分類體系，GO總共有三個Ontology，分別描述基因的分子功能（molecularfunction）、所處的細(xì)胞位置（cellular component）、參與的生物過程（biological process）。4、Unigene的GO功能分類 5、差異表達(dá)基因分析TreatedControl up-regulated genes numberdown-regulated genes numberan-Pyran-Glu68968ae-Pyr657144an-Phean-Glu541807ae-Phe401244an-Napan-Glu351835an- Pyr vs an-Gluan- Nap vs an-Gluan- Phe vs an-Glu54356817252130不同PAH處理下上調(diào)表達(dá)基因韋恩圖相對于唯一變量碳源，氧氣做為唯一變量時，產(chǎn)生更多的差異基因。初步推測該酶是厭氧降解PAHs第一步關(guān)鍵酶。下一步計劃：1、利用RT-qPCR技術(shù)，在轉(zhuǎn)錄水平上驗證加氧酶和羧化酶在底物的誘導(dǎo)下轉(zhuǎn)錄情