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文檔簡介
Mestre-C
WINNMR核磁處理軟件
核磁數(shù)據(jù)處理軟件
有:NUTS、MestRe-C、Gifa等;
NUTS可以處理一維及二維核磁數(shù)據(jù),其功能包括付立葉變換、相位校正、差譜、模擬譜、勻場練習(xí)等幾乎所有核磁儀器操作軟件的功能;其演示版在下載MestRe-C為處理一維二維核磁數(shù)據(jù)的免費軟件,功能完善。其最新版本為2.3,有興趣可在處查看有關(guān)信息即下載;或所內(nèi)網(wǎng)站上下載;Gifa可以處理一至三維核磁數(shù)據(jù),為運行在LINUX操作系統(tǒng)中X-Window上的免費軟件,有關(guān)信息可查看http://www.cbs.univ?montp1.fr/GIFA核磁處理軟件Mestre-C
軟件安裝從ftp上下載軟件,安裝完畢后,將crack軟件解壓縮后將其拷貝到安裝程序所在文件夾,覆蓋原文件即可獲取核磁數(shù)據(jù)軟件本身帶有一個ftp客戶端軟件可以從網(wǎng)絡(luò)下載數(shù)據(jù)打開已經(jīng)下載的數(shù)據(jù)軟件可以自動識別核磁數(shù)據(jù)的格式(不同儀器產(chǎn)生的數(shù)據(jù)格式不同)對于所有的儀器,原始的核磁數(shù)據(jù)文件名為fid對于bruker儀器產(chǎn)生的數(shù)據(jù),因其可以保存處理好的數(shù)據(jù),可由Mestre-C軟件直接打開,文件名1D為1r,2D為2rr核磁數(shù)據(jù)的目錄結(jié)構(gòu)Bruker儀器:文件名\編號\,原始數(shù)據(jù)存儲在這個文件夾中File\open\文件所存盤\文件名\樣品編號\pdata\處理編號\文件類型(allfiles)\文件名1D為1r,2D為2rr,處理過的數(shù)據(jù)存儲在這個文件夾中一維數(shù)據(jù)處理的步驟打開原始數(shù)據(jù)文件fid文件,是一個遞減的波形文件進行傅立葉變換,設(shè)置參數(shù),最重要的是setfunctions中的第一個參數(shù)(窗函數(shù))調(diào)整相位基線校正積分,定標,標記化學(xué)位移等譜圖處理-設(shè)置窗函數(shù)單擊ft按鈕,在對話框中點擊setfunction(s)在打開的對話框中,修改exponentia的值缺省是0.5Hz,增加此項數(shù)值將會是峰型變寬,但可消除裂分相位校正可選擇自動相位校正如果效果不好,可使用手動校正點擊手動相位校正按鈕在對話框中點擊biggest按鈕在對話框中間部分按住鼠標左鍵,調(diào)整最高峰附近的峰的相位在對話框中間部分按住鼠標右鍵,調(diào)整遠離最高峰的其他峰的相位調(diào)到峰行對稱基線校正點擊工具按鈕上基線校正按鈕,在菜單中選擇fullauto即可核磁畫圖
可以不做以上操作直接進入圖譜按以下操作進行圖譜處理。1D處理標記峰定標積分譜圖顯示2D處理標記峰找出變換好的圖譜路徑如下:File\open\文件所存盤\文件名\樣品編號\pdata\文件類型(所有文件allfiles)\文件名1D為1r,2D為2rr1D點擊PeakPicking按鈕,使用鼠標在譜圖中進行標記
點擊PeakPicking按鈕,使用鼠標選中(框住)在譜圖中進行標記
化學(xué)位移保留小數(shù)點后3-5位:
options/properties/peakpick/decimal測試參數(shù)顯示雙擊鼠標左鍵跳出對話框選擇showspectrumparameter/ok上面有儀器頻率定標如果化學(xué)位移出現(xiàn)偏差,可使用工具條上標有TMS的按鈕進行定標:單擊TMS按鈕,鼠標指針變?yōu)槭中驮跇藴史迳蠁螕羰髽嗽趶棾龅膶υ捒蛑休斎牖瘜W(xué)位移值積分點擊積分按鈕,使用鼠標進行積分可使用自動積分積分值可以到出到文件點擊積分按鈕,按住鼠標左鍵拉動進行積分
用鼠標雙擊某一積分面積跳出對話框把它定為1對積分面積進行調(diào)整,后copy到word
鼠標拉倒邊框處,點右鍵對邊框進行調(diào)整譜圖顯示可使用工具按鈕上有關(guān)譜圖顯示的按鈕進行譜圖放大,縮小等操作Mestre-C有關(guān)參數(shù)的設(shè)置窗口背景,options-》seting譜圖參數(shù),options-》properties找出變換好的圖譜路徑如下:File\open\文件所存盤\文件名\樣品編號\pdata\文件類型(所有文件allfiles)\文件名1D為1r,2D為2rr2D處理2D粘貼1D:從上面圖標上點擊setup1DTraces再從跳出的對話框中點擊leadfromdisk選擇1D查找范圍,樣品所在,樣品名,圖譜編號pdat/1r雙擊。調(diào)整1D:如圖按左邊對話進行調(diào)整。選中1D上邊(或左邊),雙擊鼠標左鍵跳出對話框用箭頭調(diào)整1D2D校正:advance/shiftspectrumvector/pointsto增減。添加方框線:options/setting/gride.選為黑色
畫圖:選擇從上面圖標上點擊紅色方框,再從跳出的對話框中點擊紅色方框圖旁邊的第二個圓圈圖。2D去邊框:
粘貼好1D后,選中1D上邊(或左邊),點擊鼠標右鍵/properties/set/none/ok/apply/ok2D去邊框:
粘貼好1D后,選中1D上邊(或左邊),點擊鼠標右/properties/set/none/ok/apply/okNOESY,QC需要照以下路徑操作:
界面左邊lev/negative調(diào)為0(+/-)
C和DEPT依次打開C和DEPT;將C譜取峰,校正,確定C譜范圍;將DEPT打開,并確定成與C譜相同范圍將C譜復(fù)制edit/copyspectrum在打開的DEPT中將復(fù)制的C譜粘貼在工具欄stack隨后通過工具欄“左右居”中將兩張譜對齊以下操作類推即可,此時需用edit/selectallspectrum工具選擇所用圖譜,然后再copy分別打開13和dept,固定化學(xué)位移路徑如下,view/zoom/manualzoom取消縱坐標,擊鼠標右擊properties/verticalscale/選擇showscale取消dept中的橫坐標和縱坐標,擊鼠標右擊properties/verticalscale(horzscale)/選擇showscale,取消dept中的邊界線,擊鼠標右擊properties/spectrum/spectrumborders/set/none/ok將C譜復(fù)制edit/copyspectrum在新打開文件中,再把DEPT復(fù)制至其中,拉動邊框使其左右對齊,做好的13Cdept核磁處理軟件WINNMR
網(wǎng)絡(luò)版WINNMR軟件從ftp上下載該軟件在安裝界面中選擇安裝:WINNMR1D:1DPostprocessingWINNMR2D:2DPostprocessingWIBukey2.52asoftwareprotection
安裝完后在c:\windows\d2nmr.init中加入[settings]Network=1Nethasp=1網(wǎng)絡(luò)版WINNMR軟件此軟件對1D譜放大及DEPT畫圖較好。找出變換好的圖譜路徑如下:File\open\文件所存盤\文件名\樣品編號\1D為1r,2D為2rr點開1D點擊PeakPicking按鈕,使用鼠標在譜圖中進行標記添加圖譜參數(shù)output/acpu從里面選擇所需參數(shù)/showselect/ok標記峰
圖譜路徑如下analysis/peapking/pc/ok;點擊*2/2對圖譜調(diào)整添加圖譜參數(shù)output/acpu從里面選擇所需參數(shù)。analysis/peakpicking/pc/ok/mousepp框出所需的峰/returnanalysis/Calibration/calibraic/returnanalysis/integration/點擊積分按鈕,使用鼠標左鍵右鍵把光標放到最小的峰上進行積分//return/yes打印output/printersetup/setup/布局/橫向/確定/ok(此設(shè)置好后即可)
標峰、校準及積分路徑如下:調(diào)整圖譜點擊左邊preview鼠標左鍵選中圖譜,向左拉動右邊邊框,再用鼠標左鍵選中參數(shù)欄,將其拖到圖譜右邊。鼠標左鍵選中圖譜,向上下、左右拉動邊框,用鼠標點擊*2/2調(diào)整圖譜峰高。
打印:
點擊preview/yes選中參數(shù)把參數(shù)拖到適當(dāng)位置printoredit/copy到word,點擊界面左上角nmrzoom進行放大C和DEPT按照氫譜做法打開碳譜,進行校準標峰后點擊preview雙擊鼠標左鍵跳出對話框把xstar和xstop化學(xué)位移固定,把顏色改為黑色點擊ok,再file/savemetafile/確定/yes儲存,return。照上述操作打開dept/preview/調(diào)整圖譜放在中間,刪除參數(shù),雙擊取消axis、fram,選定star、stop/ok/在file/openmetafile/確定調(diào)整13C/savemetafile/確定/yes
File\open\文件所存盤\文件名\碳譜編號\1ranalysis/peakpicking/pc/ok/mousepp框出所需的峰
點擊preview雙擊鼠標左鍵跳出對話框把xstar和xstop化學(xué)位移固定固定譜寬化學(xué)位移
鼠標左鍵選中圖譜,向左拉動右邊邊框,再用鼠標左鍵選中參數(shù)欄,將其拖到圖譜右邊。鼠標左鍵選中圖譜,向下拉動上邊邊框,縮小到頁面1/3處,用鼠標點擊*2/2調(diào)整圖譜峰高。
鼠標
照上述操作打開dept/preview/調(diào)整圖譜放在中間,刪除參數(shù),雙擊取消axis、fram,選定star、stop固定化學(xué)位移/ok/在file/openmetafile/確定調(diào)整dept/savemetafile/確定/yes
*2/2調(diào)整譜峰度
拉大、縮小邊框
選中取消
照上述操作打開dept135/preview重復(fù)上述操作/openmetafile/確定調(diào)整13C/printorcopy到2D處理
找出變換好的圖譜路徑如下:File\open\文件所存盤\文件名\樣品編號\2rr粘貼1r圖譜路徑如下:Utilities/f1-axisext/文件所存盤/文件名/樣品編號/pdata處理編號/文件類型(allfiles)/1r/acceptUtilities/f2-axisext/文件所存盤/文件名/樣品編號/pdata處理編號/文件類型(allfiles)/1r/accept
可以拉大邊框?qū)D譜大小調(diào)整,拉后要選中上邊和左邊的1D調(diào)整,點擊右面automaticfactor改為2調(diào)整畫面。
放大圖譜只要用鼠標框中2D在點擊鼠標左右鍵,然后分別用鼠標點擊上邊和左邊的1D調(diào)整,通過點擊一邊把一邊變?yōu)榛疑?,另一邊變?yōu)樗{色進行調(diào)整(灰色不變,藍色變)。打印要把右面colors設(shè)置為黑色
對于2D(hsqc、roesy)需要點擊左上角+/-對正負面選擇恰當(dāng)?shù)囊幻孢M行處理。下圖為點擊+/-前
處理前圖譜不理想,處理后較好圖譜,
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