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6.蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)組學(xué)(1)蛋白質(zhì)組:1994年提出,最早見(jiàn)于文獻(xiàn)是在1995年7月的“Electrophoresis”雜志上。指基因組表達(dá)的所有相應(yīng)的蛋白質(zhì),也可說(shuō)是指細(xì)胞或機(jī)體全部蛋白質(zhì)的存在及其活動(dòng)方式。(2)蛋白質(zhì)組學(xué):研究細(xì)胞內(nèi)全部蛋白質(zhì)的組成及其活動(dòng)規(guī)律的科學(xué)。2025/8/171第一頁(yè),共二十四頁(yè)。7.蛋白質(zhì)組具有多樣性和可變性的特點(diǎn)(1)蛋白質(zhì)的種類(lèi)和數(shù)量在同一機(jī)體的不同細(xì)胞中是各不相同的。(2)同一細(xì)胞,在不同時(shí)期、不同條件下,蛋白質(zhì)組也是在不斷改變的。(3)在病理或治療過(guò)程中,細(xì)胞蛋白質(zhì)的組成及其變化與正常生理過(guò)程的也不同。2025/8/172第二頁(yè),共二十四頁(yè)。
細(xì)胞中的基因一般不是全部表達(dá),一個(gè)細(xì)胞大約只含有5~6千種不同的蛋白,其中80%的蛋白是維持生命所必需而為所有的細(xì)胞所共有,稱為“看家蛋白”。人體至少有250種不同的細(xì)胞,每一種細(xì)胞可能表達(dá)3~4百種自己特有的蛋白,所以人體擁有的總蛋白數(shù)可能要大于10萬(wàn)種。2025/8/173第三頁(yè),共二十四頁(yè)。二、蛋白質(zhì)組學(xué)的研究?jī)?nèi)容1.細(xì)胞或組織內(nèi)蛋白質(zhì)的表達(dá)模式及修飾(表達(dá)蛋白質(zhì)組學(xué)):關(guān)鍵技術(shù):2-D電泳2.蛋白質(zhì)的序列和高級(jí)結(jié)構(gòu)(結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學(xué)):X-射線衍射分析(晶體結(jié)構(gòu)分析)、多維核磁共振波譜分析、電鏡二維晶體三維重構(gòu)術(shù)(電子晶體學(xué))。2025/8/174第四頁(yè),共二十四頁(yè)。3.蛋白質(zhì)的胞內(nèi)分布及移位(細(xì)胞圖譜蛋白質(zhì)組學(xué)):確定蛋白質(zhì)在亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)中的位置,通過(guò)純化細(xì)胞器或用質(zhì)譜儀鑒定蛋白復(fù)合物組成等。4.蛋白質(zhì)的功能模式(功能蛋白質(zhì)組學(xué)):蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)及其與其他分子的相互作用2025/8/175第五頁(yè),共二十四頁(yè)。三、蛋白質(zhì)組研究的相關(guān)技術(shù)(一)研究細(xì)胞或組織內(nèi)蛋白質(zhì)表達(dá)模式的技術(shù):
2-D電泳1.1975年,PatrickOˊFarrel發(fā)明了雙向凝膠電泳。2.操作(1)等電聚焦。(2)平衡膠條。(3)第二相SDS。2025/8/176第六頁(yè),共二十四頁(yè)。2025/8/177第七頁(yè),共二十四頁(yè)。2025/8/178第八頁(yè),共二十四頁(yè)。圖3蛋白質(zhì)微型電泳系統(tǒng)蛋白質(zhì)微型電泳系統(tǒng)2025/8/179第九頁(yè),共二十四頁(yè)。2025/8/1710第十頁(yè),共二十四頁(yè)。2025/8/1711第十一頁(yè),共二十四頁(yè)。2025/8/1712第十二頁(yè),共二十四頁(yè)。2025/8/1713第十三頁(yè),共二十四頁(yè)。3.2-D膠上蛋白質(zhì)鑒定(1)早期Westernblot鑒定(2)Edman降解法鑒定(3)肽質(zhì)量指紋(peptide-massfingerprinting)技術(shù)鑒定(4)蛋白質(zhì)組信息學(xué)2025/8/1714第十四頁(yè),共二十四頁(yè)。2D電泳→
Mass定序分析2025/8/1715第十五頁(yè),共二十四頁(yè)。*二級(jí)結(jié)構(gòu)測(cè)定通常采用圓二色光譜(circulardichroism,CD)測(cè)定溶液狀態(tài)下的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)含量。
-螺旋的CD峰有222nm處的負(fù)峰、208nm處的負(fù)峰和198nm處的正峰三個(gè)成分;而
-折疊的CD譜不很固定。2025/8/1716第十六頁(yè),共二十四頁(yè)。蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的研究方法(1)X-射線衍射法(X-raydiffractionmethod)(2)核磁共振(NMR)(3)光譜法(紅外光譜、紫外差光譜、熒光光譜)(4)旋光色散法(opticalrotatorydispersion,ORD)(5)園二色性(circulardichroism,CD)(6)氫同位素交換法2025/8/1717第十七頁(yè),共二十四頁(yè)。X-射線衍射法簡(jiǎn)單原理2025/8/1718第十八頁(yè),共二十四頁(yè)。2.通過(guò)氨基酸序列知識(shí)去辨識(shí)和推引出其決定的三維結(jié)構(gòu)(1)用分子力學(xué)、分子動(dòng)力學(xué)的方法,根據(jù)理化的基本原理,從理論上計(jì)算蛋白質(zhì)分子的空間結(jié)構(gòu)。(2)通過(guò)對(duì)已知空間結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)進(jìn)行分析,找出一級(jí)結(jié)構(gòu)與空間結(jié)構(gòu)的關(guān)系,總結(jié)出規(guī)律,用于新蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)。
2025/8/1719第十九頁(yè),共二十四頁(yè)。電腦模擬蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能MoleculardynamicssimulationofProteinStructure&Function
2025/8/1720第二十頁(yè),共二十四頁(yè)。(三)蛋白質(zhì)序列測(cè)定
1.蛋白質(zhì)直接測(cè)序的用途
2.肽序列分析的基本步驟:(1)分析已純化蛋白質(zhì)氨基酸殘基的組成。(2)測(cè)定頭尾氨基酸。(3)把肽鏈水解成片段,分別進(jìn)行分析,得到肽圖。(4)Edman降解2025/8/1721第二十一頁(yè),共二十四頁(yè)。(四)研究蛋白質(zhì)胞內(nèi)分布及移位的方法1.分別收集細(xì)胞不同區(qū)域內(nèi)蛋白質(zhì),然后進(jìn)行2-D電泳和蛋白質(zhì)鑒定。不能采用離心的方法獲取各組分蛋白,而用順序抽提亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的方法。2.將胞內(nèi)特定蛋白質(zhì)進(jìn)行熒光標(biāo)記,然后在熒光顯微鏡下進(jìn)行觀察蛋白質(zhì)移位。2025/8/1722第二十二頁(yè),共二十四頁(yè)。四、蛋白質(zhì)組學(xué)研究的應(yīng)用1.用于尋找疾病相關(guān)的蛋白質(zhì):標(biāo)志物。
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