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第十二章蛋白質(zhì)生物合成第一頁(yè),共59頁(yè)。第一節(jié)
三種RNA在蛋白質(zhì)生物合成中的作用一、mRNA的模板作用mRNA是蛋白質(zhì)多肽鏈合成的直接模板。mRNA將DNA的遺傳信息傳遞給蛋白質(zhì),是基因表達(dá)時(shí)的中介,所以又稱信使RNA。每一種mRNA至少能指導(dǎo)合成一條多肽鏈。第二頁(yè),共59頁(yè)。遺傳密碼(又稱密碼子,簡(jiǎn)稱密碼):mRNA分子中含有AGCU四種不同的堿基所代表的核苷酸。從5'→3'方向每3個(gè)相鄰的核苷酸組成一個(gè)三聯(lián)密碼即遺傳密碼。可組成64種不同的密碼。包含:20種氨基酸,起始密碼,終止密碼。第三頁(yè),共59頁(yè)。背景環(huán)境分析第四頁(yè),共59頁(yè)。
蛋白質(zhì)生物合成體系基本原料:20種編碼氨基酸模板:mRNA適配器:tRNA裝配機(jī):核蛋白體主要酶和蛋白質(zhì)因子:氨基酰-tRNA合成酶、轉(zhuǎn)肽酶、起始因子、延長(zhǎng)因子、釋放因子等能源物質(zhì):ATP、GTP無(wú)機(jī)離子:Mg2+、K+背景環(huán)境分析第五頁(yè),共59頁(yè)。(一)mRNA是遺傳信息的攜帶者mRNA來(lái)源、生物遺傳信息儲(chǔ)存于DNAmRNA分子中的堿基排列序列決定了蛋白質(zhì)分子中的氨基酸排列順序。mRNA中相鄰的3個(gè)堿基代表一個(gè)氨基酸,三個(gè)相鄰的堿基稱為一組密碼,或稱三聯(lián)體密碼。64組密碼組成遺傳密碼表:起始密碼:1組(AUG),兼作Met的密碼終止密碼:3組(UAA、UGA、UAG)61組密碼編碼20種α-氨基酸背景環(huán)境分析第六頁(yè),共59頁(yè)。遺傳密碼表背景環(huán)境分析第七頁(yè),共59頁(yè)。mRNA的基本結(jié)構(gòu)StartofgeneticmessageCapEndTail5’-端非翻譯區(qū)5
3
3’-端非翻譯區(qū)開(kāi)放閱讀框架從mRNA5-端起始密碼子AUG到3-端終止密碼子之間的核苷酸序列,稱為開(kāi)放閱讀框架(openreadingframe,ORF)。背景環(huán)境分析第八頁(yè),共59頁(yè)。原核生物的多順?lè)醋诱婧松锏膯雾樂(lè)醋臃蔷幋a序列核蛋白體結(jié)合位點(diǎn)起始密碼子終止密碼子編碼序列PPP5
3
蛋白質(zhì)PPPmG-5
3
蛋白質(zhì)AAA…背景環(huán)境分析第九頁(yè),共59頁(yè)。遺傳密碼的特點(diǎn):1.連續(xù)性編碼蛋白質(zhì)氨基酸序列的各個(gè)三聯(lián)體密碼連續(xù)閱讀,密碼子及密碼子的各堿基之間既無(wú)間隔也無(wú)交叉。5’…….AUG
GCA
GUA
CAU……UAA3’AlaValHisMet終止密碼背景環(huán)境分析第十頁(yè),共59頁(yè)?;驌p傷引起mRNA閱讀框架內(nèi)的堿基發(fā)生插入或缺失,可能導(dǎo)致框移突變。纈脯蘇天冬纈丙酪甘纈丙絲精背景環(huán)境分析第十一頁(yè),共59頁(yè)。2.方向性翻譯時(shí)遺傳密碼的閱讀方向是5’→3’,即讀碼從mRNA的起始密碼子AUG開(kāi)始,按5’→3’的方向逐一閱讀,直至終止密碼子。NC肽鏈延伸方向5′3′讀碼方向背景環(huán)境分析第十二頁(yè),共59頁(yè)。3.簡(jiǎn)并性在遺傳密碼表中,共有64組密碼(43)。其中,3組作為翻譯的終止密碼(UAA、UAG和UGA);AUG兼作翻譯的起始密碼(AUG是蛋氨酸的密碼),其余61組密碼(包括AUG作為亮氨酸的密碼)共同編碼20種α-氨基酸。因此,必然有一種氨基酸由多組密碼編碼的現(xiàn)象,稱為密碼的簡(jiǎn)并性。實(shí)際上,除色氨酸與蛋氨酸(由一個(gè)密碼編碼)外,其余氨基酸均由兩個(gè)或兩個(gè)以上的密碼編碼(2~6個(gè))。背景環(huán)境分析第十三頁(yè),共59頁(yè)。各種氨基酸的密碼子數(shù)目背景環(huán)境分析第十四頁(yè),共59頁(yè)。4.通用性:
無(wú)論原核生物如病毒、細(xì)菌等和真核生物包括人類都共用一套遺傳密碼即三聯(lián)體密碼。只是不同生物對(duì)密碼子具有偏愛(ài)性。背景環(huán)境分析第十五頁(yè),共59頁(yè)。(二)tRNA是搬運(yùn)氨基酸的工具
1.tRNA的結(jié)構(gòu)
背景環(huán)境分析第十六頁(yè),共59頁(yè)。tRNA分子中與蛋白質(zhì)合成有關(guān)的位點(diǎn):1)氨基酸結(jié)合位點(diǎn);2)氨酰-tRNA合成酶識(shí)別位點(diǎn);3)核糖體識(shí)別位點(diǎn);4)反密碼位點(diǎn):反密碼與密碼結(jié)合時(shí)方向相反。即反密碼的第1、2、3位堿基分別與密碼的第3、2、1位堿基配對(duì)。背景環(huán)境分析第十七頁(yè),共59頁(yè)。第十八頁(yè),共59頁(yè)。
反密碼與密碼配對(duì)時(shí),反密碼的第2、3位堿基分別與密碼的第2、1位堿基配對(duì)時(shí)嚴(yán)格遵循堿基配對(duì)規(guī)則(即A與U、G與C配對(duì)),而反密碼的第1位堿基與密碼的第3位堿基配對(duì)時(shí)不嚴(yán)格遵循堿基配對(duì)規(guī)則,后者成為擺動(dòng)配對(duì)或不穩(wěn)定配對(duì)(wobblebasepair)。第十九頁(yè),共59頁(yè)。擺動(dòng)配對(duì)情況通過(guò)擺動(dòng)配對(duì),使得攜帶有同種氨基酸的不同tRNA分子可分別結(jié)合在幾種同義密碼上。如反密碼為IGC的丙氨酰-tRNA,可分別結(jié)合到同義密碼GCU、GCC、GCA上(GCU、GCC、GCA均為編碼丙氨酸的密碼)。擺動(dòng)配對(duì)的存在對(duì)于保持生物物種的穩(wěn)定具有重要意義。第二十頁(yè),共59頁(yè)。tRNA是氨基酸與遺傳密碼間的適配器第二十一頁(yè),共59頁(yè)。2.氨酰-tRNA
各種氨基酸和對(duì)應(yīng)的tRNA結(jié)合后形成的氨基酰-tRNA表示為:
氨基酸的三字母縮寫(xiě)-tRNA氨基酸的三字母縮寫(xiě)
例如:丙氨酰-tRNA:Ala-tRNAAla精氨酰-tRNA:Arg-tRNAArg甲硫氨酰-tRNA:Met-tRNAMet起始者甲硫氨酰-tRNA:Met-tRNAiMet延長(zhǎng)甲硫氨酰-tRNA:Met-tRNAeMet第二十二頁(yè),共59頁(yè)。
在生物體內(nèi),一種tRNA只能與一種氨基酸結(jié)合(即一種tRNA只能搬運(yùn)一種氨基酸),而一種氨基酸可與一種以上的tRNA分子結(jié)合,所以,tRNA的種類(80種以上)比氨基酸(20種)多。第二十三頁(yè),共59頁(yè)。(三)核糖體是蛋白質(zhì)生物合成的場(chǎng)所核糖體是肽鏈合成的“裝配機(jī)”。胞質(zhì)中核糖體種類:游離的核糖體---合成細(xì)胞固有蛋白與粗面內(nèi)質(zhì)網(wǎng)結(jié)合的核糖體
---合成帶有信號(hào)肽的分泌性蛋白質(zhì)核糖體由大、小亞基組成,其組成成份包括rRNA和蛋白質(zhì)。第二十四頁(yè),共59頁(yè)。
不同細(xì)胞核蛋白體的組成第二十五頁(yè),共59頁(yè)。
在核糖體上,與蛋白質(zhì)生物合成有關(guān)的主要結(jié)構(gòu)有:1.有容納mRNA的部位;2.有結(jié)合氨酰-tRNA的部位,稱為氨?;课?,簡(jiǎn)稱A位;有結(jié)合肽酰-tRNA的部位,稱為肽?;课?,簡(jiǎn)稱P位;3.有結(jié)合蛋白質(zhì)因子的部位;4.有轉(zhuǎn)肽基酶(transpeptidase)存在,可催化肽鍵的形成;5.具有延長(zhǎng)因子依賴的GTP酶活性。
A位和P位呈緊密相鄰,每個(gè)部位的寬度正好相當(dāng)于mRNA上一個(gè)遺傳密碼的寬度。第二十六頁(yè),共59頁(yè)。第二十七頁(yè),共59頁(yè)。第二十八頁(yè),共59頁(yè)。mRNA與核糖體的結(jié)合原核生物核糖體的小亞基的rRNA(16S)的3′末端有一富含嘧啶的區(qū)段,可與mRNA分子的起始部位的一段富含嘌呤的區(qū)段互補(bǔ)結(jié)合,使mRNA結(jié)合至核糖體上。mRNA分子中的這段富含嘌呤的區(qū)段稱為S-D序列(通常為GGAGGU)。S-D序列位于mRNA的5′端緊接起始信號(hào)的上游。第二十九頁(yè),共59頁(yè)。原核生物mRNA的S-D序列及其與16SrRNA的結(jié)合第三十頁(yè),共59頁(yè)。三、蛋白質(zhì)生物合成過(guò)程蛋白質(zhì)的生物合成過(guò)程包括:①氨基酸的活化與轉(zhuǎn)運(yùn)②活化氨基酸在核糖體上形成多肽鏈。后者是蛋白質(zhì)生物合成的中心環(huán)節(jié),又稱核糖體循環(huán)。③翻譯后加工
第三十一頁(yè),共59頁(yè)。第二節(jié)蛋白質(zhì)生物合成的基本過(guò)程氨基酸的活化與轉(zhuǎn)運(yùn)(準(zhǔn)備階段)肽鏈合成的起始肽鏈的延長(zhǎng)肽鏈的終止翻譯后的加工修飾第三十二頁(yè),共59頁(yè)。
氨基酸與tRNA的結(jié)合需要氨酰tRNA合成酶催化,并需要消耗ATP。一、氨基酸的活化與轉(zhuǎn)運(yùn)氨基酸+tRNA氨基酰-tRNAATP
AMP+PPi氨基酰-tRNA合成酶
氨基酸的活化是指氨基酸與tRNA結(jié)合為氨基酰-tRNA的過(guò)程,稱為氨基酸的活化。在胞質(zhì)中進(jìn)行。第三十三頁(yè),共59頁(yè)。氨基酸+ATP-E氨基酰-AMP-E+PPi
第一步反應(yīng)第三十四頁(yè),共59頁(yè)。第二步反應(yīng)氨基酰-AMP-E+tRNA氨基酰-tRNA+AMP+E第三十五頁(yè),共59頁(yè)。
氨基酰-tRNA合成酶對(duì)底物氨基酸和tRNA都有高度特異性。絕對(duì)專一性:
1個(gè)A.A對(duì)應(yīng)1個(gè)氨基酰tRNA合成酶催化反應(yīng):活化A.A-活化“-COOH”,消耗2個(gè)ATP,產(chǎn)物—氨酰tRNA酶的兩個(gè)位點(diǎn):結(jié)合位點(diǎn)-結(jié)合正確的A.A,活化水解位點(diǎn)-保證A.A序列的正確性(校正活性)氨基酰-tRNA合成酶第三十六頁(yè),共59頁(yè)。二、肽鏈起始階段是指mRNA和起始氨基酰-tRNA分別與核蛋白體結(jié)合而形成翻譯起始復(fù)合物的過(guò)程?;具^(guò)程:1.核蛋白體大小亞基分離;2.mRNA在小亞基定位結(jié)合;3.起始氨基酰-tRNA的結(jié)合;4.核蛋白體大亞基結(jié)合。第三十七頁(yè),共59頁(yè)。指在mRNA模板的指導(dǎo)下,氨基酸依次進(jìn)入核蛋白體并聚合成多肽鏈的過(guò)程。1.進(jìn)位/注冊(cè)2.轉(zhuǎn)肽3.移位
三、肽鏈延長(zhǎng)階段肽鏈延長(zhǎng)在核蛋白體上連續(xù)循環(huán)式進(jìn)行,包括以下三步:每輪循環(huán)使多肽鏈增加一個(gè)氨基酸殘基。第三十八頁(yè),共59頁(yè)。1.進(jìn)位
又稱注冊(cè),是指一個(gè)氨基酰-tRNA按照mRNA模板的指令進(jìn)入并結(jié)合到核蛋白體A位的過(guò)程。第三十九頁(yè),共59頁(yè)。
進(jìn)位需要延長(zhǎng)因子EF-Tu與EF-Ts參與。
第四十頁(yè),共59頁(yè)。2.轉(zhuǎn)肽
轉(zhuǎn)肽是在轉(zhuǎn)肽酶的催化下,核蛋白體P位上起始氨基酰-tRNA的N-甲酰甲硫氨?;螂孽?tRNA的肽?;D(zhuǎn)移到A位并與A位上氨基酰-tRNA的α-氨基結(jié)合形成肽鍵的過(guò)程。第四十一頁(yè),共59頁(yè)。3.移位
轉(zhuǎn)位是在轉(zhuǎn)位酶(延長(zhǎng)因子EF-G)的催化下,核蛋白體向mRNA的3′-端移動(dòng)一個(gè)密碼子的距離,使mRNA序列上的下一個(gè)密碼子進(jìn)入核蛋白體的A位、而占據(jù)A位的肽酰-tRNA移入P位的過(guò)程。移位需要延長(zhǎng)因子EF-G參與。第四十二頁(yè),共59頁(yè)。進(jìn)位移位成肽肽鏈合成延長(zhǎng)(核蛋白體循環(huán))過(guò)程第四十三頁(yè),共59頁(yè)。四、肽鏈終止階段
指核蛋白體A位出現(xiàn)mRNA的終止密碼子后,多肽鏈合成停止,肽鏈從肽酰-tRNA中釋出,mRNA、核蛋白體大、小亞基等分離的過(guò)程。終止階段需要釋放因子RF-1、RF-2和RF-3參與。第四十四頁(yè),共59頁(yè)。RF-3可結(jié)合核蛋白體其他部位,有GTP酶活性,能介導(dǎo)RF-1、RF-2與核蛋白體的相互作用。
釋放因子的功能:識(shí)別終止密碼子RF-1特異識(shí)別UAA、UAG;RF-2特異識(shí)別UAA、UGA。誘導(dǎo)轉(zhuǎn)肽酶轉(zhuǎn)變?yōu)轷ッ富钚源呋律逆溑c結(jié)合在P位的tRNA之間的酯鍵水解,使肽鏈從核蛋白體上釋放。第四十五頁(yè),共59頁(yè)。原核肽鏈合成終止過(guò)程
第四十六頁(yè),共59頁(yè)。五、肽鏈合成后的加工修飾階段新生多肽鏈不具備蛋白質(zhì)的生物學(xué)活性,必須經(jīng)過(guò)復(fù)雜的加工過(guò)程才能轉(zhuǎn)變?yōu)榫哂刑烊粯?gòu)象的功能蛋白質(zhì),這一加工過(guò)程稱為翻譯后修飾。翻譯后修飾使得蛋白質(zhì)組成更加多樣化,從而使蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)上呈現(xiàn)更大的復(fù)雜性。第四十七頁(yè),共59頁(yè)。幾種加工修飾方法1、水解修飾的作用2、個(gè)別氨基酸殘基的共價(jià)修飾作用3、二硫鍵的形成4、亞基間的聚合和連接輔基蛋白質(zhì)生物合成具有重要的意義第四十八頁(yè),共59頁(yè)。第三節(jié)蛋白質(zhì)生物合成的臨床應(yīng)用一、分子病
是由于DNA分子上基因的遺傳信息缺陷,引起mRNA分子異常和合成蛋白質(zhì)異常,是蛋白質(zhì)分子一級(jí)結(jié)構(gòu)發(fā)生改變所致的疾病的總稱。例如:鐮刀形紅細(xì)胞性貧血(人類發(fā)現(xiàn)的第一個(gè))
分子病是一種遺傳病第四十九頁(yè),共59頁(yè)。二、干擾素抗病毒感染干擾素(IFN)是真核細(xì)胞被病毒感染后分泌的一類具有抗病毒作用的蛋白質(zhì),可抑制病毒的繁殖。干擾素分為α-(白細(xì)胞)型、β-(成纖維細(xì)胞)型和γ-(淋巴細(xì)胞)型三大類,每類各有亞型,分別具有其特異作用。第五十頁(yè),共59頁(yè)。干擾素抑制病毒的作用機(jī)制有兩方面:一是干擾素在某些病毒雙鏈RNA存在時(shí),能誘導(dǎo)特異的蛋白激酶活化,該活化的蛋白激酶使eIF-2磷酸化而失活,從而抑制病毒蛋白質(zhì)合成;二是干擾素能與雙鏈RNA共同活化特殊的2ˊ-5ˊ寡聚腺苷酸(2ˊ-5ˊA)合成酶,催化ATP聚合,生成單核苷酸間以2ˊ-5ˊ磷酸二酯鍵連接的2ˊ-5ˊA,經(jīng)2ˊ-5ˊA活化核酸內(nèi)切酶RNaseL,后者可降解病毒mRNA,從而阻斷病毒蛋白質(zhì)合成。第五十一頁(yè),共59頁(yè)。干擾素的作用機(jī)制:干擾素誘導(dǎo)的蛋白激酶dsRNA1.干擾素誘導(dǎo)eIF2磷酸化而失活A(yù)TPe
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