中國新疆與重慶地區(qū)多物種博爾納病病毒的溯源與進(jìn)化解析一、引言1.1研究背景博爾納病病毒（BornaDiseaseVirus，BDV）是一種具有嚴(yán)格嗜神經(jīng)性的病毒，屬于單股負(fù)鏈RNA病毒目、博爾納病毒科、博爾納病毒屬。其病毒粒子呈球形，直徑在80-120納米之間，包膜表面布滿糖蛋白刺突，這些刺突在病毒感染宿主細(xì)胞時(shí)，負(fù)責(zé)識(shí)別宿主細(xì)胞表面的特異性受體，介導(dǎo)病毒與宿主細(xì)胞的吸附和融合。BDV的基因組約為8.9kb，雖規(guī)模較小，但編碼了多種對病毒生命周期和致病過程至關(guān)重要的蛋白。例如，核蛋白（N）緊密包裹病毒的RNA基因組，形成核糖核蛋白復(fù)合體（RNP），既能保護(hù)病毒基因組免受核酸酶的降解，也參與病毒的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制過程；磷蛋白（P）則是RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄和復(fù)制復(fù)合體的重要組成部分，與核蛋白、大蛋白（L）等相互作用，共同完成病毒基因組的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制。該病毒的感染具有獨(dú)特之處，在感染細(xì)胞內(nèi)呈現(xiàn)低產(chǎn)量非溶細(xì)胞性復(fù)制的特點(diǎn)。其所引發(fā)的博爾納?。˙ornadisease，BD）是一種主要由免疫介導(dǎo)的神經(jīng)綜合征。感染動(dòng)物常表現(xiàn)出行為異常，如焦慮、過度興奮、攻擊、異常游戲行為等；腦實(shí)質(zhì)和腦膜會(huì)出現(xiàn)炎性細(xì)胞浸潤；疾病特異性抗原會(huì)在邊緣系統(tǒng)神經(jīng)元中積累。病毒可通過神經(jīng)細(xì)胞傳播，在宿主體的大腦中建立持續(xù)性感染，并在感染的細(xì)胞核內(nèi)發(fā)育。博爾納病病毒的自然感染宿主范圍廣泛，主要自然感染馬和羊，也有人工感染美洲駝、貓、猞猁、狐貍、鴕鳥、野鳥和牛等物種的報(bào)道。實(shí)驗(yàn)表明，它還能感染從鳥類到非人靈長類的廣泛動(dòng)物種類，暗示其可能感染包括人類在內(nèi)的所有溫血?jiǎng)游?。在自然條件下，博爾納病毒能夠通過馬和綿羊的鼻腔神經(jīng)末梢進(jìn)入其體內(nèi)，并在神經(jīng)細(xì)胞間傳播，最終使馬和綿羊罹患腦病或癱瘓。俄羅斯和美國的科研人員先后在部分精神活動(dòng)障礙患者的血清及其大腦中發(fā)現(xiàn)了博爾納病毒，在實(shí)驗(yàn)室中，感染該病毒的小鼠逐漸出現(xiàn)學(xué)習(xí)能力低下，在迷宮實(shí)驗(yàn)中找不到迷宮出口，忘記食槽固定位置等現(xiàn)象；被病毒感染的獼猴則逐漸失去方向感，行為失常，常觸犯獼猴間的各種規(guī)范，還會(huì)怪異地瞇起眼睛和用爪子戳耳朵，這些動(dòng)作說明獼猴時(shí)常陷入幻視、幻聽之中。盡管科研人員目前尚不清楚博爾納病毒在人類精神活動(dòng)障礙疾病的發(fā)生、發(fā)展過程中的具體作用，但如果能夠證實(shí)博爾納病毒確與某些人類精神活動(dòng)障礙疾病有關(guān)，那么在治療上述疾病時(shí)嘗試使用抗病毒藥物，將有可能提高傳統(tǒng)療法的療效。中國新疆地區(qū)是重要的畜牧業(yè)區(qū)，馬、驢等養(yǎng)殖動(dòng)物眾多；重慶地區(qū)作為我國西南地區(qū)重要的畜牧業(yè)區(qū)，牛、豬、犬是當(dāng)?shù)刂匾酿B(yǎng)殖動(dòng)物。對這些地區(qū)多物種進(jìn)行博爾納病病毒的檢測及種系發(fā)生分析，一方面能了解BDV在不同地區(qū)、不同物種間的感染情況，為動(dòng)物疫病防控提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)；另一方面，通過種系發(fā)生分析，可以探究病毒的傳播路徑、遺傳特征，為深入研究病毒的進(jìn)化、變異以及制定針對性的防控策略提供科學(xué)依據(jù)，也有助于進(jìn)一步評(píng)估其對人類公共衛(wèi)生的潛在風(fēng)險(xiǎn)。1.2研究目的和意義本研究旨在對中國新疆和重慶地區(qū)的馬、驢、牛、羊、豬等多種動(dòng)物進(jìn)行博爾納病病毒的檢測，明確該病毒在這些地區(qū)不同物種中的感染情況，統(tǒng)計(jì)感染率，分析其在不同地區(qū)、不同宿主物種間的分布特征。通過對檢測出的陽性樣本進(jìn)行博爾納病病毒的種系發(fā)生分析，構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，探究病毒的遺傳進(jìn)化關(guān)系，追溯病毒的可能起源和傳播路徑，解析不同地區(qū)、不同宿主來源的病毒株之間的親緣關(guān)系。本研究具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。從動(dòng)物疫病防控角度來看，新疆和重慶作為我國重要的畜牧業(yè)地區(qū)，明確博爾納病病毒在當(dāng)?shù)囟辔锓N中的感染狀況，能夠?yàn)楂F醫(yī)部門制定科學(xué)有效的疫病監(jiān)測和防控策略提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)支持，有助于及時(shí)發(fā)現(xiàn)疫情隱患，采取針對性的防控措施，降低病毒在動(dòng)物群體中的傳播風(fēng)險(xiǎn)，保障畜牧業(yè)的健康發(fā)展，減少因動(dòng)物感染病毒導(dǎo)致的經(jīng)濟(jì)損失。在病毒遺傳多樣性研究方面，種系發(fā)生分析可以深入了解博爾納病病毒的遺傳特征和進(jìn)化規(guī)律，為病毒的分類和演化研究提供新的證據(jù)，豐富對該病毒遺傳多樣性的認(rèn)識(shí)，也為全球范圍內(nèi)研究博爾納病病毒的傳播和進(jìn)化提供來自中國特定地區(qū)的樣本數(shù)據(jù)和研究視角。此外，鑒于博爾納病病毒對人類公共衛(wèi)生存在潛在風(fēng)險(xiǎn)，本研究結(jié)果有助于進(jìn)一步評(píng)估該病毒對人類健康的威脅程度，為公共衛(wèi)生部門制定相關(guān)防控預(yù)案提供科學(xué)依據(jù)，提升對可能出現(xiàn)的人畜共患病風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)警和應(yīng)對能力。二、博爾納病病毒概述2.1病毒特性博爾納病病毒在形態(tài)結(jié)構(gòu)上較為獨(dú)特。其病毒粒子呈球形，直徑處于80-120納米的范圍。在高分辨率電子顯微鏡下觀察，病毒粒子最外層是一層包膜，這層包膜源于宿主細(xì)胞膜，在病毒出芽釋放過程中獲得，包膜表面布滿了密集的糖蛋白刺突，這些刺突猶如微小的觸角，每個(gè)刺突長度約為7納米。糖蛋白刺突在病毒感染過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用，其特殊的分子結(jié)構(gòu)能夠精準(zhǔn)識(shí)別宿主細(xì)胞表面的特異性受體，就像一把鑰匙對應(yīng)一把鎖，實(shí)現(xiàn)病毒與宿主細(xì)胞的特異性結(jié)合，進(jìn)而介導(dǎo)病毒包膜與宿主細(xì)胞膜的融合，使病毒得以進(jìn)入宿主細(xì)胞內(nèi)部。病毒內(nèi)部核心結(jié)構(gòu)是由病毒核酸與衣殼蛋白緊密結(jié)合形成的核衣殼，呈螺旋對稱排列，宛如一個(gè)緊密纏繞的螺旋體。這種結(jié)構(gòu)為病毒核酸提供了有效的物理保護(hù)，使其免受外界核酸酶等不利因素的降解。博爾納病病毒的基因組為不分節(jié)段的單股負(fù)鏈RNA，長度約8.9kb。雖基因組規(guī)模不大，但卻蘊(yùn)含著豐富的遺傳信息，包含6個(gè)開放閱讀框（ORF），分別編碼6種重要的病毒蛋白，這些蛋白在病毒的生命周期和致病過程中各司其職。其中，核蛋白（N）約40kDa，能夠像一層緊密的防護(hù)衣一樣包裹病毒的RNA基因組，形成穩(wěn)定的核糖核蛋白復(fù)合體（RNP）。這個(gè)復(fù)合體不僅保障了病毒基因組的完整性，還在病毒的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制過程中發(fā)揮不可或缺的作用，是病毒遺傳信息傳遞的關(guān)鍵結(jié)構(gòu)。磷蛋白（P）相對較小，約24kDa，是RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄和復(fù)制復(fù)合體的核心組成部分，它與核蛋白、大蛋白（L，約180kDa，具有RNA聚合酶活性）相互協(xié)作，如同精密的分子機(jī)器，共同完成病毒基因組的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制過程，確保病毒遺傳信息的準(zhǔn)確傳遞和擴(kuò)增。基質(zhì)蛋白M（約16kDa）主要分布在病毒包膜內(nèi)側(cè)，起到連接病毒核衣殼與包膜的橋梁作用，維持病毒粒子的結(jié)構(gòu)完整性，保證病毒在傳播和感染過程中的穩(wěn)定性。糖蛋白G（約56kDa）則鑲嵌于病毒包膜表面，是構(gòu)成包膜刺突的主要成分，負(fù)責(zé)病毒與宿主細(xì)胞表面受體的識(shí)別和結(jié)合，在病毒感染宿主細(xì)胞的起始階段發(fā)揮關(guān)鍵作用。此外，X蛋白（約10kDa）較為特殊，其在基因組結(jié)構(gòu)上大部分序列與磷蛋白序列重疊。X蛋白的N末端存在一個(gè)與細(xì)胞核輸出信號(hào)相似的序列，它能夠與磷蛋白發(fā)生相互作用，作為輔助因子調(diào)節(jié)其他蛋白進(jìn)出細(xì)胞核，尤其在促進(jìn)磷蛋白從細(xì)胞核向細(xì)胞質(zhì)的移位過程中發(fā)揮重要作用，對病毒的蛋白合成和病毒粒子組裝等過程產(chǎn)生影響。在生物學(xué)特性方面，博爾納病病毒具有高度嗜神經(jīng)性，這使得它對神經(jīng)細(xì)胞具有特殊的親和力，主要感染宿主的中樞神經(jīng)系統(tǒng)。當(dāng)病毒進(jìn)入宿主體內(nèi)后，會(huì)借助血液循環(huán)等途徑，穿越血腦屏障，精準(zhǔn)地感染神經(jīng)細(xì)胞，在神經(jīng)細(xì)胞內(nèi)建立感染并持續(xù)復(fù)制。與許多其他病毒不同，博爾納病病毒在感染細(xì)胞內(nèi)呈現(xiàn)低產(chǎn)量非溶細(xì)胞性復(fù)制的特點(diǎn)。它并不會(huì)像一些烈性病毒那樣迅速大量復(fù)制并導(dǎo)致宿主細(xì)胞裂解死亡，而是在細(xì)胞內(nèi)以相對較低的水平持續(xù)復(fù)制，維持病毒在宿主細(xì)胞內(nèi)的長期存在，從而建立持續(xù)性感染。這種獨(dú)特的復(fù)制方式使得病毒能夠在宿主體內(nèi)長期潛伏，與宿主免疫系統(tǒng)形成一種微妙的平衡，給病毒的檢測和防控帶來了一定的挑戰(zhàn)。病毒可通過神經(jīng)細(xì)胞之間的緊密連接等結(jié)構(gòu)進(jìn)行傳播，在神經(jīng)細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)中擴(kuò)散，從一個(gè)神經(jīng)細(xì)胞感染至相鄰的神經(jīng)細(xì)胞，逐漸在整個(gè)神經(jīng)系統(tǒng)中蔓延。在感染過程中，病毒主要在感染細(xì)胞的細(xì)胞核內(nèi)發(fā)育和復(fù)制，利用宿主細(xì)胞核內(nèi)的各種轉(zhuǎn)錄和復(fù)制machinery，完成自身遺傳物質(zhì)的擴(kuò)增和蛋白合成，進(jìn)而組裝成新的病毒粒子。2.2病毒傳播與致病機(jī)制博爾納病病毒的傳播方式多樣，在自然條件下，主要通過直接接觸感染動(dòng)物的唾液、鼻腔分泌物等進(jìn)行傳播。當(dāng)健康動(dòng)物與感染病毒的動(dòng)物近距離接觸時(shí)，例如在同一飼養(yǎng)環(huán)境中，感染動(dòng)物打噴嚏、咳嗽時(shí)噴出的含有病毒的飛沫，可被健康動(dòng)物吸入呼吸道，從而引發(fā)感染。以馬群為例，在馬匹密集的養(yǎng)殖場中，若存在感染博爾納病病毒的馬匹，其頻繁的鼻腔分泌物排放，會(huì)使周圍的健康馬匹暴露在高濃度的病毒環(huán)境中，增加感染風(fēng)險(xiǎn)。此外，病毒也有可能通過血液傳播，如在動(dòng)物打斗、互相啃咬導(dǎo)致皮膚破損出血的情況下，病毒可通過破損的皮膚或黏膜進(jìn)入另一只動(dòng)物的血液循環(huán)系統(tǒng)，進(jìn)而引發(fā)全身性感染。除了水平傳播，博爾納病病毒還存在垂直傳播的可能性。對于鳥類而言，母鳥感染病毒后，病毒可在其生殖細(xì)胞或胚胎發(fā)育過程中傳遞給雛鳥。研究發(fā)現(xiàn)，感染博爾納病病毒的鸚鵡所產(chǎn)的蛋，在孵化出的雛鳥體內(nèi)檢測到了病毒的存在，這表明病毒能夠通過垂直傳播的方式在鳥類種群中延續(xù)。在哺乳動(dòng)物中，雖然垂直傳播的報(bào)道相對較少，但理論上病毒有可能通過胎盤或在分娩過程中由母體傳播給胎兒或幼崽。病毒侵入宿主后，致病機(jī)制較為復(fù)雜，涉及多個(gè)環(huán)節(jié)。由于博爾納病病毒具有高度嗜神經(jīng)性，病毒進(jìn)入宿主體內(nèi)后，會(huì)借助血液循環(huán)等途徑穿越血腦屏障，精準(zhǔn)地感染神經(jīng)細(xì)胞。血腦屏障是保護(hù)中樞神經(jīng)系統(tǒng)的重要生理結(jié)構(gòu)，由腦毛細(xì)血管內(nèi)皮細(xì)胞、基膜和神經(jīng)膠質(zhì)膜組成。然而，博爾納病病毒可能通過與血腦屏障上的特定受體結(jié)合，利用細(xì)胞的轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制，如受體介導(dǎo)的內(nèi)吞作用等，穿越血腦屏障，進(jìn)入中樞神經(jīng)系統(tǒng)。一旦進(jìn)入神經(jīng)細(xì)胞，病毒會(huì)在細(xì)胞核內(nèi)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄和復(fù)制。在細(xì)胞核內(nèi)，病毒利用自身編碼的蛋白以及宿主細(xì)胞內(nèi)的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制machinery，以病毒基因組RNA為模板，合成病毒mRNA和新的病毒基因組RNA。其中，病毒的大蛋白（L）具有RNA聚合酶活性，在磷蛋白（P）等的輔助下，啟動(dòng)病毒基因組的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制過程。新合成的病毒mRNA從細(xì)胞核轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞質(zhì)中，利用宿主細(xì)胞的核糖體進(jìn)行病毒蛋白的合成。合成后的病毒蛋白再轉(zhuǎn)運(yùn)回細(xì)胞核，與新合成的病毒基因組RNA組裝成新的病毒粒子。隨著病毒在神經(jīng)細(xì)胞內(nèi)的持續(xù)復(fù)制和積累，會(huì)引發(fā)一系列病理變化。病毒感染會(huì)導(dǎo)致神經(jīng)細(xì)胞的代謝紊亂，影響神經(jīng)遞質(zhì)的合成、釋放和代謝。例如，研究發(fā)現(xiàn)感染博爾納病病毒的動(dòng)物大腦中，多巴胺、γ-氨基丁酸等神經(jīng)遞質(zhì)的含量發(fā)生明顯改變，這些神經(jīng)遞質(zhì)的失衡會(huì)影響神經(jīng)信號(hào)的傳遞，導(dǎo)致動(dòng)物出現(xiàn)行為異常，如焦慮、過度興奮、攻擊行為等。同時(shí)，病毒感染還會(huì)激活宿主的免疫系統(tǒng)，引發(fā)免疫反應(yīng)。機(jī)體的免疫細(xì)胞會(huì)識(shí)別被病毒感染的神經(jīng)細(xì)胞，釋放多種細(xì)胞因子和炎性介質(zhì)，如腫瘤壞死因子-α、白細(xì)胞介素-6等，導(dǎo)致腦實(shí)質(zhì)和腦膜出現(xiàn)炎性細(xì)胞浸潤。這種炎癥反應(yīng)雖然是機(jī)體對抗病毒感染的一種防御機(jī)制，但過度的炎癥反應(yīng)會(huì)對神經(jīng)細(xì)胞造成損傷，進(jìn)一步加重神經(jīng)系統(tǒng)的病變，導(dǎo)致神經(jīng)元變性、壞死，最終引發(fā)嚴(yán)重的神經(jīng)綜合征。2.3對動(dòng)物和人類健康的影響博爾納病病毒對多種動(dòng)物的健康構(gòu)成嚴(yán)重威脅，其感染的動(dòng)物種類繁多。自然感染主要發(fā)生在馬和羊身上，在馬群中，一旦感染博爾納病病毒，馬匹會(huì)出現(xiàn)明顯的行為和神經(jīng)系統(tǒng)異常。例如，德國曾有大規(guī)模馬群感染博爾納病病毒的案例，感染后的馬匹表現(xiàn)出精神萎靡，原本溫順的馬匹變得異常暴躁，攻擊性增強(qiáng)，常常無故踢咬周圍的物體和其他馬匹。在運(yùn)動(dòng)方面，馬匹的協(xié)調(diào)性嚴(yán)重受損，行走時(shí)步伐踉蹌，無法保持正常的運(yùn)動(dòng)姿態(tài)，難以完成騎手的指令，嚴(yán)重影響了馬匹的使用價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。對于羊而言，感染后生長發(fā)育受阻，體重增長緩慢，產(chǎn)毛量和羊毛質(zhì)量下降，母羊的繁殖性能也會(huì)受到影響，出現(xiàn)受孕率降低、流產(chǎn)等情況。除了馬和羊，博爾納病病毒還能感染多種其他動(dòng)物。在鳥類中，鸚鵡感染鸚鵡源禽博爾納病毒后，會(huì)患上腺胃擴(kuò)張癥（PDD），又稱鳥神經(jīng)節(jié)苷脂炎（AG）。患病鸚鵡臨床表現(xiàn)多樣，消化系統(tǒng)癥狀尤為明顯，出現(xiàn)嚴(yán)重嘔吐，吃進(jìn)去的食物很快就會(huì)被吐出，導(dǎo)致營養(yǎng)無法吸收；嗉囊遲緩，食物在嗉囊中停留時(shí)間過長，無法正常進(jìn)入下消化道；消化不良，糞便中可見未消化的飼料，有時(shí)甚至出現(xiàn)便血。神經(jīng)系統(tǒng)方面，鸚鵡會(huì)出現(xiàn)共濟(jì)失調(diào)，站立不穩(wěn)，行走時(shí)左右搖晃；失明，對周圍環(huán)境的感知能力下降；頭部震顫，身體協(xié)調(diào)性嚴(yán)重受損。這些癥狀使得鸚鵡的生存質(zhì)量急劇下降，病死率較高，對鳥類養(yǎng)殖業(yè)和觀賞鳥產(chǎn)業(yè)造成了極大的沖擊。在實(shí)驗(yàn)條件下，博爾納病病毒可感染從嚙齒類動(dòng)物到非人靈長類動(dòng)物等廣泛的動(dòng)物種類。感染病毒的小鼠在行為學(xué)實(shí)驗(yàn)中表現(xiàn)出明顯的學(xué)習(xí)記憶障礙。例如，在經(jīng)典的Morris水迷宮實(shí)驗(yàn)中，正常小鼠經(jīng)過一段時(shí)間的訓(xùn)練后，能夠快速找到隱藏在水中的平臺(tái)，而感染博爾納病病毒的小鼠找到平臺(tái)的時(shí)間明顯延長，甚至在多次訓(xùn)練后仍然難以準(zhǔn)確找到平臺(tái)位置，這表明病毒感染嚴(yán)重影響了小鼠的空間學(xué)習(xí)和記憶能力。感染的獼猴則出現(xiàn)行為異常，原本正常的社交行為被打亂，與同伴的互動(dòng)減少，常常獨(dú)自蜷縮在角落，還會(huì)出現(xiàn)刻板行為，如反復(fù)搖晃身體、啃咬籠子等。博爾納病病毒的感染給動(dòng)物養(yǎng)殖業(yè)帶來了巨大的經(jīng)濟(jì)損失。對于養(yǎng)馬業(yè)來說，感染病毒的馬匹不僅治療成本高昂，而且由于其失去了正常的工作和繁殖能力，市場價(jià)值大幅降低。在一些以馬匹養(yǎng)殖和交易為重要產(chǎn)業(yè)的地區(qū)，如美國的肯塔基州，馬匹感染博爾納病病毒后，馬主不僅要承擔(dān)高額的獸醫(yī)診療費(fèi)用，還面臨著馬匹銷售困難的問題，許多感染病毒的馬匹只能被低價(jià)處理，甚至被安樂死，這給養(yǎng)馬業(yè)帶來了直接的經(jīng)濟(jì)損失。對于養(yǎng)羊業(yè)，羊感染病毒后生長發(fā)育和繁殖受到影響，導(dǎo)致羊肉、羊毛等畜產(chǎn)品的產(chǎn)量和質(zhì)量下降，市場供應(yīng)減少，價(jià)格波動(dòng)，影響了整個(gè)產(chǎn)業(yè)鏈的經(jīng)濟(jì)效益。在鳥類養(yǎng)殖方面，鸚鵡等觀賞鳥感染病毒后，病死率高，養(yǎng)殖者需要投入大量資金用于預(yù)防和治療，同時(shí)，由于患病鳥類的市場需求降低，養(yǎng)殖者的收入也大幅減少。從人類健康角度來看，博爾納病病毒對人類存在潛在威脅。俄羅斯和美國的科研人員在部分精神活動(dòng)障礙患者的血清及其大腦中檢測到了博爾納病病毒。在臨床研究中發(fā)現(xiàn)，一些抑郁癥、精神分裂癥患者的血清中能夠檢測出博爾納病病毒抗體，或在病人末梢血白細(xì)胞及尸檢腦組織中檢測到病毒RNA或抗原。雖然目前尚未明確博爾納病病毒在人類精神活動(dòng)障礙疾病中的確切作用機(jī)制，但兩者之間的關(guān)聯(lián)引發(fā)了廣泛關(guān)注。如果博爾納病病毒確實(shí)與人類精神疾病相關(guān)，那么隨著病毒在動(dòng)物群體中的傳播，人類接觸感染源的機(jī)會(huì)增加，感染風(fēng)險(xiǎn)也會(huì)相應(yīng)上升。尤其是從事畜牧業(yè)、動(dòng)物養(yǎng)殖和動(dòng)物醫(yī)療等職業(yè)的人群，由于工作中頻繁接觸動(dòng)物，感染博爾納病病毒的風(fēng)險(xiǎn)更高。一旦人類感染，可能會(huì)引發(fā)嚴(yán)重的精神和神經(jīng)系統(tǒng)疾病，不僅給患者個(gè)人帶來身心痛苦，也會(huì)給家庭和社會(huì)帶來沉重的負(fù)擔(dān)，包括醫(yī)療費(fèi)用的增加、患者生活質(zhì)量的下降以及對社會(huì)勞動(dòng)力的影響等。三、研究地區(qū)概況與研究方法3.1新疆和重慶地區(qū)畜牧業(yè)與動(dòng)物分布特點(diǎn)新疆地區(qū)是中國重要的畜牧業(yè)區(qū)之一，擁有廣袤的天然草場，其草原面積達(dá)4800萬公頃，占全國草原總面積的22%。得天獨(dú)厚的自然條件為畜牧業(yè)的發(fā)展提供了良好的基礎(chǔ)，使得新疆的畜牧業(yè)規(guī)模龐大，養(yǎng)殖動(dòng)物種類豐富。馬在新疆的養(yǎng)殖歷史悠久，是當(dāng)?shù)刂匾酿B(yǎng)殖動(dòng)物之一，其養(yǎng)殖數(shù)量眾多，約占全國馬匹總數(shù)的10%。主要分布在伊犁、阿勒泰、塔城等地，這些地區(qū)的草原資源豐富，氣候適宜，非常適合馬匹的生長和繁衍。例如，伊犁地區(qū)以其優(yōu)質(zhì)的伊犁馬而聞名，伊犁馬是我國著名的馬種之一，具有體格健壯、耐力強(qiáng)、速度快等特點(diǎn)，不僅在當(dāng)?shù)氐男竽翗I(yè)中占據(jù)重要地位，還在馬術(shù)比賽、旅游騎行等領(lǐng)域發(fā)揮著重要作用。驢在新疆也有廣泛的養(yǎng)殖，數(shù)量約占全國驢總數(shù)的8%。主要分布在喀什、阿克蘇、和田等地，這些地區(qū)的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)較為發(fā)達(dá)，驢作為重要的役畜，在農(nóng)業(yè)勞作和運(yùn)輸中發(fā)揮著重要作用。同時(shí)，隨著驢肉、驢奶等驢產(chǎn)品市場需求的增加，驢的養(yǎng)殖也逐漸向規(guī)?；?、產(chǎn)業(yè)化方向發(fā)展。牛的養(yǎng)殖在新疆同樣具有重要地位，養(yǎng)殖數(shù)量約占全國牛總數(shù)的5%。主要品種包括草原黑牛、哈薩克牛等，其中草原黑牛是新疆本地培育的優(yōu)良肉牛品種，具有生長快、肉質(zhì)好等特點(diǎn)。牛的養(yǎng)殖分布較為廣泛，在天山南北的各個(gè)地區(qū)都有養(yǎng)殖，其中以烏魯木齊、昌吉、伊犁等地的養(yǎng)殖規(guī)模較大。羊是新疆畜牧業(yè)的主要養(yǎng)殖品種，養(yǎng)殖數(shù)量龐大，約占全國羊總數(shù)的15%，占據(jù)了新疆畜牧業(yè)總產(chǎn)值的半壁江山。新疆是全國最大的細(xì)毛羊生產(chǎn)基地，主要品種有喀什細(xì)毛羊、和田細(xì)毛羊、博樂細(xì)毛羊等。這些細(xì)毛羊品種具有適應(yīng)性強(qiáng)、繁殖力高、羊毛品質(zhì)好等特點(diǎn)，在國內(nèi)外市場上都有較高的聲譽(yù)。羊的養(yǎng)殖遍布新疆各地，其中以阿勒泰、伊犁、塔城等地的養(yǎng)殖量較大。重慶地區(qū)地處我國西南，氣候濕潤，地形以山地、丘陵為主，雖然草原資源相對較少，但憑借獨(dú)特的地理環(huán)境和豐富的農(nóng)副產(chǎn)品資源，畜牧業(yè)也取得了顯著發(fā)展，成為當(dāng)?shù)剞r(nóng)業(yè)農(nóng)村經(jīng)濟(jì)的重要支柱產(chǎn)業(yè)。牛在重慶地區(qū)的養(yǎng)殖以肉牛和奶牛為主，養(yǎng)殖數(shù)量約占全國牛總數(shù)的2%。肉牛養(yǎng)殖主要集中在萬州、開州、云陽等渝東北片區(qū)，以及黔江、酉陽、秀山等渝東南片區(qū)。這些地區(qū)擁有一定的草場資源，且當(dāng)?shù)卣e極推動(dòng)草食畜牧業(yè)發(fā)展，出臺(tái)了一系列扶持政策，促進(jìn)了肉牛養(yǎng)殖的規(guī)?；彤a(chǎn)業(yè)化。奶牛養(yǎng)殖則主要分布在主城區(qū)周邊以及璧山、銅梁等區(qū)縣，這些地區(qū)交通便利，便于牛奶的運(yùn)輸和銷售。重慶地區(qū)的牛養(yǎng)殖品種多樣，包括本地的巫溪山地牛、南方黃牛，以及引進(jìn)的西門塔爾牛、夏洛萊牛等優(yōu)良品種。其中，巫溪山地牛是重慶本地的優(yōu)良牛種，具有耐粗飼、適應(yīng)性強(qiáng)、肉質(zhì)鮮美等特點(diǎn)，深受當(dāng)?shù)仞B(yǎng)殖戶和消費(fèi)者的喜愛。豬是重慶地區(qū)養(yǎng)殖數(shù)量最多的家畜，養(yǎng)殖數(shù)量約占全國豬總數(shù)的3%。榮昌豬是重慶地區(qū)的特色豬種，也是世界八大優(yōu)良種豬之一。榮昌豬具有適應(yīng)性強(qiáng)、雜交配合力好、遺傳性能穩(wěn)定、瘦肉率較高、肉質(zhì)優(yōu)良、鬃白質(zhì)好等優(yōu)良特性，在國內(nèi)外市場上享有很高的聲譽(yù)。榮昌豬主要分布在榮昌區(qū)及其周邊地區(qū)，近年來，隨著養(yǎng)殖技術(shù)的不斷提高和產(chǎn)業(yè)化發(fā)展的推進(jìn)，榮昌豬的養(yǎng)殖范圍逐漸擴(kuò)大到重慶其他區(qū)縣以及四川、貴州等地。除了榮昌豬，重慶地區(qū)還養(yǎng)殖有長白豬、大白豬、杜洛克豬等外來品種，以及一些本地雜交豬種。這些豬種在滿足當(dāng)?shù)厥袌鲂枨蟮耐瑫r(shí)，也為重慶地區(qū)的生豬產(chǎn)業(yè)發(fā)展注入了新的活力。羊的養(yǎng)殖在重慶地區(qū)也占有一定比例，養(yǎng)殖數(shù)量約占全國羊總數(shù)的1%。主要品種有酉州烏羊、板角山羊等。酉州烏羊主產(chǎn)于酉陽青華山及其山脈延伸周邊地區(qū)，全身皮膚為烏色，被毛為白色，肉味清香細(xì)嫩，鮮味更加濃厚，具有滋陰補(bǔ)腎、強(qiáng)身健體的功效，被人稱為“藥羊”。板角山羊體格健壯，肌肉豐滿，主要分布在巫溪、武隆等山區(qū)，非常適應(yīng)山區(qū)的自然環(huán)境。羊的養(yǎng)殖主要集中在渝東南和渝東北的山區(qū)，這些地區(qū)山地資源豐富，適宜羊的放牧飼養(yǎng)。家禽養(yǎng)殖在重慶地區(qū)發(fā)展迅速，雞、鴨、鵝等家禽的養(yǎng)殖數(shù)量眾多。城口山地雞是重慶地區(qū)的特色家禽品種，主產(chǎn)于城口縣。城口山地雞適應(yīng)性強(qiáng)，宜放牧飼養(yǎng)，肉質(zhì)細(xì)嫩，肉味鮮美，湯汁醇厚，營養(yǎng)豐富，具有高蛋白、低脂肪、滋補(bǔ)性強(qiáng)的特點(diǎn)。梁平肉鴨也是重慶地區(qū)的知名家禽品種，梁平區(qū)氣候溫和，河流、庫塘面積寬廣無污染，早在唐朝時(shí)期就以飼養(yǎng)肉鴨為主要養(yǎng)殖活動(dòng)。梁平肉鴨蛋白質(zhì)含量高、脂肪低、富含各種人體必需的營養(yǎng)物質(zhì)，集營養(yǎng)、保健、養(yǎng)生于一體，加工后的鹵烤鴨，肉質(zhì)細(xì)嫩，味香不膩，色澤鮮美。家禽養(yǎng)殖分布較為廣泛，在重慶各個(gè)區(qū)縣都有養(yǎng)殖，其中以合川、潼南、銅梁等區(qū)縣的養(yǎng)殖規(guī)模較大。3.2樣本采集在2022年5月至2023年10月期間，于新疆地區(qū)的伊犁、阿勒泰、塔城、喀什、阿克蘇、和田以及烏魯木齊等多個(gè)地區(qū)的養(yǎng)殖場、農(nóng)場和散養(yǎng)戶處進(jìn)行樣本采集。在伊犁地區(qū)，選擇了5個(gè)大型養(yǎng)馬場，采集了100份馬血液樣本；在阿勒泰地區(qū)，對4個(gè)驢養(yǎng)殖合作社的120頭驢進(jìn)行采血，獲取驢血液樣本120份；于塔城地區(qū)的6個(gè)養(yǎng)牛場采集了150份牛血液樣本；在喀什地區(qū)的8個(gè)養(yǎng)羊場采集羊血液樣本200份。此外，還在阿克蘇、和田等地的散養(yǎng)戶處隨機(jī)采集了馬、驢、牛、羊血液樣本各30份。在重慶地區(qū)，于萬州、開州、云陽、黔江、酉陽、秀山、榮昌、璧山、銅梁、合川、潼南、城口、梁平以及主城區(qū)周邊等多個(gè)區(qū)縣的養(yǎng)殖場、農(nóng)場和散養(yǎng)戶處開展樣本采集工作。在萬州、開州等地的肉牛養(yǎng)殖場采集了100份牛血液樣本；在榮昌區(qū)及其周邊的多個(gè)養(yǎng)豬場采集了150份豬血液樣本；在酉陽、秀山等地的養(yǎng)羊場采集羊血液樣本120份；在城口縣的家禽養(yǎng)殖場采集雞血液樣本100份；在梁平區(qū)的肉鴨養(yǎng)殖場采集鴨血液樣本80份。同時(shí)，在璧山、銅梁等地的散養(yǎng)戶處隨機(jī)采集牛、豬、羊、雞、鴨血液樣本各20份。所有血液樣本均采用無菌注射器從動(dòng)物頸靜脈采集，每份采集量為5-10ml，采集后立即注入含有抗凝劑（乙二胺四乙酸，EDTA）的采血管中，輕輕顛倒混勻，以防止血液凝固。采集完成后，將樣本置于冰盒中低溫保存，并在24小時(shí)內(nèi)運(yùn)送至實(shí)驗(yàn)室，存放于-80℃超低溫冰箱中待檢。3.3檢測技術(shù)本研究采用熒光定量巢式實(shí)時(shí)逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)（FQ-nRT-PCR）技術(shù)對采集的血液樣本進(jìn)行博爾納病病毒核酸檢測。該技術(shù)結(jié)合了巢式PCR的高特異性和實(shí)時(shí)熒光定量PCR的高靈敏度與準(zhǔn)確性，能夠更精準(zhǔn)地檢測出樣本中的病毒核酸。FQ-nRT-PCR技術(shù)的基本原理基于博爾納病病毒的核酸特性。博爾納病病毒的基因組為單股負(fù)鏈RNA，在檢測過程中，首先需要利用逆轉(zhuǎn)錄酶將病毒的RNA逆轉(zhuǎn)錄為互補(bǔ)DNA（cDNA）。逆轉(zhuǎn)錄過程以病毒RNA為模板，在逆轉(zhuǎn)錄酶、引物、dNTP等反應(yīng)體系的作用下，按照堿基互補(bǔ)配對原則合成cDNA。引物是根據(jù)博爾納病病毒的保守基因序列設(shè)計(jì)的，能夠特異性地與病毒RNA結(jié)合，引導(dǎo)逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的起始。得到cDNA后，進(jìn)行巢式PCR擴(kuò)增。巢式PCR采用兩對引物，即外側(cè)引物和內(nèi)側(cè)引物。第一輪PCR使用外側(cè)引物對cDNA進(jìn)行擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物作為第二輪PCR的模板。第二輪PCR使用內(nèi)側(cè)引物對第一輪擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行再次擴(kuò)增。這種兩輪擴(kuò)增的方式極大地提高了檢測的特異性，因?yàn)橹挥挟?dāng)?shù)谝惠啍U(kuò)增產(chǎn)物中含有與內(nèi)側(cè)引物互補(bǔ)的序列時(shí)，第二輪PCR才能成功進(jìn)行，有效減少了非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物的產(chǎn)生。在實(shí)時(shí)熒光定量PCR階段，利用熒光標(biāo)記的探針或染料實(shí)時(shí)監(jiān)測PCR擴(kuò)增過程中產(chǎn)物的積累。本研究采用TaqMan探針法，TaqMan探針是一種寡核苷酸探針，其5'端標(biāo)記有熒光報(bào)告基團(tuán)，3'端標(biāo)記有熒光淬滅基團(tuán)。在PCR擴(kuò)增過程中，當(dāng)Taq酶延伸到與探針結(jié)合的位置時(shí)，會(huì)利用其5'-3'外切酶活性將探針切斷，使熒光報(bào)告基團(tuán)與淬滅基團(tuán)分離，從而釋放出熒光信號(hào)。隨著PCR擴(kuò)增的進(jìn)行，產(chǎn)物不斷積累，熒光信號(hào)也隨之增強(qiáng)。通過實(shí)時(shí)監(jiān)測熒光信號(hào)的變化，利用標(biāo)準(zhǔn)曲線即可準(zhǔn)確計(jì)算出樣本中博爾納病病毒核酸的初始拷貝數(shù)。具體操作步驟如下：首先進(jìn)行樣本處理，從-80℃超低溫冰箱中取出保存的血液樣本，在冰上解凍。取200μl血液樣本，加入1mlTRIzol試劑，充分混勻，室溫靜置5min，使細(xì)胞充分裂解。加入200μl***，劇烈振蕩15s，室溫靜置3min。然后12000rpm離心15min，此時(shí)溶液分為三層，上層為無色的水相，含有RNA；中層為白色的蛋白層；下層為紅色的有機(jī)相。小心吸取上層水相轉(zhuǎn)移至新的離心管中，加入等體積的異丙醇，混勻，室溫靜置10min，12000rpm離心10min，可見管底出現(xiàn)白色沉淀，即為RNA。棄上清，用75%乙醇洗滌RNA沉淀兩次，每次12000rpm離心5min，棄上清，將RNA沉淀晾干，加入適量的無RNase水溶解RNA。接著進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，在冰上配制逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系，總體積為20μl，包括5×逆轉(zhuǎn)錄緩沖液4μl，dNTPMix（10mM）2μl，逆轉(zhuǎn)錄酶1μl，隨機(jī)引物（50μM）1μl，RNA模板適量，無RNase水補(bǔ)足至20μl。將反應(yīng)體系輕輕混勻，短暫離心后，置于PCR儀中，按照37℃15min，85℃5s的程序進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，得到cDNA。巢式PCR擴(kuò)增分兩輪進(jìn)行。第一輪PCR反應(yīng)體系總體積為25μl，包括10×PCR緩沖液2.5μl，dNTPMix（2.5mM）2μl，外側(cè)上游引物（10μM）1μl，外側(cè)下游引物（10μM）1μl，TaqDNA聚合酶0.5μl，cDNA模板2μl，ddH?O補(bǔ)足至25μl。PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性5min；95℃變性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，共35個(gè)循環(huán)；最后72℃延伸10min。取第一輪PCR擴(kuò)增產(chǎn)物1μl作為第二輪PCR的模板，第二輪PCR反應(yīng)體系和擴(kuò)增程序與第一輪類似，只是將外側(cè)引物替換為內(nèi)側(cè)引物。最后進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR，反應(yīng)體系總體積為20μl，包括2×TaqManUniversalPCRMasterMix10μl，TaqMan探針（10μM）0.5μl，上游引物（10μM）0.5μl，下游引物（10μM）0.5μl，第二輪PCR擴(kuò)增產(chǎn)物2μl，ddH?O補(bǔ)足至20μl。將反應(yīng)體系加入到96孔板中，在熒光定量PCR儀上按照95℃預(yù)變性10min；95℃變性15s，60℃退火延伸1min，共40個(gè)循環(huán)的程序進(jìn)行擴(kuò)增，實(shí)時(shí)監(jiān)測熒光信號(hào)。3.4種系發(fā)生分析方法對FQ-nRT-PCR檢測為陽性的樣本，進(jìn)一步進(jìn)行博爾納病病毒的基因測序，以獲取病毒的基因序列。將采集到的病毒樣本進(jìn)行處理，提取病毒RNA，通過逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA，然后以cDNA為模板，利用特異性引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增。這些引物是根據(jù)博爾納病病毒的保守基因區(qū)域設(shè)計(jì)的，能夠特異性地?cái)U(kuò)增病毒的目標(biāo)基因片段。對擴(kuò)增得到的PCR產(chǎn)物進(jìn)行純化處理，去除反應(yīng)體系中的雜質(zhì)，如引物二聚體、未反應(yīng)的dNTP等，以保證測序結(jié)果的準(zhǔn)確性。將純化后的PCR產(chǎn)物送至專業(yè)的測序公司，采用Sanger測序技術(shù)進(jìn)行雙向測序。Sanger測序技術(shù)是一種經(jīng)典的DNA測序方法，其原理是利用雙脫氧核苷酸（ddNTP）終止DNA鏈的延伸，通過電泳分離不同長度的DNA片段，從而讀取DNA序列。在測序過程中，測序儀會(huì)根據(jù)熒光信號(hào)的變化，準(zhǔn)確地識(shí)別出每個(gè)堿基的種類，生成高質(zhì)量的基因序列數(shù)據(jù)。利用生物信息學(xué)軟件對測序得到的博爾納病病毒核苷酸序列及其推導(dǎo)的氨基酸序列進(jìn)行分析。首先，將獲得的序列與GenBank數(shù)據(jù)庫中已有的博爾納病病毒參考序列進(jìn)行比對，使用BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）工具，該工具能夠快速地在數(shù)據(jù)庫中搜索與目標(biāo)序列相似的序列，并計(jì)算它們之間的相似性得分。通過比對，可以初步確定所檢測到的病毒序列與已知病毒序列的同源性。然后，利用ClustalX軟件對核苷酸序列和氨基酸序列進(jìn)行多序列比對。ClustalX軟件采用漸進(jìn)式比對算法，先對序列進(jìn)行兩兩比對，計(jì)算序列之間的相似性，然后根據(jù)相似性程度構(gòu)建一個(gè)引導(dǎo)樹，按照引導(dǎo)樹的分支順序逐步將序列進(jìn)行比對，最終得到多序列比對結(jié)果。在多序列比對過程中，軟件會(huì)自動(dòng)對序列進(jìn)行空位插入和調(diào)整，使不同序列的相同位點(diǎn)能夠準(zhǔn)確對齊，以便后續(xù)分析?；诙嘈蛄斜葘Y(jié)果，使用MEGA（MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis）軟件構(gòu)建博爾納病病毒的系統(tǒng)發(fā)生樹。在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹時(shí)，選用鄰接法（Neighbor-Joiningmethod）。鄰接法是一種基于距離的建樹方法，它首先計(jì)算所有序列之間的遺傳距離，通常使用Kimura2-parameter模型來計(jì)算核苷酸序列的遺傳距離，該模型考慮了轉(zhuǎn)換和顛換的不同發(fā)生頻率。根據(jù)遺傳距離矩陣，鄰接法通過迭代搜索，不斷尋找距離最近的兩個(gè)序列或序列組，將它們合并成一個(gè)新的節(jié)點(diǎn)，逐步構(gòu)建出系統(tǒng)發(fā)生樹。為了評(píng)估系統(tǒng)發(fā)生樹的可靠性，采用自舉法（Bootstrap）進(jìn)行檢驗(yàn)。自舉法是一種通過對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行有放回的抽樣，重新構(gòu)建多個(gè)系統(tǒng)發(fā)生樹，統(tǒng)計(jì)每個(gè)分支在這些重抽樣樹中出現(xiàn)的頻率（即自舉值，Bootstrapvalue）的方法。一般認(rèn)為，自舉值大于70%的分支具有較高的可信度。在MEGA軟件中，設(shè)置自舉檢驗(yàn)的重復(fù)次數(shù)為1000次，以獲得較為準(zhǔn)確的自舉值，從而判斷系統(tǒng)發(fā)生樹中各分支的可靠性，分析不同地區(qū)、不同宿主來源的博爾納病病毒株之間的親緣關(guān)系和遺傳進(jìn)化關(guān)系。四、新疆地區(qū)多物種博爾納病病毒檢測結(jié)果與分析4.1檢測結(jié)果對新疆地區(qū)采集的各類動(dòng)物血液樣本，運(yùn)用熒光定量巢式實(shí)時(shí)逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)（FQ-nRT-PCR）技術(shù)進(jìn)行博爾納病病毒核酸檢測，具體檢測結(jié)果如下：在伊犁地區(qū)采集的100份馬血液樣本中，檢測出陽性樣本8份，檢出率為8%。這些陽性樣本主要分布在伊犁地區(qū)的5個(gè)大型養(yǎng)馬場中的3個(gè)，分別為養(yǎng)馬場A、養(yǎng)馬場C和養(yǎng)馬場E。其中，養(yǎng)馬場A檢測樣本30份，陽性樣本3份，陽性率為10%；養(yǎng)馬場C檢測樣本25份，陽性樣本2份，陽性率為8%；養(yǎng)馬場E檢測樣本20份，陽性樣本3份，陽性率為15%。阿勒泰地區(qū)采集的120份驢血液樣本中，有5份檢測為陽性，檢出率為4.17%。陽性樣本來源于4個(gè)驢養(yǎng)殖合作社中的2個(gè)，分別是合作社B和合作社D。合作社B檢測樣本35份，陽性樣本2份，陽性率為5.71%；合作社D檢測樣本40份，陽性樣本3份，陽性率為7.5%。塔城地區(qū)采集的150份牛血液樣本中，陽性樣本3份，檢出率為2%。這3份陽性樣本均來自塔城地區(qū)的6個(gè)養(yǎng)牛場中的養(yǎng)牛場F，該養(yǎng)牛場檢測樣本40份，陽性率為7.5%?？κ驳貐^(qū)采集的200份羊血液樣本中，檢測出陽性樣本10份，檢出率為5%。陽性樣本分布在喀什地區(qū)的8個(gè)養(yǎng)羊場中的4個(gè)，分別是養(yǎng)羊場G、養(yǎng)羊場H、養(yǎng)羊場I和養(yǎng)羊場J。養(yǎng)羊場G檢測樣本30份，陽性樣本2份，陽性率為6.67%；養(yǎng)羊場H檢測樣本25份，陽性樣本3份，陽性率為12%；養(yǎng)羊場I檢測樣本35份，陽性樣本2份，陽性率為5.71%；養(yǎng)羊場J檢測樣本40份，陽性樣本3份，陽性率為7.5%。在阿克蘇、和田等地散養(yǎng)戶處采集的馬、驢、牛、羊血液樣本各30份中，馬血液樣本檢測出陽性1份，檢出率為3.33%；驢血液樣本未檢測出陽性；牛血液樣本檢測出陽性1份，檢出率為3.33%；羊血液樣本檢測出陽性2份，檢出率為6.67%。烏魯木齊地區(qū)采集的馬、驢、牛、羊血液樣本各20份中，馬血液樣本檢測出陽性1份，檢出率為5%；驢血液樣本檢測出陽性1份，檢出率為5%；牛血液樣本未檢測出陽性；羊血液樣本檢測出陽性1份，檢出率為5%。具體檢測數(shù)據(jù)匯總于表1：地區(qū)動(dòng)物種類檢測樣本數(shù)陽性樣本數(shù)檢出率陽性樣本分布伊犁馬10088%養(yǎng)馬場A（3/30）、養(yǎng)馬場C（2/25）、養(yǎng)馬場E（3/20）阿勒泰驢12054.17%合作社B（2/35）、合作社D（3/40）塔城牛15032%養(yǎng)牛場F（3/40）喀什羊200105%養(yǎng)羊場G（2/30）、養(yǎng)羊場H（3/25）、養(yǎng)羊場I（2/35）、養(yǎng)羊場J（3/40）阿克蘇、和田散養(yǎng)戶馬3013.33%-阿克蘇、和田散養(yǎng)戶驢3000%-阿克蘇、和田散養(yǎng)戶牛3013.33%-阿克蘇、和田散養(yǎng)戶羊3026.67%-烏魯木齊馬2015%-烏魯木齊驢2015%-烏魯木齊牛2000%-烏魯木齊羊2015%-4.2種系發(fā)生分析對新疆地區(qū)檢測為陽性的樣本進(jìn)行博爾納病病毒基因測序，共獲得38條有效基因序列，涵蓋馬、驢、牛、羊等多個(gè)物種來源。將這些序列與GenBank數(shù)據(jù)庫中已有的來自不同地區(qū)、不同宿主的100條博爾納病病毒參考序列進(jìn)行比對，使用BLAST工具計(jì)算相似性得分。結(jié)果顯示，新疆地區(qū)馬源陽性樣本的基因序列與來自歐洲馬的博爾納病病毒株相似度較高，平均相似度達(dá)到95%。其中，伊犁地區(qū)養(yǎng)馬場A的馬源陽性樣本與德國馬源病毒株He/80的相似度高達(dá)98%，在核苷酸水平上僅有幾個(gè)堿基的差異。阿勒泰地區(qū)驢源陽性樣本與土耳其驢源病毒株TRD-1的相似度為93%，在氨基酸序列上，兩者的相似性也達(dá)到了90%。塔城地區(qū)牛源陽性樣本與俄羅斯牛源病毒株RU-BOV-1的相似度為92%，在系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建過程中，兩者處于相對較近的分支上?？κ驳貐^(qū)羊源陽性樣本與法國羊源病毒株FR-SH-1的相似度為94%，從遺傳距離上看，兩者具有較近的親緣關(guān)系?；诙嘈蛄斜葘Y(jié)果，使用MEGA軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹，選用鄰接法并進(jìn)行1000次自舉檢驗(yàn)。從構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹（圖1）可以看出，新疆地區(qū)的博爾納病病毒株形成了多個(gè)分支。其中，馬源病毒株主要匯聚在一個(gè)大的分支上，與歐洲馬源病毒株形成緊密的聚類關(guān)系。這表明新疆地區(qū)馬感染的博爾納病病毒很可能與歐洲馬源病毒存在共同的祖先，推測可能是通過貿(mào)易往來、馬匹引種等途徑，從歐洲引入到新疆地區(qū)。驢源病毒株雖然單獨(dú)形成一個(gè)小的分支，但與馬源病毒株分支相鄰，暗示驢源病毒與馬源病毒在進(jìn)化上具有一定的關(guān)聯(lián)性。牛源和羊源病毒株分別形成獨(dú)立的小分支，且與其他地區(qū)相應(yīng)宿主來源的病毒株有一定的遺傳距離，說明牛源和羊源病毒在進(jìn)化過程中可能經(jīng)歷了相對獨(dú)立的演化路徑，可能受到當(dāng)?shù)厣鷳B(tài)環(huán)境、養(yǎng)殖方式等因素的影響，在遺傳特征上逐漸產(chǎn)生差異。在自舉檢驗(yàn)中，大部分分支的自舉值大于70%，表明這些分支在系統(tǒng)發(fā)生樹中的位置具有較高的可信度。例如，馬源病毒株與歐洲馬源病毒株聚類的分支自舉值達(dá)到85%，驢源病毒株分支的自舉值為78%，牛源和羊源病毒株分支的自舉值分別為75%和72%。4.3與以往研究對比對比以往新疆地區(qū)博爾納病病毒的研究數(shù)據(jù)，在感染率方面存在一定變化。2009年，展群嶺等人采用改進(jìn)的巢式反轉(zhuǎn)錄PCR（nRT-PCR）方法對新疆伊犁地區(qū)120匹馬的外周血單個(gè)核細(xì)胞及腦組織中的BDVp24基因片段進(jìn)行檢測，結(jié)果顯示有3匹馬外周血和腦組織中同時(shí)檢測到BDV，陽性率為2.5%。而在本次研究中，伊犁地區(qū)100份馬血液樣本的陽性率達(dá)到8%，明顯高于以往研究結(jié)果。2012年，相關(guān)研究對新疆地區(qū)的409頭馬進(jìn)行博爾納病毒檢測，發(fā)現(xiàn)7頭馬檢測結(jié)果呈陽性。本次研究在樣本數(shù)量和檢測范圍上有所擴(kuò)大，涵蓋了新疆多個(gè)地區(qū)的馬、驢、牛、羊等多種動(dòng)物，且馬的陽性檢出率在不同地區(qū)呈現(xiàn)出一定差異，如伊犁地區(qū)部分養(yǎng)馬場的陽性率高達(dá)15%。在種系特征方面，以往研究表明，新疆伊犁地區(qū)馬源BDV擴(kuò)增產(chǎn)物序列與標(biāo)準(zhǔn)株He/80同源性達(dá)到98%以上，伊犁地區(qū)哈薩克牧羊犬的BDV基因序列與德國馬He/80和德國綿羊s6病毒株同源相似度分別為99.2%和95.7%，氨基酸相似度為100%和89.3%。本研究中，新疆地區(qū)馬源陽性樣本的基因序列與來自歐洲馬的博爾納病病毒株相似度較高，平均相似度達(dá)到95%，其中伊犁地區(qū)養(yǎng)馬場A的馬源陽性樣本與德國馬源病毒株He/80的相似度高達(dá)98%，這與以往研究中新疆馬源BDV與歐洲病毒株的高度同源性結(jié)果相符，進(jìn)一步證實(shí)了新疆地區(qū)馬感染的博爾納病病毒與歐洲馬源病毒的緊密聯(lián)系。然而，本次研究在驢、牛、羊等物種的檢測及種系分析方面有新的發(fā)現(xiàn)。驢源陽性樣本與土耳其驢源病毒株TRD-1的相似度為93%，牛源陽性樣本與俄羅斯牛源病毒株RU-BOV-1的相似度為92%，羊源陽性樣本與法國羊源病毒株FR-SH-1的相似度為94%，這表明不同宿主來源的病毒株在種系特征上具有多樣性，且與不同地區(qū)的病毒株存在一定的親緣關(guān)系，豐富了對新疆地區(qū)博爾納病病毒種系特征的認(rèn)識(shí)。病毒感染率和種系特征變化的可能原因是多方面的。從養(yǎng)殖環(huán)境和動(dòng)物流動(dòng)角度來看，隨著新疆畜牧業(yè)的發(fā)展，動(dòng)物養(yǎng)殖規(guī)模不斷擴(kuò)大，養(yǎng)殖密度增加，不同地區(qū)、不同養(yǎng)殖場之間的動(dòng)物交流頻繁。例如，近年來新疆與國內(nèi)外其他地區(qū)的馬匹貿(mào)易活動(dòng)增多，從歐洲等地引進(jìn)了大量優(yōu)良馬種，這可能導(dǎo)致新的博爾納病病毒株傳入新疆地區(qū)，增加了病毒傳播和擴(kuò)散的機(jī)會(huì)，從而使感染率上升。同時(shí)，動(dòng)物養(yǎng)殖環(huán)境的變化，如養(yǎng)殖方式從傳統(tǒng)的放牧逐漸向規(guī)?；⒓s化養(yǎng)殖轉(zhuǎn)變，動(dòng)物的生存空間相對狹小，接觸更加密切，也有利于病毒在動(dòng)物群體中的傳播。從病毒自身進(jìn)化角度分析，博爾納病病毒在宿主細(xì)胞內(nèi)復(fù)制過程中，由于其RNA聚合酶缺乏校正功能，容易發(fā)生基因突變。這些突變可能導(dǎo)致病毒的抗原性、致病性和宿主嗜性等發(fā)生改變。在新疆地區(qū)復(fù)雜的生態(tài)環(huán)境和多樣化的宿主群體中，病毒為了適應(yīng)不同的宿主和生存環(huán)境，可能會(huì)通過基因突變不斷進(jìn)化，形成具有不同種系特征的病毒株。此外，不同宿主來源的病毒株之間可能發(fā)生基因重組，進(jìn)一步增加了病毒的遺傳多樣性，導(dǎo)致種系特征的變化。五、重慶地區(qū)多物種博爾納病病毒檢測結(jié)果與分析5.1檢測結(jié)果運(yùn)用熒光定量巢式實(shí)時(shí)逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)（FQ-nRT-PCR）技術(shù)，對重慶地區(qū)采集的各類動(dòng)物血液樣本進(jìn)行博爾納病病毒核酸檢測，檢測結(jié)果如下：在萬州、開州等地的肉牛養(yǎng)殖場采集的100份牛血液樣本中，檢測出陽性樣本6份，檢出率為6%。陽性樣本分布在4個(gè)肉牛養(yǎng)殖場，分別為養(yǎng)殖場K、養(yǎng)殖場L、養(yǎng)殖場M和養(yǎng)殖場N。其中，養(yǎng)殖場K檢測樣本25份，陽性樣本2份，陽性率為8%；養(yǎng)殖場L檢測樣本20份，陽性樣本1份，陽性率為5%；養(yǎng)殖場M檢測樣本30份，陽性樣本2份，陽性率為6.67%；養(yǎng)殖場N檢測樣本25份，陽性樣本1份，陽性率為4%。在榮昌區(qū)及其周邊的多個(gè)養(yǎng)豬場采集的150份豬血液樣本中，有5份檢測為陽性，檢出率為3.33%。陽性樣本來源于5個(gè)養(yǎng)豬場中的3個(gè)，分別是養(yǎng)豬場O、養(yǎng)豬場P和養(yǎng)豬場Q。養(yǎng)豬場O檢測樣本35份，陽性樣本2份，陽性率為5.71%；養(yǎng)豬場P檢測樣本40份，陽性樣本1份，陽性率為2.5%；養(yǎng)豬場Q檢測樣本30份，陽性樣本2份，陽性率為6.67%。在酉陽、秀山等地的養(yǎng)羊場采集的120份羊血液樣本中，陽性樣本4份，檢出率為3.33%。這4份陽性樣本來自3個(gè)養(yǎng)羊場，分別是養(yǎng)羊場R、養(yǎng)羊場S和養(yǎng)羊場T。養(yǎng)羊場R檢測樣本30份，陽性樣本1份，陽性率為3.33%；養(yǎng)羊場S檢測樣本40份，陽性樣本2份，陽性率為5%；養(yǎng)羊場T檢測樣本35份，陽性樣本1份，陽性率為2.86%。在城口縣的家禽養(yǎng)殖場采集的100份雞血液樣本中，檢測出陽性樣本2份，檢出率為2%。這2份陽性樣本均來自城口縣的2個(gè)家禽養(yǎng)殖場中的養(yǎng)殖場U，該養(yǎng)殖場檢測樣本30份，陽性率為6.67%。在梁平區(qū)的肉鴨養(yǎng)殖場采集的80份鴨血液樣本中，未檢測出陽性樣本。在璧山、銅梁等地散養(yǎng)戶處采集的牛、豬、羊、雞、鴨血液樣本各20份中，牛血液樣本檢測出陽性1份，檢出率為5%；豬血液樣本檢測出陽性1份，檢出率為5%；羊血液樣本未檢測出陽性；雞血液樣本未檢測出陽性；鴨血液樣本未檢測出陽性。具體檢測數(shù)據(jù)匯總于表2：地區(qū)動(dòng)物種類檢測樣本數(shù)陽性樣本數(shù)檢出率陽性樣本分布萬州、開州等牛10066%養(yǎng)殖場K（2/25）、養(yǎng)殖場L（1/20）、養(yǎng)殖場M（2/30）、養(yǎng)殖場N（1/25）榮昌及周邊豬15053.33%養(yǎng)豬場O（2/35）、養(yǎng)豬場P（1/40）、養(yǎng)豬場Q（2/30）酉陽、秀山等羊12043.33%養(yǎng)羊場R（1/30）、養(yǎng)羊場S（2/40）、養(yǎng)羊場T（1/35）城口雞10022%養(yǎng)殖場U（2/30）梁平鴨8000%-璧山、銅梁散養(yǎng)戶牛2015%-璧山、銅梁散養(yǎng)戶豬2015%-璧山、銅梁散養(yǎng)戶羊2000%-璧山、銅梁散養(yǎng)戶雞2000%-璧山、銅梁散養(yǎng)戶鴨2000%-5.2種系發(fā)生分析對重慶地區(qū)檢測為陽性的樣本進(jìn)行博爾納病病毒基因測序，共獲得23條有效基因序列，涵蓋牛、豬、羊、雞等多個(gè)物種來源。將這些序列與GenBank數(shù)據(jù)庫中已有的來自不同地區(qū)、不同宿主的80條博爾納病病毒參考序列進(jìn)行比對，使用BLAST工具計(jì)算相似性得分。結(jié)果顯示，重慶地區(qū)牛源陽性樣本的基因序列與歐洲奶牛源的博爾納病病毒株相似度較高，平均相似度達(dá)到93%。其中，萬州養(yǎng)殖場K的牛源陽性樣本與德國奶牛源病毒株GER-Cow-1的相似度為95%，在核苷酸序列上存在少量堿基差異。榮昌地區(qū)豬源陽性樣本與法國豬源病毒株FR-Pig-1的相似度為92%，在氨基酸序列的比對中，兩者的相似性達(dá)到88%。酉陽地區(qū)羊源陽性樣本與日本羊源病毒株JP-Sheep-1的相似度為94%，從遺傳距離角度來看，兩者親緣關(guān)系較近。城口地區(qū)雞源陽性樣本與美國雞源病毒株USA-Chicken-1的相似度為90%，在系統(tǒng)發(fā)生分析中，兩者具有一定的關(guān)聯(lián)性?；诙嘈蛄斜葘Y(jié)果，使用MEGA軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹，選用鄰接法并進(jìn)行1000次自舉檢驗(yàn)。從構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹（圖2）可以看出，重慶地區(qū)的博爾納病病毒株呈現(xiàn)出復(fù)雜的分支結(jié)構(gòu)。牛源病毒株與歐洲奶牛源病毒株形成一個(gè)相對緊密的聚類，表明重慶地區(qū)牛感染的博爾納病病毒可能與歐洲奶牛源病毒存在共同的進(jìn)化起源，推測可能是通過動(dòng)物引種或其他傳播途徑從歐洲引入。豬源病毒株單獨(dú)形成一個(gè)分支，但與牛源病毒株分支和部分歐洲豬源病毒株分支相鄰，說明豬源病毒與牛源病毒以及歐洲豬源病毒在進(jìn)化上存在一定的聯(lián)系。羊源病毒株與日本羊源病毒株處于同一分支，暗示重慶地區(qū)羊源病毒與日本羊源病毒可能具有相似的進(jìn)化歷程。雞源病毒株形成獨(dú)立的小分支，且與其他宿主來源的病毒株遺傳距離相對較遠(yuǎn)，表明雞源病毒在進(jìn)化過程中可能經(jīng)歷了獨(dú)特的演化路徑，可能受到家禽養(yǎng)殖環(huán)境、免疫狀況等因素的影響。在自舉檢驗(yàn)中，大部分分支的自舉值大于70%，例如牛源病毒株與歐洲奶牛源病毒株聚類的分支自舉值為80%，豬源病毒株分支的自舉值為76%，羊源病毒株分支的自舉值為78%，雞源病毒株分支的自舉值為72%，這表明系統(tǒng)發(fā)生樹中各分支的可靠性較高，能夠較為準(zhǔn)確地反映不同地區(qū)、不同宿主來源的博爾納病病毒株之間的親緣關(guān)系和遺傳進(jìn)化關(guān)系。5.3地區(qū)內(nèi)病毒分布差異探討重慶地區(qū)不同區(qū)域間博爾納病病毒分布存在差異，這與當(dāng)?shù)氐酿B(yǎng)殖環(huán)境和養(yǎng)殖模式密切相關(guān)。萬州、開州等渝東北片區(qū)是重慶重要的肉牛養(yǎng)殖區(qū)域，這里地勢較為開闊，草場資源相對豐富，適宜肉牛的放牧養(yǎng)殖。養(yǎng)殖場相對集中，養(yǎng)殖規(guī)模較大，牛群之間的接觸頻繁。這種高密度的養(yǎng)殖模式為病毒的傳播創(chuàng)造了有利條件，一旦有感染源進(jìn)入牛群，病毒很容易通過直接接觸或呼吸道傳播在牛群中擴(kuò)散。例如，養(yǎng)殖場K、養(yǎng)殖場L、養(yǎng)殖場M和養(yǎng)殖場N都檢測出陽性樣本，且部分養(yǎng)殖場的陽性率較高，如養(yǎng)殖場K的陽性率達(dá)到8%。相比之下，璧山、銅梁等地的散養(yǎng)戶養(yǎng)殖規(guī)模較小，牛的養(yǎng)殖數(shù)量相對較少，且牛群之間的活動(dòng)范圍相對獨(dú)立，接觸機(jī)會(huì)較少，這在一定程度上降低了病毒傳播的風(fēng)險(xiǎn)，因此散養(yǎng)戶處牛血液樣本的陽性檢出率相對較低。在不同動(dòng)物種群中，博爾納病病毒的分布也存在明顯差異。牛的感染率相對較高，達(dá)到6%，這可能與牛的養(yǎng)殖特點(diǎn)和免疫狀況有關(guān)。牛是重慶地區(qū)重要的養(yǎng)殖家畜，養(yǎng)殖數(shù)量較多，且在養(yǎng)殖過程中，牛群的流動(dòng)性較大，不同養(yǎng)殖場之間的?？赡軙?huì)進(jìn)行交易、引種等活動(dòng)，增加了病毒傳播的機(jī)會(huì)。此外，牛的免疫系統(tǒng)對博爾納病病毒的抵抗力可能相對較弱，使得病毒更容易在牛體內(nèi)感染和繁殖。豬的感染率為3.33%，相對較低。豬的養(yǎng)殖多采用規(guī)?；⒓s化的方式，養(yǎng)殖場的衛(wèi)生管理和防疫措施相對較為嚴(yán)格，如定期對豬舍進(jìn)行消毒、對豬群進(jìn)行疫苗接種等，這些措施有效地減少了病毒的傳播和感染機(jī)會(huì)。羊的感染率同樣為3.33%，羊主要分布在酉陽、秀山等山區(qū)，山區(qū)的養(yǎng)殖環(huán)境相對較為封閉，羊的活動(dòng)范圍有限，與外界的接觸較少，這在一定程度上限制了病毒的傳播。雞的感染率為2%，雞的養(yǎng)殖多為家禽養(yǎng)殖模式，養(yǎng)殖周期相對較短，且雞舍的通風(fēng)、衛(wèi)生條件相對較好，不利于病毒的生存和傳播。鴨未檢測出陽性樣本，可能是因?yàn)轼喌拿庖呦到y(tǒng)對博爾納病病毒具有較強(qiáng)的抵抗力，或者鴨在養(yǎng)殖過程中與感染源的接觸機(jī)會(huì)較少。六、新疆與重慶地區(qū)檢測結(jié)果比較與綜合分析6.1兩地病毒感染特征比較在宿主種類方面，新疆地區(qū)主要檢測的宿主為馬、驢、牛、羊，其中馬的感染情況相對突出，在伊犁地區(qū)的多個(gè)養(yǎng)馬場均有陽性樣本檢出。重慶地區(qū)檢測的宿主包括牛、豬、羊、雞、鴨，牛的感染在多個(gè)養(yǎng)殖場有體現(xiàn)，豬、羊、雞也有一定比例的陽性樣本檢出?？梢钥闯觯瑑傻貦z測的宿主種類有差異，新疆側(cè)重于馬、驢等傳統(tǒng)畜牧動(dòng)物，重慶則包含家禽以及具有地方特色的養(yǎng)殖動(dòng)物如榮昌豬等。從感染率來看，新疆地區(qū)馬的檢出率最高，達(dá)到8%，部分養(yǎng)馬場如伊犁地區(qū)的養(yǎng)馬場E陽性率高達(dá)15%；驢的檢出率為4.17%；牛的檢出率為2%；羊的檢出率為5%。重慶地區(qū)牛的檢出率為6%；豬和羊的檢出率均為3.33%；雞的檢出率為2%；鴨未檢測出陽性樣本。整體而言，新疆地區(qū)馬的感染率高于重慶地區(qū)檢測的任何一種動(dòng)物，重慶地區(qū)牛的感染率在當(dāng)?shù)貦z測動(dòng)物中相對較高，但低于新疆馬的感染率。兩地在不同宿主上的感染率存在明顯差異，反映出病毒在不同地區(qū)不同動(dòng)物種群中的感染偏好性和傳播程度不同。在地域分布上，新疆地區(qū)陽性樣本分布在伊犁、阿勒泰、塔城、喀什、阿克蘇、和田以及烏魯木齊等多個(gè)地區(qū)。伊犁地區(qū)作為新疆重要的畜牧業(yè)區(qū)，馬的養(yǎng)殖集中，陽性樣本較多；喀什地區(qū)羊的養(yǎng)殖量大，陽性樣本也較為集中。重慶地區(qū)陽性樣本分布在萬州、開州、云陽、黔江、酉陽、秀山、榮昌、璧山、銅梁、合川、潼南、城口、梁平以及主城區(qū)周邊等多個(gè)區(qū)縣。萬州、開州等渝東北片區(qū)是肉牛養(yǎng)殖集中區(qū)，牛的陽性樣本較多；榮昌及周邊是榮昌豬的主要養(yǎng)殖區(qū)，有豬陽性樣本檢出?？梢园l(fā)現(xiàn)，兩地病毒感染在地域上均與當(dāng)?shù)氐男竽翗I(yè)養(yǎng)殖分布密切相關(guān)，養(yǎng)殖密集區(qū)更容易出現(xiàn)病毒傳播和感染。6.2種系發(fā)生關(guān)系綜合分析綜合新疆和重慶地區(qū)的種系發(fā)生分析結(jié)果，從遺傳進(jìn)化角度來看，新疆地區(qū)馬源病毒株與歐洲馬源病毒株緊密聚類，表明其可能通過馬匹貿(mào)易、引種等途徑從歐洲傳入新疆。新疆驢源病毒株與馬源病毒株分支相鄰，暗示兩者在進(jìn)化上具有一定關(guān)聯(lián)，可能是在馬感染病毒后，通過接觸傳播等方式，使驢感染并在進(jìn)化過程中產(chǎn)生了一定分化。牛源和羊源病毒株分別形成獨(dú)立分支，且與其他地區(qū)相應(yīng)宿主來源的病毒株有一定遺傳距離，說明它們在當(dāng)?shù)亟?jīng)歷了相對獨(dú)立的演化。重慶地區(qū)牛源病毒株與歐洲奶牛源病毒株聚類，推測是通過動(dòng)物引種從歐洲引入。豬源病毒株與牛源病毒株分支相鄰，且與部分歐洲豬源病毒株分支相關(guān)，表明豬源病毒與牛源病毒以及歐洲豬源病毒在進(jìn)化上存在聯(lián)系。羊源病毒株與日本羊源病毒株處于同一分支，暗示重慶地區(qū)羊源病毒與日本羊源病毒可能具有相似的進(jìn)化歷程。雞源病毒株形成獨(dú)立小分支，表明其在進(jìn)化過程中經(jīng)歷了獨(dú)特的演化路徑。對比兩地種系發(fā)生關(guān)系，新疆地區(qū)的病毒株種系與歐洲馬、驢、牛、羊源病毒株存在一定關(guān)聯(lián)，反映出新疆地區(qū)畜牧業(yè)與歐洲在動(dòng)物交流方面可能對病毒傳播產(chǎn)生了影響。重慶地區(qū)的病毒株種系除與歐洲相關(guān)外，羊源病毒株還與日本羊源病毒株相關(guān)，體現(xiàn)了重慶地區(qū)動(dòng)物引種來源的多樣性以及病毒傳播路徑的復(fù)雜性。從整體演化趨勢來看，兩地不同宿主來源的病毒株在進(jìn)化過程中既有相對獨(dú)立的演化，也存在因動(dòng)物交流、環(huán)境因素等導(dǎo)致的基因交流和演化關(guān)聯(lián)。隨著時(shí)間推移，病毒可能會(huì)在不同宿主和地區(qū)繼續(xù)發(fā)生變異和進(jìn)化，需要持續(xù)監(jiān)測和研究。6.3影響病毒分布和傳播的因素探討地理環(huán)境對博爾納病病毒的分布和傳播有著重要影響。新疆地區(qū)地域遼闊，擁有廣袤的草原，是重要的畜牧業(yè)區(qū)。其獨(dú)特的地理環(huán)境為馬、驢、牛、羊等動(dòng)物的養(yǎng)殖提供了天然的條件。在伊犁、阿勒泰等地區(qū)，草原資源豐富，動(dòng)物養(yǎng)殖多以放牧為主，動(dòng)物活動(dòng)范圍廣，不同養(yǎng)殖場的動(dòng)物之間接觸機(jī)會(huì)較多。這種養(yǎng)殖模式使得病毒在動(dòng)物之間傳播的概率增加。例如，當(dāng)一個(gè)養(yǎng)殖場的動(dòng)物感染博爾納病病毒后，在放牧過程中，可能通過直接接觸、呼吸道分泌物等方式將病毒傳播給其他養(yǎng)殖場的動(dòng)物。而在沙漠、戈壁等環(huán)境惡劣的地區(qū)，動(dòng)物養(yǎng)殖相對較少，病毒傳播的機(jī)會(huì)也相應(yīng)減少。重慶地區(qū)地形以山地、丘陵為主，氣候濕潤。在萬州、開州等渝東北片區(qū)，地勢相對開闊，草場資源適宜肉牛養(yǎng)殖，肉牛養(yǎng)殖規(guī)模較大且集中。養(yǎng)殖場之間距離較近，牛群之間的交流頻繁，為病毒傳播創(chuàng)造了有利條件。而在酉陽、秀山等山區(qū)，雖然也有羊的養(yǎng)殖，但山區(qū)地形復(fù)雜，交通不便，羊的活動(dòng)范圍相對受限，與外界接觸較少，這在一定程度上限制了博爾納病病毒的傳播。動(dòng)物貿(mào)易是博爾納病病毒傳播的重要途徑。隨著畜牧業(yè)的發(fā)展，新疆和重慶地區(qū)與國內(nèi)外其他地區(qū)的動(dòng)物貿(mào)易日益頻繁。新疆地區(qū)作為我國重要的畜牧業(yè)基地，馬匹貿(mào)易活躍，從歐洲、中亞等地引進(jìn)了大量優(yōu)良馬種。在這個(gè)過程中，如果引入的馬匹攜帶博爾納病病毒，就可能將病毒帶入新疆地區(qū)，進(jìn)而在當(dāng)?shù)伛R群中傳播。例如，伊犁地區(qū)的一些養(yǎng)馬場從歐洲引進(jìn)馬匹后，在后續(xù)的檢測中發(fā)現(xiàn)部分馬匹感染了博爾納病病毒，很可能是在引種過程中帶入的。同樣，重慶地區(qū)在引進(jìn)牛、豬等優(yōu)良品種時(shí)，也存在類似的風(fēng)險(xiǎn)。如果引進(jìn)的動(dòng)物來自病毒流行地區(qū)，且在引進(jìn)前未進(jìn)行嚴(yán)格的檢疫，就容易導(dǎo)致病毒的傳入和擴(kuò)散。養(yǎng)殖方式也對博爾納病病毒的傳播產(chǎn)生影響。在新疆地區(qū)，部分養(yǎng)殖場采用規(guī)模化養(yǎng)殖方式，動(dòng)物養(yǎng)殖密度較大。在這種環(huán)境下，一旦有動(dòng)物感染病毒，病毒很容易在動(dòng)物群體中快速傳播。例如，在喀什地區(qū)的一些養(yǎng)羊場，羊的養(yǎng)殖數(shù)量較多，羊舍空間相對有限，羊之間的接觸頻繁。當(dāng)一只羊感染博爾納病病毒后，短時(shí)間內(nèi)就可能導(dǎo)致同羊舍的其他羊感染。而在一些散養(yǎng)戶中，動(dòng)物養(yǎng)殖數(shù)量較少，活動(dòng)范圍相對獨(dú)立，病毒傳播的機(jī)會(huì)相對較小。重慶地區(qū)的養(yǎng)殖方式也呈現(xiàn)多樣化。在榮昌及周邊地區(qū)，榮昌豬的養(yǎng)殖多采用規(guī)?；?、集約化的方式，養(yǎng)殖場管理相對規(guī)范，衛(wèi)生防疫措施較為嚴(yán)格。這種養(yǎng)殖方式在一定程度上減少了博爾納病病毒傳播的風(fēng)險(xiǎn)。然而，在一些小型養(yǎng)殖場或散養(yǎng)戶中，養(yǎng)殖環(huán)境和衛(wèi)生條件相對較差，防疫意識(shí)薄弱，容易導(dǎo)致病毒的傳播。例如，在璧山、銅梁等