43TechnicalcodeforgenomicidentificationofbreedpurityinlocalpigsI 24.4個體GBC值計算 24.5純種個體判定 2 2 3A.1混合模型 3A.2線性回歸模型 3A.3通徑分析模型 3本文件按照GB/T1.1—2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分：標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)定請注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機構(gòu)不承擔(dān)識別專利的責(zé)任。1地方豬品種純度基因組鑒定技術(shù)規(guī)程本文件規(guī)定了地方豬品種純度基因組鑒定技術(shù)操作步驟要求和DB43/T3044豬基因組選擇育種技術(shù)3.1基因組品種構(gòu)成genomicbreedcompos3.2SNP面板singlenucleotidepoly以測序或者基因芯片檢測方法獲得的參考群全部個體的基因組分型數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，篩選并建立的用3.3在待鑒定地方豬個體的基因組中本品種所占比例，即本品種GB4操作步驟要求4.2.1參考豬種基因組信息收集根據(jù)待鑒定個體特征收集或構(gòu)建參考豬種基因組分型信息。要求每個參考豬種基因組信息的個體4.2.2參考豬種基因組信息質(zhì)控2采用品種似然值法剔除每個品種中不具備該品種遺傳特征的4.2.3參考豬種等位基因頻率計算4.3.1通用組合法），4.3.2優(yōu)化組合法4.4個體GBC值計算4.5純種個體判定3A.1混合模型EQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up4(M),k)fjk)+(2-gk)ln(1-fjk)]+C····································(A.1)權(quán)系數(shù)，即第j個參考豬種對待鑒定個體基因組的相對遺傳貢獻比例；EQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up4(T),j)EQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up4(M),k)EQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up4(M),k)EQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up4(T),j)A.2線性回歸模型y=F×β+e·······························································F——（M×T）的矩陣，T為參考豬種數(shù)量，F(xiàn)={fkj}，其中fkj表示第j個參考豬種中第k個SNPβ——（T×1）的參考豬種回歸系數(shù)向量；GBC為（T×1）的向量，其中GBCj表示第j個參考豬種對待鑒定個體基因組的相對遺傳貢獻比例，EQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up4(T),j)βj——第j個參考豬種的回歸系數(shù)。A.3通徑分析模型y*=ΣEQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up4(T),j)=1pyxjx+bEQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up4(*),e)×e*y*——中心標(biāo)準(zhǔn)化的y，y*=(y-E(y))/σy，y表示x——中心標(biāo)準(zhǔn)化的xj，x=(xj-E(xj))/σxj，xj表示第j個參考豬種中M個SNP的A等位基因頻率向量（M×1E(xj)是xj的期望，σxj是xj的方差；pyxj——通徑系數(shù)，即標(biāo)準(zhǔn)化的回歸系數(shù)；4EQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up3(*),e)EQ\*jc3\*hps17\o\al(\s\up3(*),e)pEQ\*jc3\*hps17\o\al(\