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RNA-seqVSZhangetal.NatureReviewsGenetics,RNA-seq 1.Libraryconstructionwith 2.ClusterGenerationbybridge 3.Sequencingby 4.Massivelyparallel 5.Reads 6.Transcriptsabundance 7.Differentiallyexpressedgenes 8. NextGenerationSequencingLibraryMoreilluminaClusterGeneration:BridgePCR SequencingSequencingMultiplexingisachievedbyusingsamplespecificadaptorsinlibrarypreparationstep,thensequencingthemalltogetherinonelibraryPE=pairedend(mate
SE=singleIs2*50,000,000=MoreinformationonNewsplicevariantsNewstructuralvariationMoreperbasecoverageTypicallybetterma
LessinformationThe2ndfragmentisredundantinformationforcoveragepurposes.UsefulRSeQC:genebody 對各 fication單位的介紹 /2014/05/08/what-Useful Fusion Mutation 工具列 SEQanswers ProtocolarticlesSimilarstudiesCompany
實驗設(shè)表達檢測,可變剪接,新轉(zhuǎn)錄物,等 表達差異,突變測,融 技術(shù)重復:基本不生物重復:樣品數(shù) Someexample Coverage(referstomappedsequencing/denovoassembly/variation
10x-30x- 30-50-100millionreadsformammalian 0.5-1million100xor20-30millionreadsper
(dependson ent,signaltonoiseandBisulfite ~30xoftheGENOMEperbiologicalSequencingstudyof$NumberfManyNumberfareproducefew
FewmoleculesareveryabundantmostreadsareattributedtoNumberofNumberofERCC ExternalRNAControls 素Assessthelowerlimitofdetectionandrange(doseAssessthefold-changeGenebodycoverage Saturation Whatinformationcanyougetfrom 功能研 部分調(diào)機制反映在RNA水平 RNA RNA 發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn) 發(fā)現(xiàn)新的細胞 singlecellRNA-LuChenetal.,Science,Whatinformationcanyougetfrom 功能研 部分調(diào)機制反映在RNA水平 RNA RNA 發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn) 發(fā)現(xiàn)新的細胞 singlecellRNA- VenablesJPetal.,NatStructMolBiolOlteanSandBatesDO,OncogeneEmergingRolesofRNAModification:LeeM.etal.,CellRNAWhatinformationcanyougetfrom 功能研 部分調(diào)機制反映在RNA水平 RNA RNA 發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn) 發(fā)現(xiàn)新的細胞 singlecellRNA-LongnoncodingCabiliNM.GenomeRes.ThelandscapeoflongnoncodingRNAsinthehumantranscriptomeIyerMatthewetal.,NatGenet.GuoJUetal.,GenomeBiol.Rybak-WolfAGuoJUetal.,GenomeBiol.Whatinformationcanyougetfrom 功能研 部分調(diào)機制反映在RNA水平 RNA RNA 發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)
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