生物多樣性數(shù)據(jù)管理與挖掘分析一、開(kāi)放科學(xué)與數(shù)據(jù)科學(xué)二、科研資源整合與關(guān)聯(lián)三、生物多樣性數(shù)據(jù)管理與分析四、應(yīng)用服務(wù)與實(shí)踐背景：知識(shí)共享的歷史演化 計(jì)算智能人工智能“X-計(jì)算智能人工智能“X-因素”挖掘數(shù)據(jù)的多維度賦值、分析、計(jì)算和挖掘數(shù)據(jù)挖掘&數(shù)據(jù)挖掘&大數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)描述靜態(tài)框架數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)描述數(shù)據(jù)存儲(chǔ)數(shù)據(jù)清洗數(shù)據(jù)存儲(chǔ)數(shù)據(jù)清洗數(shù)據(jù)采集數(shù)據(jù)采集程數(shù)據(jù)科學(xué)與數(shù)據(jù)科學(xué)家大數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)科學(xué)數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)經(jīng)驗(yàn)型經(jīng)驗(yàn)型理論型理論型計(jì)算型計(jì)算型數(shù)據(jù)發(fā)數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)型服務(wù)倉(cāng)儲(chǔ)服務(wù)倉(cāng)儲(chǔ)我是誰(shuí)？我有什么？我是誰(shuí)？我有什么？科研資源科研資源f學(xué)科領(lǐng)域f數(shù)據(jù)科學(xué)（DataScience）數(shù)據(jù)科學(xué)家（DataScientist）數(shù)據(jù)科學(xué)家一只有數(shù)據(jù)科學(xué)家一只有25只腳的蜘蛛數(shù)據(jù)科學(xué)家是指能采用科學(xué)方法、運(yùn)用數(shù)據(jù)挖掘工具對(duì)復(fù)雜多量的數(shù)字、符號(hào)、文字、網(wǎng)址、音頻或視頻等信息進(jìn)行數(shù)字化重現(xiàn)與認(rèn)識(shí)，并能尋找新的數(shù)據(jù)洞察的工程師或?qū)＜?不同于統(tǒng)計(jì)學(xué)家或分析師)。一個(gè)優(yōu)秀的數(shù)據(jù)科學(xué)家需要具備的素質(zhì)有：懂?dāng)?shù)據(jù)采集、懂?dāng)?shù)學(xué)算法、懂?dāng)?shù)學(xué)軟件、懂?dāng)?shù)據(jù)分析、懂預(yù)測(cè)分析、懂市場(chǎng)應(yīng)用、懂決策分析等。數(shù)字人文全景圖/現(xiàn)狀和背景GeoNames，OA期刊/圖書，人物，地名，機(jī)構(gòu)準(zhǔn)（WMS/WFS/TMS）一、開(kāi)放科學(xué)與數(shù)據(jù)科學(xué)二、科研資源整合與關(guān)聯(lián)三、生物多樣性數(shù)據(jù)管理與分析四、應(yīng)用服務(wù)與實(shí)踐國(guó)家設(shè)施——中國(guó)科技資源共享網(wǎng)1.國(guó)家大型科學(xué)儀器中心共享服務(wù)平臺(tái)2.國(guó)家農(nóng)作物種質(zhì)資源共享服務(wù)平臺(tái)3.國(guó)家地球系統(tǒng)科學(xué)數(shù)據(jù)共享服務(wù)平臺(tái)4.中國(guó)數(shù)字科技館5.國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)資源共享平臺(tái)6.國(guó)家材料環(huán)境腐蝕野外科學(xué)觀測(cè)研究共享服務(wù)平臺(tái)7.國(guó)家地震科學(xué)數(shù)據(jù)共享服務(wù)平臺(tái)8.國(guó)家計(jì)量基標(biāo)準(zhǔn)資源共享服務(wù)平臺(tái)9.國(guó)家科技圖書文獻(xiàn)共享服務(wù)平臺(tái)10.國(guó)家農(nóng)業(yè)科學(xué)數(shù)據(jù)共享服務(wù)平臺(tái)11.國(guó)家生態(tài)系統(tǒng)觀測(cè)研究共享服務(wù)平臺(tái)12.國(guó)家應(yīng)急分析測(cè)試共享服務(wù)平臺(tái)13.國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)文獻(xiàn)共享服務(wù)平臺(tái)14.國(guó)家微生物資源共享服務(wù)平臺(tái)15.國(guó)家海洋科學(xué)數(shù)據(jù)共享服務(wù)平臺(tái)16.國(guó)家標(biāo)本資源共享服務(wù)平臺(tái)17.國(guó)家家養(yǎng)動(dòng)物種質(zhì)資源共享服務(wù)平臺(tái)18.國(guó)家人類遺傳資源共享服務(wù)平臺(tái)19.國(guó)家林業(yè)科學(xué)數(shù)據(jù)共享服務(wù)平臺(tái)20.國(guó)家實(shí)驗(yàn)細(xì)胞資源共享服務(wù)平臺(tái)21.國(guó)家氣象科學(xué)數(shù)據(jù)共享服務(wù)平臺(tái)22.國(guó)家寄生蟲種質(zhì)資源共享服務(wù)平臺(tái)23.國(guó)家人口與健康科學(xué)數(shù)據(jù)共享服務(wù)平臺(tái)24.國(guó)家林木種質(zhì)資源共享服務(wù)平臺(tái)25.國(guó)家特殊環(huán)境、特殊功能觀測(cè)研究臺(tái)站共享服務(wù)平臺(tái)26.國(guó)家基礎(chǔ)科學(xué)數(shù)據(jù)共享服務(wù)平臺(tái)27.國(guó)家水產(chǎn)種質(zhì)資源共享服務(wù)平臺(tái)28.國(guó)家重要野生植物種質(zhì)資源共享服務(wù)平臺(tái)/sdata/policies/repositories//??物種2000中國(guó)節(jié)點(diǎn)?物種2000全球節(jié)點(diǎn)?InternationalPlantNamesIndex(IPNI)?植物志動(dòng)物志??BHL（生物多樣性歷史文獻(xiàn)圖書館）?BHL中國(guó)節(jié)點(diǎn)?eF在線植物志項(xiàng)目?中國(guó)植物志在線版?中國(guó)動(dòng)物志在線版標(biāo)本&觀測(cè)標(biāo)本&觀測(cè)“3S”數(shù)據(jù)資源“3S”數(shù)據(jù)資源臺(tái)地方資源DNA序列庫(kù)碼數(shù)據(jù)的不完整性需要多方的數(shù)據(jù)的不完整性需要多方的共同努力和共享整合：Weestimatethatfree-rangingdomesticcatskill1.4–3.7billionbirdsand6.9–20.7billionmammalsannually(DOI:10.1038/ncomms2380)北美地區(qū)每年被流浪貓致死的鳥達(dá)14-37億只！海洋調(diào)查植物園栽培面上的無(wú)序堆積VS長(zhǎng)期持續(xù)的定點(diǎn)監(jiān)測(cè)海洋調(diào)查植物園栽培面上的無(wú)序堆積VS長(zhǎng)期持續(xù)的定點(diǎn)監(jiān)測(cè)ChinaBONCERNSinoBON林業(yè)調(diào)查CForBio物候網(wǎng)?全國(guó)科學(xué)技術(shù)名詞：?STKOS：60萬(wàn)+Wikidata：500萬(wàn)+?OcidID：500萬(wàn)+的作者，3000+萬(wàn)篇文章?各類領(lǐng)域本體?文獻(xiàn)：文章、圖書、學(xué)位?館藏（標(biāo)本/檔案/圖書/博?算法、代碼10+語(yǔ)言，關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)映射/faoterm/zh/100多個(gè)學(xué)科，100多個(gè)學(xué)科，45萬(wàn)個(gè)術(shù)語(yǔ)1.3萬(wàn)冊(cè)工具書/主題詞表和知識(shí)組織體系（Thesaurus）中文：中國(guó)分類主題詞表/login.aspx全球農(nóng)業(yè)主題詞表全球農(nóng)業(yè)主題詞表1.AGROVOC（多語(yǔ)種農(nóng)業(yè)主題詞表）/zh-hans/agrovoc2.NALT（美國(guó)國(guó)家農(nóng)業(yè)圖書館敘詞表）/3.EUROVOC（歐盟農(nóng)業(yè)主題詞表）https://eur-lex.europa.eu/browse/eurovoc.html4.MeSH（醫(yī)學(xué)主題詞表）/mesh/1000048在國(guó)內(nèi)，英文詞表代表性的是科技知識(shí)組織體系(STKOS，/）。該平臺(tái)是建設(shè)以領(lǐng)域本體為目標(biāo)的超級(jí)詞表，包括來(lái)源術(shù)語(yǔ)、來(lái)源詞表、科技術(shù)語(yǔ)、STKOS規(guī)范概念、范疇類和范疇表等6大類數(shù)據(jù)模型。目前平臺(tái)收錄61.5萬(wàn)學(xué)術(shù)概念，232.1萬(wàn)個(gè)術(shù)語(yǔ)，并對(duì)外提供了API、本體可視化和關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)等多種功能。http://www.dcc.ac.ukDarwinDarwinCore本體（Ontology）：1.用于描述非生物環(huán)境描述：包括EnvironmentOntology（ENVO，環(huán)境本體)和EMPOntology(EMPO，地球微生物項(xiàng)目）等。2.用于農(nóng)業(yè)數(shù)據(jù)交互：如FAO基于AGROVOC主題詞表的開(kāi)發(fā)建立的農(nóng)業(yè)本體服務(wù)（AOS）和漁業(yè)本體（FisheryOntology）、作物-有害生物本體和抗菌劑本體等等。3.用于普適性生物特征描述：包括GeneOntology（基因本體）、PlantPhenologyOntology(植物物候本體）、PlantOntology（植物本體）和CropResearchOntology（作物研究本體）等。植物性狀本體（香蕉本體）等。Ontology：植物性狀本體/LinkedOpenData，關(guān)聯(lián)開(kāi)放數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)是使用Web技術(shù)為無(wú)關(guān)數(shù)據(jù)建立相關(guān)性，或者使用Web技術(shù)來(lái)降低關(guān)聯(lián)難度。更具體的是維基百科的定義——為了通過(guò)URI或者RDF技術(shù)來(lái)暴露、共享和關(guān)聯(lián)語(yǔ)義網(wǎng)上碎片化數(shù)據(jù)、信息和知識(shí)，提供的最佳描述方案。/wiki/TaskForces/CommunityProjects/LinkingOpenData/DataSets/需求：由于父親調(diào)動(dòng)工作，我們要搬家。通過(guò)使用互聯(lián)網(wǎng)，搜索了符合家人希望的地方。/cn/about/local/businesspolicy/tech/list/lod-p04.html數(shù)據(jù)粒度數(shù)據(jù)類型和數(shù)據(jù)服務(wù)粒度數(shù)據(jù)粒度提取和標(biāo)注題名數(shù)據(jù)集卷冊(cè)傳統(tǒng)文獻(xiàn)服務(wù)篇章科學(xué)數(shù)據(jù)科學(xué)數(shù)據(jù)服務(wù)提取和標(biāo)注題名數(shù)據(jù)集卷冊(cè)傳統(tǒng)文獻(xiàn)服務(wù)篇章科學(xué)數(shù)據(jù)科學(xué)數(shù)據(jù)服務(wù)段落數(shù)據(jù)庫(kù)、術(shù)語(yǔ)庫(kù)、標(biāo)引庫(kù)等句子短語(yǔ)單詞結(jié)構(gòu)化和專業(yè)性程度越來(lái)越高可信10.整合可享9.重用8.重現(xiàn)7.評(píng)議6.理解5.引用4.發(fā)現(xiàn)可信10.整合可享可存可存/about/open-science/research-data√√√√√√制數(shù)據(jù)整合服務(wù)：一項(xiàng)綜合性的工作類型一、開(kāi)放科學(xué)與數(shù)據(jù)科學(xué)二、科研資源整合與關(guān)聯(lián)三、生物多樣性數(shù)據(jù)管理與分析四、應(yīng)用服務(wù)與實(shí)踐數(shù)字化數(shù)字化開(kāi)放獲取相互連接通過(guò)分析工具和文檔描述進(jìn)行數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)不同維度看數(shù)據(jù)：GBIF（10億條記錄）物種數(shù)量生物門類每天物種數(shù)空間分布精度測(cè)理解認(rèn)知整合實(shí)證GBIO理解認(rèn)知整合實(shí)證架架數(shù)據(jù)素材數(shù)據(jù)素材文文化意識(shí)生物多樣性知識(shí)網(wǎng)絡(luò)物種種群物種性狀群落組成類型基因物種種群物種性狀群落組成類型基因組成物候形態(tài)繁殖生理行為1.手動(dòng)配置，導(dǎo)入導(dǎo)出2.直接入MYSQL數(shù)據(jù)庫(kù)3.支持腳本定制開(kāi)發(fā)對(duì)圖像、音頻、PDF等文件的處理java-jarpdfbox-app-2.0.12.jarPDFToImage-startPage1-endPage312.pdf /wiki/List_of_PDF_software?PDFBox：https://pdfbox.apachejava-jarpdfbox-app-2.0.12.jarPDFToImage-startPage1-endPage312.pdflSWFTools(PDF轉(zhuǎn)換FLASH）:/l教程與實(shí)例：GIS和遙感等空間數(shù)據(jù)處理工具：ESRIArcGIS、QGIS、GlobalMapper、webGIS：Leaflet（）、OpenLayer（/）√√√√√√制PYTHON：R:/從歷史上看，盡管把兩者分割開(kāi)來(lái)是因?yàn)榻逃尘埃航y(tǒng)計(jì)學(xué)家們傾向用R，而程序員則選擇了Python語(yǔ)言。然而，隨著數(shù)據(jù)科學(xué)家的增加，這種區(qū)別開(kāi)始變得模糊起來(lái)：數(shù)據(jù)科學(xué)家就是這樣一種人：軟件工程師中最懂統(tǒng)計(jì)學(xué)，統(tǒng)計(jì)學(xué)家中最會(huì)編程的人。type<-c('海洋所','B','C','D'element_blank())+the節(jié)點(diǎn)介紹工作流項(xiàng)目，包節(jié)點(diǎn)介紹工作流項(xiàng)目，包括網(wǎng)絡(luò)和本地工作流編輯器工作流編輯器節(jié)點(diǎn)倉(cāng)儲(chǔ)庫(kù)大綱圖輸出信息窗口節(jié)點(diǎn)倉(cāng)儲(chǔ)庫(kù)大綱圖輸出信息窗口典型應(yīng)用實(shí)例功能樹/Microsoft/VoTT/Python_----*一、開(kāi)放科學(xué)與數(shù)據(jù)科學(xué)二、科研資源整合與關(guān)聯(lián)三、生物多樣性數(shù)據(jù)管理與分析四、應(yīng)用服務(wù)與實(shí)踐重要病蟲害數(shù)據(jù)庫(kù)重要病蟲害數(shù)據(jù)庫(kù)ML：機(jī)器學(xué)習(xí)ML：機(jī)器學(xué)習(xí)與圖像識(shí)別分詞、新詞分類和NERCV：計(jì)算機(jī)視覺(jué)公眾號(hào)進(jìn)入后點(diǎn)擊“資源中心公眾號(hào)進(jìn)入后點(diǎn)擊“資源中心”即可東南亞和少數(shù)民族藥用植物數(shù)據(jù)庫(kù)Imperatacylindrica對(duì)原文進(jìn)行個(gè)性化對(duì)原文進(jìn)行個(gè)性化定制的標(biāo)引（顏色標(biāo)記），為原文做更多增強(qiáng)和補(bǔ)充標(biāo)引后的內(nèi)容，能夠進(jìn)行更多標(biāo)引后的內(nèi)容，能夠進(jìn)行更多知識(shí)點(diǎn)的關(guān)聯(lián)，如古籍、研究文獻(xiàn)、考古和社科成果等。新一代地方志：多源數(shù)據(jù)整合的增強(qiáng)型志書方志事件信息可以方志事件信息可以用時(shí)空點(diǎn)位信息進(jìn)行組織和群組可以根據(jù)不同主可以根據(jù)不同主體來(lái)進(jìn)行多圖層的設(shè)計(jì)和切換1903年的照片疊加在1888年的頤和1903年的照片疊加在1888年的頤和園老地圖上。傳統(tǒng)地方志的文本表述用多媒體來(lái)表述，同時(shí)能夠跟志書數(shù)據(jù)跨地域、跨主題關(guān)聯(lián)起來(lái)。(GDELT，全球事件、語(yǔ)言和語(yǔ)氣數(shù)據(jù)庫(kù))GDELT是一個(gè)免費(fèi)開(kāi)放的新聞數(shù)據(jù)庫(kù),它實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)世界上印刷、廣播、網(wǎng)絡(luò)媒體中的新聞,對(duì)其進(jìn)行文本分析并提取出人物、地點(diǎn)、組織和事件等關(guān)鍵信息。/130個(gè)國(guó)家和地區(qū)對(duì)“一帶一路”倡議的情緒分布（綠色為積極，紅色為消極）青銅青銅地質(zhì)地質(zhì)七月流火，九月授衣。一之日觱發(fā)，二之日栗烈。無(wú)衣無(wú)褐，何以卒歲。三之日于耜，四之日舉趾。同我婦子，馌彼南畝，田畯至喜。七月流火，九月授衣。春日載陽(yáng)，有鳴倉(cāng)庚。女執(zhí)懿筐，遵彼微行，爰求柔桑。春日遲遲，采蘩祁祁。女心傷悲，殆及公子同歸。七月流火，八月萑葦。蠶月條桑，取彼斧斨，以伐遠(yuǎn)揚(yáng)，猗彼女桑。七月鳴鵙，八月載績(jī)。載玄載黃，我朱孔陽(yáng)，為公子裳。四月秀葽，五月鳴蜩。八月其獲，十月隕籜。一之日于貉，取彼狐貍，為公子裘。二之日其同，載纘武功，言私其豵，獻(xiàn)豜于公。五月斯螽動(dòng)股，六月莎雞振羽，七月在野，八月在宇，九月在戶，十月蟋蟀入我床下。穹窒熏鼠，塞向墐戶。嗟我婦子，曰為改歲，入此室處。六月食郁及薁，七月亨葵及菽，八月剝棗，十月獲稻，為此春酒，以介眉?jí)?。七月食瓜，八月斷壺，九月叔苴，采荼薪樗，食我農(nóng)夫。九月筑場(chǎng)圃，十月納禾稼。黍稷重穋，禾麻菽麥。嗟我農(nóng)夫，我稼既同，上入執(zhí)宮功。晝爾于茅，宵爾索綯。亟其乘屋，其始播百谷。二之日鑿冰沖沖，三之日納于凌陰。四之日其蚤，獻(xiàn)羔祭韭。九月肅霜，十月滌場(chǎng)。朋酒斯饗，曰殺羔羊。躋彼公堂，稱彼兕觥，萬(wàn)壽無(wú)疆。這是《詩(shī)經(jīng)·國(guó)風(fēng)》最長(zhǎng)一首詩(shī)，是中國(guó)和世界上最早（西周）的數(shù)字化詩(shī)篇。原文VS.注釋：艱難的考證和消歧2.地名：中國(guó)（西域、山孔子出生地：窮桑=>孔子出生地：窮桑=>扶桑對(duì)日本的爭(zhēng)論：1.《山海經(jīng)·海內(nèi)北經(jīng)》：“倭國(guó)在帶方東大海內(nèi)”。2.史學(xué)家姚思廉在《梁書》中第一次比較詳細(xì)地記載了這個(gè)神秘的“扶桑國(guó)”的位置：“文身國(guó)在倭國(guó)東北七千余里”、“大漢國(guó)在文身國(guó)東五千里”、“扶桑國(guó)在大漢東二萬(wàn)里，地在中國(guó)之東，其土多扶桑木，故以為名?！读簳分姓f(shuō)，扶桑國(guó)多蒲桃，蒲桃即盛產(chǎn)于西域的葡萄。因此，扶桑國(guó)可能只是西域一帶的某個(gè)古國(guó)，而非墨西哥或日本。18世紀(jì)中葉以來(lái)，法國(guó)人金勒等西方學(xué)者提出扶桑國(guó)在今天北美洲墨西哥的觀點(diǎn)?！读簳贰胺錾鳌敝兴f(shuō)的扶桑國(guó)貴人：大小“對(duì)盧”。扶桑國(guó)有南北二監(jiān)，南監(jiān)押輕犯，北監(jiān)押重犯，重犯子女，男孩8《梁書》中說(shuō)，扶桑國(guó)多蒲桃，蒲桃即盛產(chǎn)于西域的葡萄。因此，扶桑國(guó)可能只是西域一帶的某個(gè)古國(guó)，而非墨西哥或日本。生物考古：水稻知識(shí)圖譜實(shí)例：28萬(wàn)篇中科院中文文章的科研資源要素初步解析編程語(yǔ)言28萬(wàn)篇中科院中文文章的科研資源要素初步解析編程語(yǔ)言數(shù)量python40javaVB48446244javascriptScala性狀整合與知識(shí)圖譜關(guān)聯(lián)的關(guān)聯(lián)的知識(shí)點(diǎn)屬性值屬性類型屬性值屬性類型當(dāng)前知識(shí)點(diǎn)當(dāng)前知識(shí)點(diǎn)知識(shí)圖譜與圈層結(jié)構(gòu)分析GIS技術(shù)整合中國(guó)歷代人物圖像庫(kù)中國(guó)歷代人物圖像庫(kù)中國(guó)歷代書法數(shù)據(jù)庫(kù)中國(guó)歷代書法數(shù)據(jù)庫(kù)中國(guó)重要病蟲害數(shù)據(jù)庫(kù)地球大數(shù)據(jù)對(duì)聯(lián)合國(guó)可持續(xù)發(fā)展目標(biāo)（SDGs）支撐的研究?jī)?nèi)容1）SDG文獻(xiàn)及現(xiàn)狀調(diào)研2）數(shù)據(jù)收集和整理匯總3）SDG智庫(kù)平臺(tái)；RegistryandSharingPlatformofChinaResearchDataRepository地圖地圖●學(xué)科領(lǐng)域倉(cāng)儲(chǔ)●機(jī)構(gòu)知識(shí)庫(kù)●國(guó)家倉(cāng)儲(chǔ)系統(tǒng)（科研+政務(wù)）●出版?zhèn)}儲(chǔ)（出版社+期刊）●館藏（圖書、博物、檔案、標(biāo)本）●項(xiàng)目倉(cāng)儲(chǔ)（科研設(shè)施）DatasourcesDatasourcesRepositoryTypesFacetGroupSubjectsSubjectsLanguageCountriesInstitutesStandardsKnowledgeGraphAllkindsofknowledge,connected!章節(jié)標(biāo)題課程內(nèi)容第一章、基礎(chǔ)整于整于3介紹科學(xué)數(shù)據(jù)與科研活動(dòng)的緊密聯(lián)系以及數(shù)據(jù)科學(xué)的特點(diǎn)，分析成為數(shù)據(jù)科學(xué)家的實(shí)際技能需求，通過(guò)科研信息化和開(kāi)放科學(xué)框架介紹科學(xué)數(shù)據(jù)的相關(guān)概念和實(shí)踐利用。介紹不同來(lái)源渠道的科學(xué)數(shù)據(jù)獲取和清洗方法，學(xué)習(xí)火車頭、DownThemAll!下載插件、文本處理工具的使用。介紹科學(xué)數(shù)據(jù)與科研活動(dòng)的緊