分子標(biāo)記與取樣策略

Molecularmarkersandsamplingstrategies分子標(biāo)記與取樣策略內(nèi)容分子標(biāo)記取樣策略同工酶RFLPRAPDAFLPSSR分子標(biāo)記與取樣策略分子標(biāo)記的種類與歷史蛋白質(zhì)：同工酶(等位酶)六十年代以來核苷酸序列和片段：tRNA（1965）1980年以來：RFLP1984年以來：SSR1990年以來：RAPD1993年以來：AFLP分子標(biāo)記與取樣策略取樣策略問題：應(yīng)該研究多少居群？每個(gè)居群應(yīng)該檢測(cè)多少個(gè)體？應(yīng)該用多少位點(diǎn)取樣策略分子標(biāo)記與取樣策略取樣居群數(shù)？？？（對(duì)研究matingsystem而言，不少于10？）取樣策略分子標(biāo)記與取樣策略要檢測(cè)到頻率不低于特定值的同一位點(diǎn)的所有等位基因需檢測(cè)的最少個(gè)體數(shù)可靠性基因頻率0.950.990.9990.50068110.400710140.3001115220.2002128390.1005166880.0905774990.08065841120.07077991310.060921191560.050117149194取樣策略分子標(biāo)記與取樣策略在HWP下，要檢測(cè)到頻率不低于特定值的同一位點(diǎn)的所有共顯性表達(dá)的等位基因需檢測(cè)的最少個(gè)體數(shù)可靠性基因頻率0.950.990.9990.5003460.4004570.30068110.2001114200.1002633440.0902937500.0803342560.0703950660.0604660780.050597597取樣策略分子標(biāo)記與取樣策略如果一個(gè)母本有多個(gè)多態(tài)位點(diǎn)，每個(gè)位點(diǎn)只有2個(gè)共顯性等位基因，要檢測(cè)到幾個(gè)位點(diǎn)的頻率不低于特定值的所有等位基因需檢測(cè)的最少配子體數(shù)可靠性位點(diǎn)數(shù)基因型數(shù)基因頻率0.950.990.999120.5000006811240.250000162129380.1250003851684160.062500901151505320.0312502032553276340.015625453557703取樣策略分子標(biāo)記與取樣策略取樣策略分子標(biāo)記與取樣策略Acaciamangium三種分子標(biāo)記的比較SSRs

RFLPsIsozymes位點(diǎn)數(shù)58830等位基因多樣性6.62.11.7多態(tài)位點(diǎn)(%)10072.463.3期望雜合度0.7040.2050.025取樣策略分子標(biāo)記與取樣策略同工酶與等位酶同工酶(isozyme)：電泳所可區(qū)分的同一種酶（系統(tǒng)）的不同變化等位酶(allozyme)：由一個(gè)位點(diǎn)的不同等位基因編碼的同種酶的不同類型，其功能相同但氨基酸序列不同同工酶與等位酶分子標(biāo)記與取樣策略材料的采集研磨和酶的提取酶的保存淀粉凝膠制備電泳凝膠切片酶的組織化學(xué)染色酶譜的記錄與分析數(shù)據(jù)分析同工酶與等位酶等位酶分析的過程分子標(biāo)記與取樣策略同工酶與等位酶酶譜照片——多倍體分子標(biāo)記與取樣策略同工酶與等位酶酶譜照片——二倍體分子標(biāo)記與取樣策略夏臘梅分子標(biāo)記與取樣策略例子：夏臘梅在居群水平、家系水平和果序水平的異交率同工酶與等位酶分子標(biāo)記與取樣策略推薦讀物與數(shù)據(jù)處理程序王中仁.1996.植物等位酶分析.北京：科學(xué)出版社等位酶應(yīng)用的論文BIOSYS-1同工酶與等位酶分子標(biāo)記與取樣策略RAPD分子標(biāo)記與取樣策略RAPD分子標(biāo)記與取樣策略RFLP分子標(biāo)記與取樣策略RFLP分子標(biāo)記與取樣策略熒光標(biāo)記全自動(dòng)AFLP原理與方法ForABI377DNASequencerandAFLPKitsAFLP分子標(biāo)記與取樣策略WhatisAFLP:AmplifiedFragmentLengthPolymorphism.AFLPtechnologycombinesthepowerofRestrictionFragmentLengthPolymorphism(RFLP)withtheflexibilityandpowerofPCR.AFLP分子標(biāo)記與取樣策略KeygeneN.V.Wageningen,theNetherlandsZabeau,M.,andP.Vos.1993.Selectiverestrictionfragmentamplification:ageneralmethodforDNAfingerpringting.EuropeanPatentApplication,Publ.No.:EP0534858,no.92402629.7.Vos,P.etal.1995.AFLP:anewtechniqueforDNAfingerprinting.NucleicAcidsResearch,23:4407-4414.AFLP分子標(biāo)記與取樣策略AFLP的實(shí)驗(yàn)過程AFLP分子標(biāo)記與取樣策略FeaturesofAFLPMarkersFreeofartifactsCo-migrationofnon-allelicfragmentsoccursatextremelylowlevelNopriorknowledgeofgenomeisneededPerfectreplicabilitySmallquantityofDNAHighefficiency,moremarkersperprimer,highpolymorphismSegregationasMendelianHighaccuracySampleallgenomeAFLP分子標(biāo)記與取樣策略ShortcomingsofAFLPDominant(4-15%co-dominant)ProbleminhomologyofmarkersAFLP分子標(biāo)記與取樣策略ApplicationsofAFLPMarkersSystematicsBiodiversityPopulationstructure,differentiation,Fst,geneflow,dispersal,outcrossing,introgression,hybridizationclonalidentificationmodesofreproductionFingerpringting:individualidentification,parentageanalysis(paternity)QTLmapping(50%ofpapers)AFLP分子標(biāo)記與取樣策略為什么用雙酶解?適合PCR擴(kuò)增的效率與變性膠的分辨率減少PCR擴(kuò)增的片段,從而減少使用選擇性堿基的數(shù)目使標(biāo)記單鏈成為可能增加PCR擴(kuò)增的靈活性增加使用引物的靈活性AFLP分子標(biāo)記與取樣策略為什么只標(biāo)記EcoRI?防止“doublets”Mse-Mse片段環(huán)化,不利小片段擴(kuò)增EcoR-I引物的退火溫度高,EcoR-Mse片段優(yōu)先擴(kuò)增AFLP分子標(biāo)記與取樣策略為什么要預(yù)擴(kuò)增?減少選擇性堿基的錯(cuò)配降低背景噪音AFLP分子標(biāo)記與取樣策略AFLP的重復(fù)性問題Jonesetal.（1997）同一實(shí)驗(yàn)在歐洲的8個(gè)實(shí)驗(yàn)室重復(fù)，172條帶只有1條在一次實(shí)驗(yàn)中沒有，重復(fù)率99.4%，與SSR的水平相當(dāng)。（Jones,C.J.etal.1997.ReproducibilitytestingofRAPD,AFLPandSSRmarkersinplantsbyanetworkofEuropeanlaboratories.Mol.Breed.3:381-390)AFLP分子標(biāo)記與取樣策略AFLP的實(shí)驗(yàn)方法（略）AFLP分子標(biāo)記與取樣策略VariableNumberofTandemRepeat(VNTR)minisatellite,15-70bpmicrosatellites,2-6bp分子標(biāo)記與取樣策略SSR位點(diǎn)標(biāo)記的優(yōu)點(diǎn)約50%呈多態(tài)性共顯性數(shù)目多且在基因組中均勻分布多數(shù)位點(diǎn)呈選擇中性，符合群體遺傳學(xué)了理論技術(shù)上適合用PCR分析半自動(dòng)化，結(jié)果可靠部分降解的DNA樣品也可用適合于等位酶變異小的居群水平的研究SSR分子標(biāo)記與取樣策略SSR位點(diǎn)標(biāo)記的缺點(diǎn)可用的位點(diǎn)數(shù)目少設(shè)計(jì)引物的費(fèi)用高，耗時(shí)長(zhǎng)物種專一性在說明群體分化和物種分化時(shí)可能產(chǎn)生錯(cuò)誤SSR分子標(biāo)記與取樣策略一些進(jìn)行過SSR研究的樹木金合歡、桉樹、水青岡、銀樺、白千層、松樹、云杉、圍涎樹、楊樹、櫟樹、龍腦香、桃花心木等SSR分子標(biāo)記與取樣策略SSR標(biāo)記的應(yīng)用領(lǐng)域遺傳圖譜的構(gòu)建連鎖分析特殊的基因（如感病基因）姻親分析樣品鑒定（如父本分析、血緣分析、等號(hào)樣品分析、雜種分析）物種和居群的遺傳多樣性群體遺傳學(xué)分析（如有效群體大小、群體遺傳結(jié)構(gòu)、群體分化、遷移與基因流動(dòng)）傳粉生物學(xué)與散布生物學(xué)（如花粉和種子的散布、交配系統(tǒng)）保護(hù)生物學(xué)SSR分子標(biāo)記與取樣策略適于親本分析的標(biāo)記的特點(diǎn)共顯性標(biāo)記，少數(shù)位點(diǎn)，每個(gè)位點(diǎn)有大量的等位基