細(xì)菌基因組DNA的提取_第1頁
細(xì)菌基因組DNA的提取_第2頁
細(xì)菌基因組DNA的提取_第3頁
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細(xì)菌基因組DNA的提取_第5頁
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文檔簡介

分離純化核酸總標(biāo)準(zhǔn):①應(yīng)確保核酸一級結(jié)構(gòu)完整性;②排除其它分子污染。核酸純化應(yīng)到達(dá)要求:①核酸樣品中不應(yīng)存在有機(jī)溶劑和過高濃度金屬離子;②其它生物大分子污染應(yīng)降低到最低程度;③排除其它核酸分子污染。2、核酸制備普通標(biāo)準(zhǔn)細(xì)菌基因組DNA的提取第1頁核酸制備時應(yīng)注意事項:①盡可能簡化操作步驟,縮短提取時間。②降低化學(xué)原因?qū)怂峤到狻"劢档臀锢碓驅(qū)怂峤到猓簷C(jī)械剪切力和高溫④預(yù)防核酸生物降解。

細(xì)菌基因組DNA的提取第2頁核酸制備步驟:破碎細(xì)胞提取純化細(xì)菌基因組DNA的提取第3頁核酸酶抑制和抑制劑

降低溫度,改變pH及鹽濃度,都利于對核酸酶活性抑制,但均不如利用核酸酶抑制劑更有利,當(dāng)然,幾個條件并用更加好。對于DNA,抑制DNase活力很輕易,但預(yù)防機(jī)械張力拉斷則更主要。對于RNA,因分子較小,不易被機(jī)械張力拉斷,但抑制RNase活力較難,故在RNA提取中設(shè)法抑制RNase更主要。3、核酸制備普通方法和原理細(xì)菌基因組DNA的提取第4頁DNase抑制

①加入少許金屬離子螯合劑,如0.01mol/LEDTA或檸檬酸鈉,DNase基本能夠全部失活。②去垢劑、蛋白變性劑及DNase抑制劑也可使DNase失活。細(xì)菌基因組DNA的提取第5頁RNase抑制①操作要帶手套。②全部器皿要嚴(yán)格消毒,③試劑處理④低溫操作⑤在分離過程中要加入一定RNase抑制劑。

細(xì)菌基因組DNA的提取第6頁核酸制備中慣用去垢劑

核酸本身帶負(fù)電荷,結(jié)合帶正電荷蛋白質(zhì)。用于核酸提取去垢劑,普通都是陰離子去垢劑,去垢劑作用:

1.溶解膜蛋白及脂肪,使細(xì)胞膜破裂;

2.溶解核小體上蛋白質(zhì),使其解聚,將核酸釋放出來;

3.對RNase、DNase有一定抑制作用。如:SDS、脫氧膽酸鈉、4-氨基水楊酸鈉、萘-1.5-二磺酸鈉、三異丙基萘磺酸鈉細(xì)菌基因組DNA的提取第7頁核酸制備中慣用蛋白質(zhì)變性劑

1.使蛋白質(zhì)變性、沉淀,從核酸提取液中分離除去,以防造成蛋白污染。

2.使蛋白質(zhì)變性,故可使核糖體解聚釋放出核酸。

3.一些蛋白質(zhì)變性劑也有抑制RNase活性和破裂細(xì)胞作用。

如:苯酚、氯仿、鹽酸胍、DEPC細(xì)菌基因組DNA的提取第8頁核酸制備中慣用酶

DNaseRNase

蛋白酶K

溶菌酶

細(xì)菌基因組DNA的提取第9頁

細(xì)胞破碎

抽提去蛋白質(zhì)沉淀核酸核酸提取普通過程細(xì)菌基因組DNA的提取第10頁細(xì)胞破碎機(jī)械方法:超聲波處理法、研磨法、勻漿法;化學(xué)試劑法:用SDS處理細(xì)胞;酶解法:加入溶菌酶或蝸牛酶,破壞細(xì)胞壁。DNA提取

SDS(十二烷基硫酸鈉)法:SDS是有效陰離子去垢劑,細(xì)胞中DNA與蛋白質(zhì)之間常借靜電引力或配位鍵結(jié)合,SDS能夠破壞這種價鍵。

CTAB(十六烷基三甲基溴化銨)法:CTAB是一個陽離子去垢劑,它能夠溶解膜與脂膜,使細(xì)胞中DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物釋放出來,并使蛋白質(zhì)變性,使DNA與蛋白質(zhì)分離。DNA純化(去雜質(zhì))蛋白質(zhì):慣用苯酚:氯仿:異戊醇(25:24:1)或氯仿:異戊醇(24:1)抽提。

RNA:常選取RNase消化,或是用LiCl來消除大分子RNA。酚類物質(zhì):提取液中加少許巰基乙醇,選取幼嫩材料。多糖:提取液中加1%PVP。

核酸提取普通過程細(xì)菌基因組DNA的提取第11頁核酸樣品保留溫度:

4℃(5℃)最正確和最簡單

-70℃是長久保留良好溫度,為一次性保留

-20℃保留保留介質(zhì):

TE緩沖溶液(最慣用)10mmol/LTris-ClpH8.01mmol/LEDTApH8.0細(xì)菌基因組DNA的提取第12頁二、材料、設(shè)備及試劑

菌種:大腸桿菌設(shè)備:eppendorf管、微量取液器(20μl,200μl,1000μl),臺式高速離心機(jī),渦旋振蕩器,水浴鍋(37℃

、60℃

)試劑:LB液體培養(yǎng)基、RNA酶A、無水乙醇無菌水(或TE)緩沖液、10%SDS、20mg/ml蛋白酶K,、5mol/LNaCl、酚:氯仿:異戊醇(25:24:1)、異丙醇、75%乙醇、CTAB/NaCl溶液(CTAB:5gCTAB溶于100ml0.5molNaCl中,加熱到65度溶解。)細(xì)菌基因組DNA的提取第13頁1、培養(yǎng)5ml細(xì)菌培養(yǎng)物至飽和狀態(tài),取1.2ml培養(yǎng)物離心1rpm,1min。2、沉淀物加入570ul無菌水(或TE)緩沖液,用吸管重復(fù)吹打使之重懸。加入30ul10%SDS和10ul20mg/ml蛋白酶K,混勻,于37℃溫育1h,(加入3ul溶菌酶50mg/ml效果更加好)。3、加入100ul5mol/LNaCl,充分混勻,再加入80ulCTAB/NaCl溶液,混勻,于60℃溫育10min。(上下顛倒混勻),離心,1rpm,5min。4、取上清,加入等體積(約800ul)酚:氯仿:異戊醇(25:24:1),混勻,離心1rpm,5min,將上清液轉(zhuǎn)至新管中。(抽提兩次)5、加入0.6體積異丙醇,輕輕混合直到DNA沉淀下來,靜止10分鐘,離心,1rpm,10min。6、沉淀用1ml75%乙醇中洗滌,離心5min,棄上清液,重懸于30ul無菌水(或TE)緩沖液。三、操作步驟細(xì)菌基因組DNA的提取第14頁四、注意事項——材料準(zhǔn)備最好使用新鮮材料,低溫保留樣品材料不要重復(fù)凍融細(xì)菌基因組DNA的提取第15頁四、注意事項——細(xì)胞裂解材料應(yīng)適量,過多會影響裂解,造成DNA量少,純度低針對不一樣材料,選擇適當(dāng)裂解預(yù)處理方式:植物材料--液氮研磨動物組織--勻漿或液氮研磨組培細(xì)胞--蛋白酶K細(xì)菌--溶菌酶破壁酵母--破壁酶或玻璃珠高溫溫浴時,定時輕

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