1、關(guān)于實(shí)驗(yàn)四蛋白質(zhì)序列結(jié)構(gòu)的獲取和顯示第一張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目四：蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)的獲取和顯示一、 實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮鸵螅?掌握蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)Uniprot的查詢方法及格式特點(diǎn)掌握蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB的及格式特點(diǎn) 掌握蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)顯示軟件Pymol的使用第二張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月2UniProt：Universal Protein Resource 收錄蛋白質(zhì)序列目錄最廣泛、功能注釋最全面的數(shù)據(jù)庫(kù)；包含三個(gè)子庫(kù)：UniProtKB（UniProt Knowledgebase）UniRef（UniProt Reference Clusters）UniP

2、arc（Uniprot Archive）一 UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)1. 簡(jiǎn)介第三張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月32. 數(shù)據(jù)來(lái)源European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)SIB Swiss Institute of BioinformaticsProtein Information Resource (PIR)Swiss-Prot and TrEMBLProtein Sequence Database (PIR-PSD)第四張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月4UniProt的網(wǎng)址： / 第五張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月

3、53.數(shù)據(jù)查詢 Uniprot檢索號(hào)，包括6個(gè)字符串，可由大寫(xiě)字母AZ和數(shù)字09組合而成。 也可以用關(guān)鍵詞檢索 第六張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月檢索演示例1：查詢草履蟲(chóng)細(xì)胞周期蛋白依賴的蛋白激酶（CDK2）的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)(1)登陸Uniprot網(wǎng)站 /(2)在搜索欄選中“Protein knowledgebase(UniProtKB)” ，在文本框中輸入“Paramecium tetraurelia CDK2”，單擊Site Search按鈕，出現(xiàn)結(jié)果。第七張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月第八張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月8第九張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于202

4、2年6月9第十張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月10第十一張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月11第十二張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月12與其他數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接第十三張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月13第十四張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月144. UniProt數(shù)據(jù)格式ID Q9XYV1_PARTE Unreviewed; 301 AA.AC Q9XYV1;DT 01-NOV-1999, integrated into UniProtKB/TrEMBL.DT 01-NOV-1999, sequence version 1.DT 21-MAR-2012

5、, entry version 71.DE SubName: Full=Cyclin-dependent protein kinase Cdk2;GN Name=CDK2;OS Paramecium tetraurelia.OC Eukaryota; Alveolata; Ciliophora; Intramacronucleata;OC Oligohymenophorea; Peniculida; Parameciidae; Paramecium.OX NCBI_TaxID=5888;頭部區(qū)序列名稱序列編號(hào)序列來(lái)源的物種名序列來(lái)源的物種學(xué)名和分類學(xué)位物種分類號(hào)序列簡(jiǎn)單說(shuō)明第十五張，PPT共五

6、十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月15引文區(qū)RN 1RP NUCLEOTIDE SEQUENCE.RC STRAIN=51S;RX MEDLINE=99448661; PubMed=10519216;RX DOI=10.1111/j.1550-7408.1999.tb06065.x;RA Zhang H., Berger J.D.;RT A novel member of the cyclin-dependent kinase family in ParameciumRT tetraurelia.;RL J. Eukaryot. Microbiol. 46:482-491(1999).評(píng)論區(qū)CC -

7、CC Copyrighted by the UniProt Consortium, see /termsCC Distributed under the Creative Commons Attribution-NoDerivs LicenseCC -相關(guān)文獻(xiàn)編號(hào)或遞交序列的注冊(cè)信息序列注釋信息第十六張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月16交叉引用數(shù)據(jù)庫(kù)區(qū)DR EMBL; AF126147; AAD34354.1; -; Genomic_DNA.DR HSSP; P24941; 1OIQ.DR ProteinModelPortal; Q9XYV1; -.DR GO; GO:0005524

8、; F:ATP binding; IEA:UniProtKB-KW.DR GO; GO:0004674; F:protein serine/threonine kinase activity; IEA:InterPro.DR InterPro; IPR011009; Kinase-like_dom.DR InterPro; IPR000719; Prot_kinase_cat_dom.DR InterPro; IPR017441; Protein_kinase_ATP_BS.DR InterPro; IPR002290; Ser/Thr_dual-sp_kinase_dom.DR InterP

9、ro; IPR008271; Ser/Thr_kinase_AS.DR Pfam; PF00069; Pkinase; 1.DR SMART; SM00220; S_TKc; 1.DR SUPFAM; SSF56112; Kinase_like; 1.DR PROSITE; PS00107; PROTEIN_KINASE_ATP; 1.DR PROSITE; PS50011; PROTEIN_KINASE_DOM; 1.DR PROSITE; PS00108; PROTEIN_KINASE_ST; 1.第十七張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月17序列區(qū)KW ATP-binding; C

10、yclin; Kinase; Nucleotide-binding; Transferase.SQ SEQUENCE 301 AA; 34675 MW; E839F1A5EA0D5CB5 CRC64; MDLAQSEERY QKLEKIGEGT YGLVYKARDN QTGDIVALKK IRMDHEDEGV PSTAIREISL LKEVQHPNIV PLKDVVYDES RLYLIFDFVD LDLKKYMESV PQLDRMQVKK FINQMIQALN YCHQNRVIHR DLKPQNILVD IKQQNTQIAD FGLARAFGLP LKTYTHEVIT LWYRAPEILL G

11、QRQYSTPVD IWSLGCIFAE MAQKRPLFCG DSEIDQLFKI FKIMGTPKES TWPGVSTLPD FKSTFPRWPT PTNPAATLGK DITNLCPLGL DLLSKMITYD PYARITAEEA LKHAYFDELN N/與序列相關(guān)的關(guān)鍵詞氨基酸統(tǒng)計(jì)數(shù)第十八張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月18DNA代碼氨基酸代碼第十九張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月19FASTA文件格式tr|Q9XYV1|Q9XYV1_PARTE Cyclin-dependent protein kinase Cdk2 OS=Paramecium tetraur

12、elia GN=CDK2 PE=4 SV=1ID 號(hào)名稱，基本性質(zhì)簡(jiǎn)要說(shuō)明第二十張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月20在Uniprot中查詢擬南芥的光敏色素phyE編碼蛋白的詳細(xì)信息，閱讀序列格式的解釋，列出共包含哪幾個(gè)部分？標(biāo)出頭部區(qū)主要字段的含義。在Uniprot中查詢（1）擬南芥油菜素內(nèi)酯受體gibberellin receptor GID1C 、 （2）水稻獨(dú)角金內(nèi)酯水解酶strigolactone hydrolase D14的蛋白質(zhì)序列，這兩個(gè)蛋白包含多少個(gè)氨基酸？寫(xiě)出它們所對(duì)應(yīng)的mRNA檢索號(hào)（類似于這樣的格式N*_*）、GeneID號(hào)。作 業(yè)第二十一張，PPT共五十七頁(yè)，

13、創(chuàng)作于2022年6月21二 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB Protein DataBank，美國(guó)Brookhaven國(guó)家實(shí)驗(yàn)室管理生物大分子三維空間結(jié)構(gòu)原子坐標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù) /pdb/ NCBI STRUCTURE： MMDB (Molecular Modelling DataBase)，包含了從PDB獲取的實(shí)驗(yàn)確定的生物高聚物結(jié)構(gòu)分子模型數(shù)據(jù)庫(kù) 。第二十二張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月PDB數(shù)據(jù)庫(kù)( protein data bank )1. 簡(jiǎn)介 美國(guó)Brookhaven實(shí)驗(yàn)室1971年建立的大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)資料數(shù)據(jù)庫(kù) (Protein Data Bank)。 PDB

14、數(shù)據(jù)庫(kù)的維護(hù)由結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)研究合作組織（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）負(fù)責(zé)。第二十三張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月2.數(shù)據(jù)來(lái)源 通過(guò)實(shí)驗(yàn)（X射線晶體衍射，核磁共振，電子顯微鏡方法等）測(cè)定的生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。 主要是蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，還包括核酸、糖類、蛋白質(zhì)與核酸復(fù)合物的三維結(jié)構(gòu)。 第二十四張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月3.數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì) 截止2013年11月，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)已含有95644 個(gè)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，其中約92.5%是蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)。 第二十五張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月

15、第二十六張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月4.數(shù)據(jù)查詢 PDB中的記錄有唯一的PDB-ID，包括4個(gè)字符串，可由大寫(xiě)字母AZ和數(shù)字09組合而成。 PDB和它的鏡像站點(diǎn)提供每個(gè)PDB記錄的查詢，可按一些專門(mén)的查詢項(xiàng)目（如提交數(shù)據(jù)、作者姓名、結(jié)構(gòu)表達(dá)）進(jìn)行檢索。 第二十七張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月檢索演示例1：查詢?nèi)祟悳I液載脂蛋白的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)(1)登陸PDB網(wǎng)站 /pdb/(2)在上方的搜索欄選中“Everything” ，在文本框中輸入“HUMAN TEAR LIPOCALIN”，單擊Site Search按鈕，出現(xiàn)結(jié)果。第二十八張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月第

16、一步： 輸入關(guān)鍵字“HUMAN TEAR LIPOCALIN” 也可輸入ID號(hào) 第二十九張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月第二步： 選擇人類淚液載脂蛋白1XKI 第三十張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月數(shù)據(jù)查看：(3)分別單擊標(biāo)簽3D view，Sequence，Annotations，Seq.Similarity, 3D Similarity, Literature, Biol.& Chem., Methods, Geometry觀察數(shù)據(jù)信息。(4)回到Summary標(biāo)簽，在右側(cè)的Biological Assembly區(qū)域可以觀察蛋白的三維結(jié)構(gòu)。(5)單擊右側(cè)目錄中的Down

17、load Files下載不同格式和內(nèi)容的文件；或下載FASTA序列文件；也可下載PDB文件(1XKI.pdb)。第三十一張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月第三步：觀察數(shù)據(jù)信息 1XKI第三十二張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月第三十三張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月第四步： 1XKI結(jié)構(gòu)展示圖 第三十四張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月第三十五張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月下載PDB結(jié)構(gòu)文件第三十六張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月5.數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)PDB中對(duì)于每一個(gè)結(jié)構(gòu)記錄，包含名稱、參考文獻(xiàn)、序列、一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)和原子坐標(biāo)等信息。 每條記

18、錄有兩種序列信息，一種是顯式序列信息(explicit sequence)，一種是隱式序列信息(implicit sequence)。第三十七張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月 在PDB文件中，以關(guān)鍵字SEQRES作為顯式序列標(biāo)記，以該關(guān)鍵字打頭的每一行都是關(guān)于序列的信息；PDB的隱式序列即為立體化學(xué)數(shù)據(jù)，包括每個(gè)原子的名稱和原子的三維坐標(biāo)。 第三十八張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月PDB文本文件， 用寫(xiě)字板打開(kāi)標(biāo)題部分分子類別轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白 該文件的公布日期 該化合物的pdb代碼 該化合物的來(lái)源 結(jié)構(gòu)測(cè)定者名字 REMARK是此pdb文件的參考書(shū)目、最大分辨率、注解等 第三十九張

19、，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月第四十張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月一級(jí)結(jié)構(gòu)雜因子第四十一張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月二級(jí)結(jié)構(gòu)連接注釋晶胞特征及坐標(biāo)變換第四十二張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月連通性部分坐標(biāo)部分1-6 “ATOM 或 HETATM”7-11 原子序列號(hào)13-16 原子名稱18-20 殘基名22 鏈標(biāo)識(shí)符23-26 殘基序列號(hào)31-38 X坐標(biāo)39-46 Y坐標(biāo)47-54 Z坐標(biāo)55-60 位置61-66 溫度因子79-80 原子帶的電荷77-78 元素符號(hào) 第四十三張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月三 結(jié)構(gòu)顯示軟件-PyMOL

20、簡(jiǎn)介/All指所有的對(duì)象，3ODU指剛才打開(kāi)的文件，(sele)是選擇的對(duì)象按鈕A:代表對(duì)這個(gè)對(duì)象的各種action，S：顯示這個(gè)對(duì)象的某種樣式，H：隱藏某種樣式，L：顯示某種label，C：顯示的顏色第四十四張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月點(diǎn)擊all中的H，選擇everything，隱藏所有點(diǎn)擊3ODU中的S，選擇cartoon，以cartoon形式顯示蛋白質(zhì)點(diǎn)擊3ODU 中的C ， 選擇by ss ， 以二級(jí)結(jié)構(gòu)分配顏色， 選擇點(diǎn)擊右下角的S，窗口上面出現(xiàn)蛋白質(zhì)氨基酸序列，找到1164位ITD，是配體第四十五張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月點(diǎn)擊選擇ITD ，此時(shí)sele中就包含ITD這個(gè)殘基，點(diǎn)擊（sele）行的A，選擇rename selection，窗口中出現(xiàn)更改sele為IDT，點(diǎn)擊（IDT）行的S選擇sticks，點(diǎn)擊C，選擇by element，選擇，調(diào)整窗口使此分子清楚顯示。第四十六張，PPT共五十七頁(yè)，創(chuàng)作于2022年6月IDT行點(diǎn)擊A 選擇find，選擇polar contacts，再根據(jù)需要選擇，這里選擇to other atoms in object ,分子顯示窗口中出現(xiàn)幾個(gè)黃色的虛線，這就是氫鍵