小鼠視網(wǎng)膜轉(zhuǎn)錄組異構(gòu)體全解析：?jiǎn)渭?xì)胞三代全長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)放異彩研究背景視網(wǎng)膜作為視覺(jué)信息處理的關(guān)鍵部位，其復(fù)雜性遠(yuǎn)超我們的想象。小鼠視網(wǎng)膜是一個(gè)高度復(fù)雜的神經(jīng)組織，包含超過(guò)130種獨(dú)特的神經(jīng)細(xì)胞類(lèi)型，這些細(xì)胞被分為7個(gè)主要類(lèi)別，而每個(gè)主要類(lèi)別又可進(jìn)一步細(xì)分為多個(gè)亞類(lèi)和細(xì)胞類(lèi)型。它們?cè)谛螒B(tài)、功能、位置和轉(zhuǎn)錄組特征上存在顯著差異，共同構(gòu)成了視網(wǎng)膜的復(fù)雜結(jié)構(gòu)和功能基礎(chǔ)。在視網(wǎng)膜的復(fù)雜性背后，選擇性剪接這一機(jī)制起著至關(guān)重要的作用。選擇性剪接是生物體內(nèi)一種重要的基因調(diào)控方式，通過(guò)不同的剪接方式，一個(gè)基因可以產(chǎn)生多種不同的mRNA異構(gòu)體，從而顯著增加轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的多樣性。這種機(jī)制在細(xì)胞分化、組織發(fā)育以及生物體的適應(yīng)性等方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用。在視網(wǎng)膜中，選擇性剪接不僅參與了神經(jīng)細(xì)胞的發(fā)育和功能調(diào)控，還與多種視網(wǎng)膜疾病的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。例如，在視網(wǎng)膜退行性疾病中，選擇性剪接的異?？赡軐?dǎo)致特定細(xì)胞類(lèi)型的損傷或功能障礙，進(jìn)而影響視覺(jué)功能。然而，盡管選擇性剪接在視網(wǎng)膜生物學(xué)中具有重要意義，但目前對(duì)于視網(wǎng)膜細(xì)胞類(lèi)型特異性的剪接事件以及單細(xì)胞水平上轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體的表達(dá)模式的理解仍然十分有限。以往的研究主要依賴(lài)于短讀測(cè)序技術(shù)，雖然能夠提供一定的轉(zhuǎn)錄組信息，但在鑒定轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體方面存在局限性，尤其是對(duì)于長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的完整結(jié)構(gòu)和復(fù)雜剪接事件的解析能力不足。這使得我們對(duì)視網(wǎng)膜轉(zhuǎn)錄組的復(fù)雜性和細(xì)胞類(lèi)型特異性剪接事件的認(rèn)識(shí)還不夠全面。隨著單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展，長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)逐漸嶄露頭角，為解決這一問(wèn)題帶來(lái)了新的希望。長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)能夠提供更長(zhǎng)的讀長(zhǎng)，從而更準(zhǔn)確地解析轉(zhuǎn)錄本的完整結(jié)構(gòu)和復(fù)雜的剪接事件，有助于我們?nèi)媪私庖暰W(wǎng)膜細(xì)胞類(lèi)型特異性的轉(zhuǎn)錄組特征和剪接調(diào)控機(jī)制。因此，本研究利用單細(xì)胞三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，對(duì)小鼠視網(wǎng)膜的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了全面分析，旨在揭示視網(wǎng)膜細(xì)胞類(lèi)型特異性的剪接事件和轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體的表達(dá)模式，為深入理解視網(wǎng)膜的基因調(diào)控機(jī)制和相關(guān)疾病的發(fā)生發(fā)展提供新的視角和理論依據(jù)。研究結(jié)果1.單細(xì)胞短讀與長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)的綜合應(yīng)用在本研究中，科研團(tuán)隊(duì)采用了單細(xì)胞短讀和長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的方法，對(duì)小鼠視網(wǎng)膜的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了全面分析。這種技術(shù)整合不僅充分發(fā)揮了兩種測(cè)序技術(shù)的優(yōu)勢(shì)，還為深入解析視網(wǎng)膜細(xì)胞類(lèi)型特異性的轉(zhuǎn)錄組特征提供了強(qiáng)大的支持。實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與樣本處理研究團(tuán)隊(duì)從四只小鼠視網(wǎng)膜中分離出細(xì)胞，包括兩個(gè)野生型視網(wǎng)膜的生物學(xué)重復(fù)樣本，以及兩個(gè)富集了無(wú)長(zhǎng)突細(xì)胞（AC）和雙極細(xì)胞（BC）的樣本。這種設(shè)計(jì)確保了對(duì)稀有細(xì)胞類(lèi)型的全面覆蓋，從而能夠更準(zhǔn)確地反映視網(wǎng)膜的細(xì)胞異質(zhì)性。通過(guò)10xGenomicsChromium平臺(tái)，團(tuán)隊(duì)利用短讀測(cè)序技術(shù)生成了15.4億條Illumina短讀序列，同時(shí)利用OxfordNanopore平臺(tái)生成了14億條長(zhǎng)讀序列。長(zhǎng)讀測(cè)序的中位讀長(zhǎng)約為1000個(gè)堿基對(duì)，平均質(zhì)量得分約為12.5，對(duì)應(yīng)約5.6%的錯(cuò)誤率（見(jiàn)圖1A）。短讀測(cè)序結(jié)果短讀測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)CellRanger處理后，團(tuán)隊(duì)對(duì)29,191個(gè)通過(guò)質(zhì)量過(guò)濾的細(xì)胞進(jìn)行了聚類(lèi)和注釋?zhuān)纬闪肆鶄€(gè)主要的細(xì)胞群體，包括桿狀細(xì)胞（rodcells）、雙極細(xì)胞、無(wú)長(zhǎng)突細(xì)胞、錐狀細(xì)胞（conecells）、Müller膠質(zhì)細(xì)胞（MG）和視網(wǎng)膜神經(jīng)節(jié)細(xì)胞（RGC）。野生型視網(wǎng)膜的兩個(gè)生物學(xué)重復(fù)樣本顯示出相似的細(xì)胞類(lèi)型比例，其中桿狀細(xì)胞最為豐富。而富集了AC和BC的樣本中，相應(yīng)細(xì)胞類(lèi)別的比例顯著增加（見(jiàn)圖1B和1C）。長(zhǎng)讀測(cè)序結(jié)果長(zhǎng)讀數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)質(zhì)量過(guò)濾后，基于短讀測(cè)序識(shí)別的細(xì)胞條碼（cellbarcodes）進(jìn)行解復(fù)用（demultiplexing），共得到約5.18億條長(zhǎng)讀。使用長(zhǎng)讀數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞聚類(lèi)和注釋后，六個(gè)主要細(xì)胞類(lèi)別被成功識(shí)別，且細(xì)胞比例與短讀方法相似。在細(xì)胞類(lèi)別注釋方面，短讀和長(zhǎng)讀數(shù)據(jù)之間的一致性非常高，超過(guò)98.0%的細(xì)胞類(lèi)別分配結(jié)果一致，雙極細(xì)胞（BCs）的一致性甚至達(dá)到99.8%（見(jiàn)圖1D）。技術(shù)比較與優(yōu)勢(shì)盡管短讀測(cè)序在基因表達(dá)和細(xì)胞類(lèi)型注釋方面表現(xiàn)出色，但長(zhǎng)讀測(cè)序在精確鑒定轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體方面表現(xiàn)更優(yōu)。長(zhǎng)讀測(cè)序能夠跨越整個(gè)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行測(cè)序，從而更有效地識(shí)別選擇性剪接事件和轉(zhuǎn)錄本的異質(zhì)性。例如，長(zhǎng)讀測(cè)序不僅能夠識(shí)別已知的轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體，還能發(fā)現(xiàn)大量新的異構(gòu)體，這些異構(gòu)體在短讀測(cè)序中可能因讀長(zhǎng)限制而被遺漏。基因表達(dá)相關(guān)性研究團(tuán)隊(duì)還比較了兩種測(cè)序技術(shù)在所有細(xì)胞類(lèi)別中的基因表達(dá)相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)兩者之間存在強(qiáng)正相關(guān)（Pearson'sr值為0.87，p值<2.2e-16）。這一結(jié)果表明，在相似深度的測(cè)序下，短讀和長(zhǎng)讀數(shù)據(jù)集在細(xì)胞識(shí)別、聚類(lèi)和注釋方面具有可比的靈敏度和高一致性（見(jiàn)圖1E）。ABCDE圖12.小鼠視網(wǎng)膜中的異構(gòu)體目錄及不同細(xì)胞類(lèi)別的獨(dú)特剪接特征在小鼠視網(wǎng)膜的轉(zhuǎn)錄組研究中，科研團(tuán)隊(duì)通過(guò)單細(xì)胞長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)，成功構(gòu)建了一個(gè)全面的轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體（isoform）庫(kù)，并揭示了不同細(xì)胞類(lèi)別之間獨(dú)特的剪接特征。這一成果不僅顯著擴(kuò)展了已知的轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體庫(kù)，還為理解視網(wǎng)膜細(xì)胞類(lèi)型特異性的基因調(diào)控機(jī)制提供了新的視角。異構(gòu)體鑒定與分類(lèi)研究團(tuán)隊(duì)利用長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)，共鑒定出44,325個(gè)轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體，其中86.2%屬于蛋白編碼基因。通過(guò)對(duì)這些異構(gòu)體進(jìn)行分類(lèi)，發(fā)現(xiàn)60%與已知異構(gòu)體匹配，而40%是新發(fā)現(xiàn)的異構(gòu)體。具體分類(lèi)如下：FullSpliceMatch(FSM)：19,821個(gè)異構(gòu)體與參考轉(zhuǎn)錄本在所有剪接位點(diǎn)上完全匹配。IncompleteSpliceMatch(ISM)：7,517個(gè)異構(gòu)體部分匹配參考轉(zhuǎn)錄本的連續(xù)剪接位點(diǎn)。NovelinCatalog(NIC)：15,894個(gè)異構(gòu)體包含已知剪接位點(diǎn)的新組合。NovelnotinCatalog(NNC)：38個(gè)異構(gòu)體包含新的供體和受體位點(diǎn)。Fusion：1,055個(gè)異構(gòu)體是由兩個(gè)或多個(gè)基因的片段連接而成的融合轉(zhuǎn)錄本（見(jiàn)圖2A）。這些新發(fā)現(xiàn)的異構(gòu)體通常表達(dá)水平較低，這可能是它們之前未被發(fā)現(xiàn)的原因之一（見(jiàn)圖2B）。細(xì)胞類(lèi)別特異性的異構(gòu)體研究發(fā)現(xiàn)，不同細(xì)胞類(lèi)別中異構(gòu)體的數(shù)量和類(lèi)型存在顯著差異。例如，桿狀細(xì)胞（rodcells）中發(fā)現(xiàn)了超過(guò)13,000個(gè)新異構(gòu)體，雙極細(xì)胞（BC）和無(wú)長(zhǎng)突細(xì)胞（AC）中也發(fā)現(xiàn)了大量新異構(gòu)體。盡管不同細(xì)胞類(lèi)別中異構(gòu)體的總數(shù)存在差異，但已知異構(gòu)體的比例在所有細(xì)胞類(lèi)別中大致相同，約為65%（見(jiàn)圖2C）。此外，約16.7%的異構(gòu)體僅在一個(gè)細(xì)胞類(lèi)別中表達(dá)，顯示出明顯的細(xì)胞類(lèi)型特異性（見(jiàn)圖2D）。剪接特征的比較研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步比較了已知和新異構(gòu)體的剪接特征。結(jié)果顯示，已知和新異構(gòu)體在外顯子數(shù)量和開(kāi)放閱讀框（ORF）長(zhǎng)度的分布上表現(xiàn)出相似的模式，但在基因內(nèi)的使用水平上存在顯著差異。大多數(shù)已知異構(gòu)體占總基因表達(dá)的90%以上，而新異構(gòu)體的表達(dá)水平較低（見(jiàn)圖2E）。此外，細(xì)胞類(lèi)別特異性的異構(gòu)體也表現(xiàn)出類(lèi)似的表達(dá)模式（見(jiàn)圖2F）。ABCDEF圖23.不同細(xì)胞類(lèi)別/亞類(lèi)/類(lèi)型中的異構(gòu)體使用差異在小鼠視網(wǎng)膜的轉(zhuǎn)錄組研究中，科研團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步深入探討了基因在不同細(xì)胞類(lèi)別、亞類(lèi)中的異構(gòu)體使用模式。他們發(fā)現(xiàn)，盡管許多基因在多種細(xì)胞類(lèi)型中都有表達(dá)，但這些基因的異構(gòu)體使用模式在不同細(xì)胞類(lèi)型之間存在顯著差異。這一發(fā)現(xiàn)揭示了視網(wǎng)膜細(xì)胞類(lèi)型特異性的轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性，為理解基因調(diào)控機(jī)制提供了新的視角。異構(gòu)體使用模式的多樣性研究團(tuán)隊(duì)分析了小鼠視網(wǎng)膜中基因的異構(gòu)體使用模式，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)基因在不同細(xì)胞類(lèi)別中表達(dá)多種異構(gòu)體，但這些異構(gòu)體的使用比例在不同細(xì)胞類(lèi)別之間存在顯著差異。例如，Pcbp4基因在所有細(xì)胞類(lèi)別中都有表達(dá)，但其異構(gòu)體的使用比例在不同細(xì)胞類(lèi)別之間存在顯著差異。具體來(lái)說(shuō)，一個(gè)在無(wú)長(zhǎng)突細(xì)胞（ACs）中高表達(dá)的異構(gòu)體在桿狀細(xì)胞（rods）中表達(dá)水平較低（p-value=1.06E-88），而另一個(gè)在桿狀細(xì)胞中高表達(dá)的異構(gòu)體在雙極細(xì)胞（BCs）中表達(dá)水平較低（p-value=3.86E-98）（見(jiàn)圖3A和3B）。細(xì)胞亞類(lèi)和類(lèi)型中的異構(gòu)體使用差異研究團(tuán)隊(duì)還進(jìn)一步分析了無(wú)長(zhǎng)突細(xì)胞和雙極細(xì)胞的亞類(lèi)之間的異構(gòu)體使用模式。例如，Snap25基因的一個(gè)異構(gòu)體主要在GABA能和甘氨酸能亞類(lèi)中表達(dá)，而另一個(gè)異構(gòu)體在非GABA能非甘氨酸能（nGnG）無(wú)長(zhǎng)突細(xì)胞中占總表達(dá)的50%以上（見(jiàn)圖3C）。此外，他們還分析了每個(gè)雙極細(xì)胞類(lèi)型的異構(gòu)體使用模式，并發(fā)現(xiàn)某些異構(gòu)體主要在特定的雙極細(xì)胞類(lèi)型中表達(dá)（見(jiàn)圖3D和3E）。疾病相關(guān)基因的異構(gòu)體分析研究團(tuán)隊(duì)特別關(guān)注了與視網(wǎng)膜疾病相關(guān)的基因，例如Impdh1基因。他們發(fā)現(xiàn)Impdh1的多個(gè)新異構(gòu)體，包括一個(gè)包含17bp外顯子的異構(gòu)體，該外顯子在參考序列（RefSeq）中未被報(bào)道。這個(gè)外顯子的包含導(dǎo)致了閱讀框移位和ORF延長(zhǎng)（37個(gè)氨基酸），并引入了一個(gè)替代的終止密碼子。這個(gè)異構(gòu)體在雙極細(xì)胞、錐狀細(xì)胞、Müller膠質(zhì)細(xì)胞和桿狀細(xì)胞中顯著表達(dá)（見(jiàn)圖3F）。此外，這個(gè)17bp外顯子在人類(lèi)中高度保守，并且在研究團(tuán)隊(duì)的視網(wǎng)膜色素變性患者隊(duì)列中，發(fā)現(xiàn)了一些位于該外顯子上下游10個(gè)堿基內(nèi)的單核苷酸變異，這些變異在一般人群中并未被發(fā)現(xiàn)（根據(jù)gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)）。這表明這些變異可能與人類(lèi)疾病相關(guān)，值得進(jìn)一步研究。ABCDEF圖34.小鼠視網(wǎng)膜中的基因融合轉(zhuǎn)錄本在小鼠視網(wǎng)膜的轉(zhuǎn)錄組研究中，科研團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)了大量基因融合轉(zhuǎn)錄本（genefusiontranscripts），這一發(fā)現(xiàn)為理解視網(wǎng)膜的轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性提供了新的視角。這些融合轉(zhuǎn)錄本不僅揭示了視網(wǎng)膜細(xì)胞類(lèi)型特異性的轉(zhuǎn)錄組特征，還可能與視網(wǎng)膜的生物學(xué)功能和疾病機(jī)制相關(guān)?；蛉诤限D(zhuǎn)錄本的鑒定研究團(tuán)隊(duì)在小鼠視網(wǎng)膜中鑒定出1,055個(gè)潛在的基因融合轉(zhuǎn)錄本。這些融合事件不太可能是實(shí)驗(yàn)操作中的假象，因?yàn)樗鼈兊玫搅酥辽?個(gè)獨(dú)特分子標(biāo)識(shí)符（UMIs）的支持，表明這些融合事件是獨(dú)立發(fā)生的。融合轉(zhuǎn)錄本的特征融合基因的數(shù)量：大多數(shù)融合轉(zhuǎn)錄本是由兩個(gè)基因融合而成，但也觀察到了由三個(gè)基因融合的事件（見(jiàn)圖4A）?；蜷g的距離：融合基因之間的距離有近有遠(yuǎn)。有些融合發(fā)生在相鄰基因之間，而有些則跳過(guò)了中間的基因，與更遠(yuǎn)的基因發(fā)生融合。相鄰融合的轉(zhuǎn)錄本通常包含更多的外顯子（p-value=1.8E-07），并且它們的表達(dá)水平也存在差異（p-value=0.0073）（見(jiàn)圖4B）。融合轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)比例：研究團(tuán)隊(duì)比較了融合轉(zhuǎn)錄本的豐度與融合基因中所有異構(gòu)體的總表達(dá)量。融合轉(zhuǎn)錄本的使用比例與融合基因的總表達(dá)量之間的比例分布較廣，表明融合轉(zhuǎn)錄本在總基因表達(dá)中所占的比例存在很大差異（見(jiàn)圖4C）。功能富集分析通過(guò)基因本體（GeneOntology,GO）功能富集分析，研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)參與融合的基因主要與免疫相關(guān)功能有關(guān)，例如T細(xì)胞受體結(jié)合（GO:0042608）。這表明這些融合轉(zhuǎn)錄本可能在免疫反應(yīng)中具有適應(yīng)性功能（見(jiàn)圖4D）。此外，某些基因能夠與多個(gè)其他基因發(fā)生融合，形成不同的融合轉(zhuǎn)錄本（見(jiàn)圖4E）。細(xì)胞類(lèi)別特異性的融合轉(zhuǎn)錄本研究團(tuán)隊(duì)還分析了不同細(xì)胞類(lèi)別之間融合轉(zhuǎn)錄本的重疊情況，發(fā)現(xiàn)某些融合轉(zhuǎn)錄本是特定細(xì)胞類(lèi)別獨(dú)有的。例如，桿狀細(xì)胞中有164個(gè)獨(dú)特的融合轉(zhuǎn)錄本，無(wú)長(zhǎng)突細(xì)胞中有107個(gè)，雙極細(xì)胞中有27個(gè)（見(jiàn)圖4F）。這一發(fā)現(xiàn)表明，基因融合事件可能在特定細(xì)胞類(lèi)型中具有獨(dú)特的生物學(xué)意義。ABCDEF圖45.下采樣分析與測(cè)序飽和度評(píng)估為了全面評(píng)估單細(xì)胞三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)在小鼠視網(wǎng)膜研究中的應(yīng)用效果，科研團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步進(jìn)行了下采樣分析和測(cè)序飽和度評(píng)估。這一分析旨在確定當(dāng)前的測(cè)序深度是否足以全面揭示視網(wǎng)膜細(xì)胞類(lèi)型特異性的轉(zhuǎn)錄組特征，以及是否還有未被發(fā)現(xiàn)的轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體。下采樣分析科研團(tuán)隊(duì)通過(guò)隨機(jī)抽取不同比例（1%、10%、50%）的長(zhǎng)讀測(cè)序數(shù)據(jù)，重新運(yùn)行分析流程，以評(píng)估測(cè)序深度對(duì)異構(gòu)體檢測(cè)的影響。結(jié)果顯示，隨著測(cè)序深度的增加，檢測(cè)到的異構(gòu)體數(shù)量也顯著增加。例如，從10%的數(shù)據(jù)增加到50%時(shí)，完全剪接匹配（FSM）異構(gòu)體的數(shù)量增加了41.3%，而從50%的數(shù)據(jù)增加到完整數(shù)據(jù)時(shí)，僅增加了10.2%。這表明FSM異構(gòu)體的檢測(cè)已接近飽和，適度的測(cè)序深度即可檢測(cè)到大多數(shù)已知異構(gòu)體（見(jiàn)圖5A）。然而，對(duì)于新型異構(gòu)體（如NIC和NNC），其檢測(cè)數(shù)量隨著測(cè)序深度的增加而持續(xù)上升。從10%的數(shù)據(jù)增加到50%時(shí)，NIC異構(gòu)體的數(shù)量增加了111.3%，從50%增加到完整數(shù)據(jù)時(shí)，又增加了26.4%。這表明新型異構(gòu)體的檢測(cè)尚未達(dá)到飽和，低表達(dá)水平的異構(gòu)體可能需要更高的測(cè)序深度才能被全面檢測(cè)到（見(jiàn)圖5A）。測(cè)序飽和度評(píng)估為了進(jìn)一步評(píng)估測(cè)序飽和度，科研團(tuán)隊(duì)分析了不同比例數(shù)據(jù)中檢測(cè)到的異構(gòu)體的重疊情況。結(jié)果顯示，不同比例數(shù)據(jù)中檢測(cè)到的異構(gòu)體存在一定的重疊，但也有一些異構(gòu)體僅在某些比例的數(shù)據(jù)中被檢測(cè)到。例如，1%、10%、50%和完整數(shù)據(jù)集中檢測(cè)到的異構(gòu)體之間存在交集，但也有一些低豐度的異構(gòu)體可能因隨機(jī)性而在低比例數(shù)據(jù)中被檢測(cè)到，而在高比例數(shù)據(jù)中因過(guò)濾條件（如2%的使用閾值）而被排除（見(jiàn)圖5B和5C）。此外，科研團(tuán)隊(duì)還分析了每個(gè)主要細(xì)胞類(lèi)別中異構(gòu)體的檢測(cè)情況。結(jié)果顯示，從10%的數(shù)據(jù)增加到50%時(shí)，各個(gè)細(xì)胞類(lèi)別中檢測(cè)到的異構(gòu)體數(shù)量增加了30%到60%，而從50%增加到完整數(shù)據(jù)時(shí)，又增加了11%到18%。這表明細(xì)胞類(lèi)別特異性的異構(gòu)體檢測(cè)也尚未達(dá)到飽和，需要更高的測(cè)序深度來(lái)全面揭示這些異構(gòu)體（見(jiàn)圖5D）。ABCD圖5結(jié)語(yǔ)該研究通過(guò)單細(xì)胞短讀與長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)的結(jié)合，對(duì)小鼠視網(wǎng)膜的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了全面而深入的分析，揭示了視網(wǎng)膜細(xì)胞類(lèi)型特異性的轉(zhuǎn)