SNP關(guān)聯(lián)分析與復(fù)雜疾病口腔病理研究室DepartmentofOralPathologySchoolofStomatologyPekingUniversitySNPassociationstudyandcomplexdiseases1865:crossbreedingexperiments1900Mendel’sdiscoveryrecognized1944:DNAasthematerialbasisofgeneticinformation(Avery,MacLeod,McCarty)21953:DNAstructure(WatsonandCrick)3人類致病基因56遺傳變異→表型差異疾病易感性、疾病的預(yù)后及不同的治療反應(yīng)個(gè)體化醫(yī)療7復(fù)雜性疾病又稱多基因遺傳病由多個(gè)微效基因的累加效應(yīng)結(jié)合環(huán)境因素共同作用所導(dǎo)致的疾病多個(gè)致病基因、每個(gè)作用都不大環(huán)境因素包括大多數(shù)人類常見疾病9家系連鎖分析-復(fù)雜疾病只能檢出對(duì)表型或疾病影響很強(qiáng)的基因檢驗(yàn)低效基因的效能差：成百上千的家系？發(fā)病晚，外顯率低極少的干擾因素癥狀的嚴(yán)重程度和發(fā)病年齡差異大，診斷不確定其發(fā)病機(jī)制可能不同，涉及不同的生物學(xué)通路確定合適的研究表型、合適的人群：難10關(guān)聯(lián)分析（associationstudy）比較無血緣關(guān)系的病例組和對(duì)照組之間遺傳標(biāo)記的出現(xiàn)頻率發(fā)現(xiàn)與該標(biāo)記呈連鎖不平衡的致病基因11多態(tài)性（polymorphism)Alocuswithmorethanoneallele,eachofwhichoccurswithatleast1%frequency單核苷酸多態(tài)性（SingleNucleotidePolymorphism，SNP）在基因組水平上由于單個(gè)核苷酸的改變而產(chǎn)生的一種DNA序列多態(tài)性，其中構(gòu)成多態(tài)性的每個(gè)等位基因在人群中出現(xiàn)的頻率都不小于1%13兩個(gè)隨機(jī)個(gè)體間基因組DNA的差異：0.1%其中90%表現(xiàn)為SNP14SNP雙等位基因標(biāo)記主要等位基因（majorallele）：在一般人群中較多見的等位基因次要等位基因（minorallele）四種可能的形式一種轉(zhuǎn)換（C>T或G>A)

：2/3三種顛換（C>A或G>T，C>G或G>C，T>A或A>T）

15SNP作為遺傳標(biāo)記的優(yōu)勢(shì)第一代：限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性（restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP）第二代：微衛(wèi)星多態(tài)性（microsatellite）第三代：SNP變異程度不如微衛(wèi)星數(shù)量巨大，分布密度高更穩(wěn)定的遺傳特性基因分型簡(jiǎn)單：快速、大批量、自動(dòng)化17SNP概念界定基因組DNA的差異cDNA中發(fā)現(xiàn)的：可能是RNA編輯的結(jié)果？單堿基的插入和缺失？疾病易感等位基因？隱性作用、低外顯率、數(shù)量性狀…在正常人（無病個(gè)體）中可出現(xiàn)18基因突變（點(diǎn)突變）mutation通常與某一有害表型相關(guān)，是一種罕見的有高外顯率的變異區(qū)別突變與SNP:1%需要檢測(cè)有代表性的大范圍的人群判定一個(gè)DNA變異是突變而不是SNP，需要說明其所處的確切人群和共檢測(cè)了多少染色體19SNP的分布及分類在全基因組范圍內(nèi)的密度分布很不一致多數(shù)：并不位于基因編碼區(qū)，甚至不在基因區(qū)，穩(wěn)定而無害編碼區(qū)SNP（codingSNP，cSNP）非同義SNP（nonsynonymousSNP）：引起氨基酸的改變，1/3同義SNP（synonymousSNP）啟動(dòng)區(qū)SNP：基因表達(dá)？鄰近外顯子區(qū)的內(nèi)含子SNP：mRNA剪切？21SNP的形成及演化發(fā)源于點(diǎn)突變選擇性地傳遞決定頻率的因素突變發(fā)生的時(shí)間選擇壓力隨機(jī)遺傳漂變瓶頸效應(yīng)85%以上的SNP為全體人類所共有22SNP與疾病的關(guān)聯(lián)研究單個(gè)SNP功能有限，信息量少用1個(gè)或數(shù)個(gè)SNP來分析評(píng)價(jià)候選基因的作用?檢測(cè)病例組和對(duì)照組的全部SNP？檢測(cè)技術(shù)、統(tǒng)計(jì)能力…2325單體型與復(fù)雜疾病關(guān)聯(lián)研究單體型可體現(xiàn)多個(gè)位點(diǎn)的聯(lián)合作用產(chǎn)生兩條多肽鏈，不同氨基酸殘基之間的相互作用大多數(shù)染色體區(qū)域只有少數(shù)幾個(gè)常見的單體型（>5%）如：55%+30%+8%+…代表了一個(gè)群體中人與人之間的大部分多態(tài)性使用標(biāo)簽SNP（tagSNP）：簡(jiǎn)化26國際人類基因組單體型圖計(jì)劃（Hapmap)在全基因組規(guī)模進(jìn)行高密度的SNP檢測(cè)確定數(shù)百萬SNP位點(diǎn)的不同基因型在不同種族和人群中的分布頻率建立能代表染色體某一區(qū)域多態(tài)性的標(biāo)簽SNP（tag-SNPs）29單體型的構(gòu)建一般基因檢測(cè)方法：基因型某一個(gè)等位基因位于哪一條染色體（父方還是母方）？家系資料加基因分型分子方法等位基因特異性PCR（allelespecificPCR，AS-PCR）體細(xì)胞雜交統(tǒng)計(jì)推導(dǎo)：如PHASE2.030候選基因關(guān)聯(lián)研究或候選通路研究（candidategene/pathwayapproach）全基因組關(guān)聯(lián)研究（Genome-WideAnalysis）費(fèi)用統(tǒng)計(jì)能力多次獨(dú)立檢驗(yàn)造成犯Ⅰ類錯(cuò)誤（假陽性）的可能性增加31候選基因關(guān)聯(lián)研究的基本過程選擇候選基因基于對(duì)疾病本身和相關(guān)基因或生物學(xué)通路的了解模式生物、微陣列表達(dá)分析連鎖分析相關(guān)的單基因遺傳病32評(píng)估候選基因在對(duì)照人群中的連鎖不平衡狀態(tài)及單體型結(jié)構(gòu)參考公共SNP數(shù)據(jù)庫中相同人群的資料33SNP數(shù)據(jù)庫34選擇要檢測(cè)的SNP位點(diǎn)更可能有功能意義的位點(diǎn)，如非同義SNP、啟動(dòng)區(qū)SNP、剪切區(qū)SNP等考慮SNP的頻率“常見疾病/常見變異”理論選擇在人群中的出現(xiàn)頻率與疾病的發(fā)病率相應(yīng)的SNPrarevariants–commondisease(RV-CD)35檢測(cè)病例組和對(duì)照組中各SNP位點(diǎn)的基因型相關(guān)分析表型和SNP基因型、等位基因及單體型χ2檢驗(yàn)，logistic回歸36如果發(fā)現(xiàn)相關(guān)：確定真正的致病位點(diǎn)功能分析研究其它緊密連鎖的相鄰位點(diǎn)與疾病的關(guān)聯(lián)大量的流行病學(xué)調(diào)查37候選基因關(guān)聯(lián)研究目前存在的問題大樣本、大工作量真正用于臨床診斷及預(yù)后判斷？疾病的異質(zhì)性人群的異質(zhì)性易感基因的分布頻率不同結(jié)果的可重復(fù)性38結(jié)