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文檔簡介
生存曲線中Meta分析適宜數(shù)據(jù)的提取與轉(zhuǎn)換
生存分析(surviveanalysis):將終點(diǎn)事件的出現(xiàn)與否和出現(xiàn)終點(diǎn)事件所經(jīng)歷的時(shí)間結(jié)合起來的一種統(tǒng)計(jì)分析方法。生存曲線:以生存時(shí)間為橫軸,生存率為縱軸,將各個時(shí)間點(diǎn)對應(yīng)的生存率連接在一起的曲線圖。生存資料的meta分析中較多原始研究無法直接獲得效應(yīng)量及其可信區(qū)間或原始數(shù)據(jù)。使用軟件進(jìn)行合并時(shí),一般來說要獲得以下三類數(shù)據(jù):(1)O-E和V(2)lnHR和SelnHR(3)lnHR,lnLL,和lnUL1生存資料Meta分析的方法ReviewManager5(RevMan5):一般來說要直接獲得或通過數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化獲得以下三類數(shù)據(jù)才能進(jìn)行有效合并:(1)O-E和V;(2)lnHR和SelnHR;(3)lnHR,lnLL和lnUL。1生存資料Meta分析的方法Stata、R軟件:一般來說要獲得以下兩類數(shù)據(jù)才能進(jìn)行有效合并:(1)lnHR和SelnHR;(2)lnHR,lnLL和lnUL。2生存曲線圖的獲取及處理2.1軟件的下載與安裝圖形數(shù)據(jù)提取軟件EngaugeDigitizer4.1軟件下載地址:/projects/digitizer/。2生存曲線圖的獲取及處理2.2圖片獲取獲得PDF格式的全文以后,再通過Windows操作系統(tǒng)自帶的截圖工具截取該圖片。存為JPG格式并重新命名。2生存曲線圖的獲取及處理2.3圖片處理由于EngaugeDigitizer4.1軟件僅能識別灰度圖,對于生存曲線為彩色線條的圖片需要常規(guī)將其調(diào)整為黑白圖片。將截圖并保存的圖片導(dǎo)入AdobePhotoshopCS5軟件進(jìn)行去色。圖像→調(diào)整→去色圖像→調(diào)整→色階3連續(xù)取點(diǎn)法提取生存曲線數(shù)據(jù)3.1圖片導(dǎo)入3連續(xù)取點(diǎn)法提取生存曲線數(shù)據(jù)3.2新建曲線并命名依次點(diǎn)擊“Settings→Curves→New”。新建曲線可點(diǎn)擊“properties”設(shè)置線型和顏色,有助于取點(diǎn)時(shí)區(qū)別兩條生存曲線。3連續(xù)取點(diǎn)法提取生存曲線數(shù)據(jù)3.3確定原點(diǎn)及縱橫坐標(biāo)軸的刻度一般首先確定原點(diǎn),然后分別確定X軸與Y軸的刻度,原理:此步驟其實(shí)是在原圖的基礎(chǔ)上重新構(gòu)建一個二維坐標(biāo)系,在這個新建的二維坐標(biāo)系中的任何一個點(diǎn)都可以通過(x,y)表示。方法:依次點(diǎn)擊“Digitize→AxisPoint”,調(diào)出圖5所示對話框并行相關(guān)設(shè)置。注意:有些坐標(biāo)原點(diǎn)并不在最左下角。3連續(xù)取點(diǎn)法提取生存曲線數(shù)據(jù)3.4分別對兩條曲線進(jìn)行連續(xù)取點(diǎn)連續(xù)取點(diǎn)法:把鼠標(biāo)移動到相應(yīng)的位置可自動識別取點(diǎn)的區(qū)域,但需要注意同一個坐標(biāo)軸中有2條曲線時(shí)需要按照原圖進(jìn)行分辨,尤其是當(dāng)兩條曲線非常接近之時(shí),不能把一條曲線上的點(diǎn)誤認(rèn)為是另外一條曲線的點(diǎn)。技巧:連續(xù)取點(diǎn)法與間段取點(diǎn)法混合使用。3連續(xù)取點(diǎn)法提取生存曲線數(shù)據(jù)3.5導(dǎo)出并存儲生存率數(shù)據(jù)“File→Export”軟件默認(rèn)的導(dǎo)出數(shù)據(jù)的文件格式為“.csv”,可通過Excel軟件打開。3連續(xù)取點(diǎn)法提取生存曲線數(shù)據(jù)3.6篩選生存率數(shù)據(jù)(1)Excel打開“圖5.csv”文件,把X這一列設(shè)置小數(shù)位數(shù)為0位,其余兩列數(shù)據(jù)小數(shù)位數(shù)設(shè)置為2位。取最接近點(diǎn)之后再將X這一列設(shè)置小數(shù)位數(shù)為0位。3連續(xù)取點(diǎn)法提取生存曲線數(shù)據(jù)3.6篩選生存率數(shù)據(jù)(2)選取時(shí)間點(diǎn)為0、3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、36、39、42、45月時(shí)對應(yīng)的生存率數(shù)據(jù),并刪除不需要的數(shù)據(jù)。注意:若出現(xiàn)后一個時(shí)間點(diǎn)生存率的數(shù)據(jù)大于前一個時(shí)間點(diǎn)的情況,需要把后一個時(shí)間點(diǎn)的數(shù)據(jù)用前一個時(shí)間點(diǎn)的生存率數(shù)據(jù)代替,理由是前后時(shí)間點(diǎn)生存率相等是符合客觀情況的(這種情況多出現(xiàn)于生存曲線是水平線時(shí))。0時(shí)間點(diǎn)的生存率為100%4計(jì)算lnHR和SelnHRlnHR和SelnHR計(jì)算的具體方法可參考JayneFTierney等人的文獻(xiàn)。TierneyJF,StewartLA,GhersiD,etal.Practicalmethodsforincorporatingsummarytime-to-eventdataintometa-analysis[J].Trials,2007,8:16.JayneFTierney等人的文獻(xiàn)提供了計(jì)算lnHR和SelnHR的excel程序文件,使用者只需要按要求填入相應(yīng)的數(shù)據(jù)及對應(yīng)的信息即可,該程序文件下載地址:/content/supplementary/1745-6215-8-16-S1.xls。4計(jì)算lnHR和SelnHR4.1命名各研究組的名稱4計(jì)算lnHR和SelnHR4.2輸入數(shù)據(jù)4計(jì)算lnHR和SelnHR隨訪時(shí)間(一般輸入隨訪時(shí)間范圍,原文若沒有直接提供隨訪時(shí)間范圍,可通過合理的估算填入),此處必填,主要用于估計(jì)截尾數(shù)據(jù);依次輸入隨訪時(shí)間點(diǎn),各時(shí)間點(diǎn)各組的生存率及各組的樣本例數(shù);在本步驟填寫過程中如果出現(xiàn)紅色字體提示,那就表示填寫或者計(jì)算過程有錯誤,需要重新核對
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