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梭桿菌綱(Fusobacteria)梭桿菌目(Fusobacteriales)梭桿菌科(Fusobacteriaceae)梭桿菌屬(Fusobacterium)(Ilyobacter)纖毛菌屬(Leptotrichia)(Propionigenium)(Sebaldella)(Sneathia)(Streptobacillus)科未定(Cetobacterium)芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)芽單胞菌綱(Gemmatimonadetes)芽單胞菌目(Gemmatimonadales)芽單胞菌科(Gemmatimonadaceae)芽單胞菌屬(Gemmatimonas)黏膠球形菌門(Lentisphaerae)(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類黏膠球形菌綱(Lentisphaerae)黏膠球形菌目(Lentisphaerales)黏膠球形菌科(Lentisphaeraceae)黏膠球形菌屬(Lentisphaera)食物谷菌目(Victivallales)食物谷菌科(Victivallaceae)食物谷菌屬(Victivallis)硝化螺旋菌門(Nitrospirae)硝化螺旋菌綱(Nitrospira)硝化螺旋菌目(Nitrospirales)硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)鉤端螺菌屬(Leptospirillum)硝化螺旋菌屬(Nitrospira)磁桿菌屬(Magnetobacterium)*熱脫硫弧菌屬(Thermodesulfovibrio)浮霉菌門(Planetomycetes)浮霉菌綱(Planctomycetacia)浮霉菌目(Planctomycetales)浮霉菌科(Planctomycetaceae)(Blastopirellula)(Gemmata)(Isosphaera)小梨形菌屬(Pirellula)浮霉菌屬(Planetomycetes)紅小梨形菌屬(Rhodopirellula)(Schlesneria)科未定(均未能分離培養(yǎng)，見厭氧氨氧化菌(Brocadia)*(Kuenenia)＊(Scalindua)＊海綿桿菌門(Poribacteria)*變形菌門(Proteobacteria)a—變形菌綱(Alphaproteobacteria)柄桿菌目(Caulobacterales)柄桿菌科(Caulobacteraceae)(Asticcacaulis)短波單胞菌屬(Brevundimonas)柄桿菌屬(Caulobacter)苯基桿菌屬(Phenylobacterium)(Kordiimonadales)(Kordiimonadaceae)(Kordiimonas)短小盒菌目(Parvularculales)短小盒菌科(Parvularculaceae)短小盒菌屬(Parvularcula)(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類紅微菌屬紅微菌屬(Rhodomicrobium)紅微菌屬紅微菌屬(Rhodomicrobium)(Rhodoblastus)(Rhodoblastus)根瘤菌目(Rhizobiales)橙單胞菌科(Aurantimonadaceae)橙單胞菌屬(Aurantimonas)(Fulvimarina)(Martelella)巴通體科(Bartonellaceae)巴通體屬(Bartonella)(Grahamella)(Rochalimaea)拜葉林克氏菌科(Beijerinckiaceae)拜葉林克氏菌屬(Beijerinckia)(Chelatococcus)(Methylocapsa)(Methylocella)慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)阿菲波菌屬(Afipia)農(nóng)單胞菌屬(Agromonas)(Balneimonas)芽生桿菌屬(Blastobacter)(Bosea)慢生根瘤菌屬(Bradyrhizobium)硝化桿菌屬(Nitrobacter)(Oligotropha)紅假單胞菌屬(Rhodopseudomonas)布魯氏菌科(Brucellaceae)布魯氏菌屬(Brucella)(Crabtreella)(Daeguia)支動菌屬(Mycoplana)蒼白桿菌屬(Ochrobactrum)(Pseudochrobactrum)黏著桿菌科(Cohaesibacteraceae)黏著桿菌屬(Cohaesibacter)生絲微菌科(Hyphomicrobiaceae)(Ancalomicrobium)(Angulomicrobium)水桿菌屬(Aquabacter)芽綠菌屬(Blastochloris)(Devosia)(Dichotomicrobium)(Filomicrobium)(Gemmiger)生絲微菌屬(Hyphomicrobium)(Methylorhabdus)土微菌屬(Pedomicrobium)突柄微菌屬(Prosthecomicrobium)（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類Rhodoplanes)(Seliberia)甲基桿菌科(Methylobacteriaceae)(Meganema)甲基桿菌屬(Methylobacterium)(Microvirga)(Protomonas)甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)(Albibacter)甲基孢囊菌屬(Methylocystis)(Methylopila)(Methylosinus)(Pleomorphomonas)(Terasakiella)葉桿菌科(Phyllobacteriaceae)(Aminobacter)(Aquamicrobium)(Defluvibacter)(Hoeflea)中慢生根瘤菌屬(Mesorhizobium)(Nitratireductor)葉桿菌屬(Phyllobacterium)(Pseudaminobacter)根瘤菌科(Rhizobiaceae)（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類紅桿菌目紅桿菌目(RhodobacTerales)紅桿菌目紅桿菌目(RhodobacTerales)土壤桿菌屬(AgrobacTerium)異根瘤菌屬(Allorhizobium)嗜碳菌屬(Carbophilus)螯合桿菌屬(ChelaTobacTer)劍菌屬(Ensifer)(KaisTia)韌皮桿菌屬(LiberibacTer)*根瘤菌屬(Rhizobium)中華根瘤菌屬(Sinorhizobium)紅菌科(Rhodobiaceae)(Anderseniella)(Parvibaculum)紅菌屬(Rhodobium)玫瑰螺菌屬(Roseospirillum)黃色桿菌科(XanThobacTeraceae)(AncylobacTer)(Azorhizobium)(Labrys)(Pseudolabrys)(STarkeya)黃色桿菌屬(XanThobacTer)科未定(SneaThiella)(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類生絲單胞菌科(Hyphomonadaceae)(Hirschia)生絲單胞菌屬(Hyphomonas)(Maricaulis)(Oceanicaulis)(Robiginitomaculum)紅桿菌科(Rhodobacteraceae)(Ahrensia)(Albidovulum)(Amaricoccus)(Antarctobacter)(Catellibacterium)(Citreicella)(Citreimonas)(Dinoroseobacter)(Donghicola)(Gemmobacter)(Haematobacter)(Jannaschia)(Ketogulonicigenium)(Labrenzia)(Leisingera)(Loktanella)(Maribius)（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類(Roseisalinus)(Roseisalinus)(Roseisalinus)(Roseisalinus)Marinovum)(Maritimibacter)(Methylarcula)(Nereida)(Nesiotobacter)(Oceanibulbus)海洋生菌屬(Oceanicola)(Octadecabacter)(Palleronia)(Pannonibacter)副球菌屬(Paracoccus)(Pelagibaca)(Phaeobacter)假紅桿菌屬(Pseudorhodobacter)(Pseudovibrio)(Rhodobaca)紅桿菌屬(Rhodobacter)(Rhodothalassium)小紅卵菌屬(Rhodovulum)(Roseibacterium)(Roseibium)(Roseicyclus)(Roseinatronobacter)（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類Roseivivax)玫瑰桿菌屬(Roseobacter)(Roseovarius)(Rubellimicrobium)(Rubrimonas)(Ruegeria)(Sagittula)(Salipiger)(Shimia)(Silicibacter)(Staleya)(Stappia)(Sulfitobacter)(Tateyamaria)(Thalassobacter)(Thalassobius)(Thalassococcus)(Thioclava)硫球形菌屬(Thiosphaera)(Wenxinia)木洞菌屬(Woodsholea)楊氏菌屬(Yangia)紅螺菌目(Rhodospirillales)醋桿菌科(Acetobacteraceae)(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類Swaminathania)Swaminathania)Swaminathania)Swaminathania)醋桿菌屬(Acetobacter)(Acidicaldus)嗜酸菌屬(Acidiphilium)酸球形菌屬(Acidisphaera)酸胞菌屬(Acidocella)酸單胞菌屬(Acidomonas)(Asaia)(Belnapia)脆弱球菌屬(Craurococcus)葡糖醋桿菌屬(Gluconacetobacter)葡糖桿菌屬(Gluconobacter)(Granulibacter)(Kozakia)鼠球菌屬(Muricoccus)(Neoasaia)(Paracraurococcus)紅球狀菌屬(Rhodopila)(Rhodovarius)玫瑰球菌屬(Roseococcus)玫瑰單胞菌屬(Roseomonas)(Rubritepida)(Saccharibacter)(Stella)(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(Teichococcus)(Zavarzinia)紅螺菌科(Rhodospirillaceae)固氮螺菌屬(Azospirillum)(Conglomeromonas)(Defluviicoccus)(Inquilinus)磁螺菌屬(Magnetospirillum)(Phaeospirillum)(Rhodocista)紅螺旋菌屬(Rhodospira)紅螺菌屬(Rhodospirillum)紅弧菌屬(Rhodovibrio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)(Stigmatella)黏球菌科(Myxococcaceae)(Angiococcus)(Corallococcus)黏球菌屬(Myxococcus)(Pyxidicoccus)侏囊菌亞目(Nannocystineae)(Haliangiaceae)(Haliangium)(Kofleriaceae)(Kofleria)侏囊菌科(Nannocystaceae)(Enhygromyxa)侏囊菌屬(Nannocystis)(Plesiocystis)堆囊菌亞目(Sorangineae)多囊菌科(Polyangiaceae)(Byssovorax)(Chondromyces)(Haploangium)*(Jahnella)多囊菌屬(Polyangium)堆囊菌屬(Sorangium)互營桿菌目(Syntrophobacterales)互營菌科(Syntrophaceae)(Desulfobacca)(Desulfomonile)(Smithella)互營菌屬(Syntrophus)互營桿菌科(Syntrophobacteraceae)(Desulfacinum)(Desulfoglaeba)(Desulforhabdus)(Desulfovirga)互營桿菌屬(Syntrophobacter)(Thermodesulforhabdus)E-變形菌綱(Epsilonproteobacteria)彎曲菌目(Campylobacterales)彎曲菌科(Campylobacteraceae)弓形桿菌屬(Arcobacter)彎曲菌屬(Campylobacter)(Dehalospirillum)硫磺單胞菌屬(Sulfurospirillum)螺桿菌科(Helicobacteraceae)螺桿菌屬(Helicobacter)(Sulfuricurvum)(Sulfurimonas)(Sulfurovum)(Thiovulum)沃林氏菌屬(Wolinella)氫單胞菌科(Hydrogenimonadaceae)氫單胞菌屬(Hydrogenimonas)(Nautiliales)(Nautiliaceae)(Caminibacter)(Lebetimonas)(Nautilia)(Nitratifractor)(Nitratiruptor)(Thioreductor)Y—變形菌綱(Gammaproteobacteria)酸硫桿狀菌目(Acidithiobacillales)酸硫桿狀菌科(Acidithiobacillaceae)酸硫桿狀菌屬(Acidithiobacillus)熱硫桿狀菌科(Thermithiobacillaceae)熱硫桿狀菌屬(Thermithiobacillus)氣單胞菌目(Aeromonadales)氣單胞菌科(Aeromonadaceae)氣單胞菌屬(Aeromonas)(Oceanimonas)(Oceanisphaera)(Tolumonas)(Zobellella)琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)厭氧螺菌屬(Anaerobiospirillum)反芻桿菌屬(Ruminobacter)琥珀酸單胞菌屬(Succinimonas)琥珀酸弧菌屬(Succinivibrio)交替單胞菌目(Alteromonadales)交替單胞菌科(Alteromonadaceae)(Aestuariibacter)(Agarivorans)(Alishewanella)交替單胞菌屬(Alteromonas)(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類熱著色菌屬熱著色菌屬(Thermochromatium)熱著色菌屬熱著色菌屬(Thermochromatium)希萬氏菌科希萬氏菌科(Shewanellaceae)Glaciecola)(Marinimicrobium)海桿菌屬(Marinobacter)海細(xì)菌屬(Marinobacterium)產(chǎn)微球莖菌屬(Microbulbifer)(Saccharophagus)(Salinimonas)(Colwelliaceae)(Colwellia)(Thalassomonas)(Ferrimonadaceae)(Ferrimonas)(Paraferrimonas)(Idiomarinaceae)(Idiomarina)(Pseudidiomarina)(Moritellaceae)(Moritella)假交替單胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)(Algicola)假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas)冷單胞菌科(Psychromonadaceae)冷單胞菌屬(Psychromonas)希萬氏菌屬(Shewanella)科未定(Teredinibacter)(Endobugula)*心桿菌目(Cardiobacteriales)心桿菌科(Cardiobacteriaceae)心桿菌屬(Cardiobacterium)(Dichelobacter)(Suttonella)著色菌目(Chromatiales)著色菌科(Chromatiaceae)(Allochromatium)(Amoebobacter)著色菌屬(Chromatium)鹽著色菌屬(Halochromatium)(Isochromatium)(Lamprobacter)(Lamprocystis)(Marichromatium)亞硝化球菌屬(Nitrosococcus)芬尼氏菌屬(Pfennigia)棍著色菌屬(Rhabdochromatium)(Rheinheimera)（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類硫堿螺旋菌屬硫堿螺旋菌屬(Thioalkalispira)硫堿螺旋菌屬硫堿螺旋菌屬(Thioalkalispira)硫堿球菌屬(Thioalkalicoccus)硫橄欖菌屬(Thiobaca)硫匣菌屬(Thiocapsa)硫球菌屬(Thiococcus)硫囊菌屬(Thiocystis)硫網(wǎng)菌屬(Thiodictyon)硫黃球菌屬(Thioflavicoccus)硫鹽匣菌屬(Thiohalocapsa)(Thiolamprovum)(Thiopedia)硫紅球菌屬(Thiorhodococcus)硫紅弧菌屬(Thiorhodovibrio)硫螺菌屬(Thiospirillum)外硫紅螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)堿湖生菌屬(Alkalilimnicola)堿螺菌屬(Alkalispirillum)(Aquisalimonas)(Arhodomonas)(Ectothiorhodosinus)外硫紅螺旋菌屬(Ectothiorhodospira)鹽紅螺旋菌屬(Halorhodospira)(Natronocella)硝化球菌屬(Nitrococcus)(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類硫堿弧菌屬(Thialkalivibrio)硫紅螺旋菌屬(Thiorhodospira)顆粒狀球菌科(Granulosicoccaceae)顆粒狀球菌屬(Granulosicoccus)鹽硫桿狀菌科(Halothiobacillaceae)鹽硫桿狀菌屬(Halothiobacillus)(Thiovirga)腸桿菌目(Enterobacteriales)腸桿菌科(Enterobacteriaceae)(Arsenophonus)(Brenneria)布赫納氏菌屬(Buchnera)(Budvicia)布丘氏菌屬(Buttiauxella)(Calymmatobacterium)西地西菌屬(Cedecea)檸檬酸桿菌屬(Citrobacter)(Dickeya)愛德華氏菌屬(Edwardsiella)腸桿菌屬(Enterobacter)歐文氏菌屬(Erwinia)埃希氏菌屬(Escherichia)(包含大腸桿菌)(Ewingella)哈夫尼菌屬(Hafnia)克雷伯氏菌屬(Klebsiella)克呂沃氏菌屬(Kluyvera)(Leclercia)(Leminorella)(Levinea)(Moellerella)(Morganella)(Obesumbacterium)泛菌屬(Pantoea)(Pectobacterium)(Phlomobacter)*(Photorhabdus)鄰單胞菌屬(Plesiomonas)(Pragia)變形桿菌屬(Proteus)普羅維登斯菌屬(Providencia)(Rahnella)(Raoultella)糖桿菌屬(Saccharobacter)沙門氏菌屬(Salmonella)(Samsonia)沙雷氏菌屬(Serratia)志賀氏菌屬(Shigella)(Sodalis)（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類甲基微菌屬甲基微菌屬(Methylomicrobium)甲基微菌屬甲基微菌屬(Methylomicrobium)(Tatumella)(Thorsellia)(Trabulsiella)(Wigglesworthia)致病桿菌屬(Xenorhabdus)耶爾辛氏菌屬(Yersinia)(包含鼠疫桿菌)(Yokenella)軍團(tuán)菌目(Legionellales)柯克斯體科(Coxiellaceae)(Aquicella)柯克斯體屬(Coxiella)立克次小體屬(Rickettsiella)軍團(tuán)菌科(Legionellaceae)(Fluoribacter)軍團(tuán)菌屬(Legionella)(Sarcobium)(Tatlockia)甲基球菌目(Methylococcales)甲基球菌科(Methylococcaceae)甲基桿菌屬(Methylobacter)甲基暖菌屬(Methylocaldum)甲基球菌屬(Methylococcus)甲基鹽菌屬(Methylohalobius)(完整)細(xì)菌分類(完整)細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類（完整）細(xì)菌分類甲基單胞菌屬(Methylomonas)甲基八疊球菌屬(Methylosarcina)(Methylosoma)甲基球形菌屬(Methylosphaera)甲基熱菌屬(Methylothermus)海洋螺菌目(Oceanospirillales)食堿菌科(Alcanivoraceae)食堿菌屬(Alcanivorax)(Fundibacter)(Kangiella)河氏菌科(Hahellaceae)(Endozoicomonas)河氏菌屬(Hahella)(Halospina)(Zooshikella)鹽單胞菌科(Halomonadaceae)(Carnimonas)色鹽桿菌屬(Chromohalobacter)(Cobetia)(Deleya)鹽單胞菌屬(Halomonas)(Halotalea)(Halovibrio)(Modicisalibacter)Salicola)(Volcaniella)發(fā)酵桿菌屬(Zymobacter)岸生菌科(Litoricolaceae)岸生菌屬(Litoricola)海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)(Amphritea)巴氏發(fā)菌屬(Balneatrix)海單胞菌屬(Marinomonas)海螺菌屬(Marinospirillum)(Neptuniibacter)(Neptunomonas)(Nitrincola)海洋桿菌屬(Oceanobacter)海洋螺菌屬(Oceanospirillum)油螺旋菌屬(Oleispira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