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第十七章動(dòng)物遺傳資源保護(hù)與利用生物多樣性指生命有機(jī)體及其賴以存在的生態(tài)復(fù)合體的多樣性和變異性,確切地說(shuō),生物多樣性是所有生物種類、種內(nèi)遺傳變異和它們的生存環(huán)境的總稱,包括所有不同種類的動(dòng)物、植物和微生物,以及它們所擁有的基因與生存環(huán)境所組成的生態(tài)系統(tǒng)。由此可見(jiàn),生物多樣性包括了遺傳多樣性、物種多樣性、生態(tài)多樣性和景觀多樣性四個(gè)層次。人類總是直接或間接地從生物界獲取利益,生物多樣性是人類賴以生存的條件,經(jīng)濟(jì)可持續(xù)發(fā)展的基礎(chǔ),人類是不能脫離其自身生存的多種多樣的生物環(huán)境而孤立發(fā)展的。隨著人口的增長(zhǎng),人類經(jīng)濟(jì)活動(dòng)的不斷加劇,以及不合理的利用生物資源,尤其是動(dòng)物遺傳資源,作為人類生存最為基礎(chǔ)的生物多樣性受到了嚴(yán)重威脅,無(wú)法再現(xiàn)的基因、物種、生態(tài)系統(tǒng)正以人類歷史上前所未有的速度消失。全世界已有25000種植物和1000種脊椎動(dòng)物瀕于滅絕,今后20多年間,地球上生物多樣性總量的1/4將面臨滅絕的威脅。目前,人類社會(huì)已經(jīng)認(rèn)識(shí)到生物多樣性危機(jī)的嚴(yán)重性,成為國(guó)際社會(huì)十分關(guān)注的熱點(diǎn)話題之一,截此止1993年6月,包括我國(guó)在內(nèi)的168個(gè)國(guó)家和地區(qū)在《生物多樣性公約》簽了字,全面揭開了生物多樣性研究與保護(hù)工作,這表明,世界上絕大部分國(guó)家已經(jīng)認(rèn)識(shí)到保護(hù)生物多樣性,尤其是動(dòng)物遺傳資源的保護(hù)是全人類的大事。動(dòng)物遺傳多樣性遺傳多樣性是生態(tài)系統(tǒng)多樣性和物種多樣性的基礎(chǔ)和核心,生物群落是構(gòu)成生態(tài)多樣性的基本單位。每個(gè)物種都有其獨(dú)特的基因庫(kù),物種的多樣性就由遺傳基因的多樣性顯示出來(lái)。遺傳多樣性是指地球上所有生物攜帶的遺傳信息的總和,主要指種內(nèi)不同群體之間或一個(gè)群體內(nèi)不同個(gè)體間遺傳變異的總和,具體表現(xiàn)在種間或種內(nèi)外部形態(tài)特征、染色體特征、生化特征、基因表達(dá)產(chǎn)物以及DNA分子水平的多態(tài)性。遺傳多樣性最直接的表達(dá)方式就是遺傳變異的高低,通常包括遺傳變異的分布格局,即群體的遺傳結(jié)構(gòu)。群體(居群)遺傳結(jié)構(gòu)上的差異是遺傳多樣性的重要體現(xiàn),一個(gè)物種的進(jìn)化潛力和抵御不良環(huán)境的能力取決于種內(nèi)遺傳變異的大小和群體遺傳變異的分布式樣。動(dòng)物遺傳資源是生物多樣性的重要組成部分,它是一個(gè)國(guó)家、一個(gè)民族重要的戰(zhàn)略資源,關(guān)系到國(guó)家主權(quán)和安全,是人類賴以生存的各種有生命資源的總匯和未來(lái)工農(nóng)業(yè)、醫(yī)藥業(yè)發(fā)展的基礎(chǔ),為人類提供了食物、材料、醫(yī)藥等基本需求。它的重要的社會(huì)經(jīng)濟(jì)、倫理和文化價(jià)值無(wú)時(shí)不在藝術(shù)、文學(xué)以及社會(huì)各界對(duì)生物多樣保護(hù)的理解與支持等方面反映出來(lái),對(duì)于維持生態(tài)平衡,穩(wěn)定環(huán)境具有關(guān)鍵作用,為整個(gè)人類帶來(lái)了難以估價(jià)的經(jīng)濟(jì)、歷史和美學(xué)價(jià)值。一、國(guó)內(nèi)外動(dòng)物遺傳多樣性概況(一)國(guó)外動(dòng)物遺傳多樣性概況地球上出現(xiàn)生命以來(lái),生物處于不斷的進(jìn)化和演變過(guò)程中,產(chǎn)生大約8500~4200萬(wàn)種物種,全世界已被科學(xué)描述的物種大約有162萬(wàn)種。全球被科學(xué)描述的動(dòng)物種類概況有:哺乳動(dòng)物4842種、鳥類9932種、爬行動(dòng)物8134種、兩棲類5578種、魚類28100種、昆蟲類950000種、軟體動(dòng)物70000種、甲殼類40000種、其他無(wú)脊椎動(dòng)物130200種。生物多樣性的豐富程度通常以其地區(qū)的物種數(shù)量來(lái)表達(dá),并不均勻分布于每個(gè)國(guó)家,世界生物多樣性主要分布于熱帶森林,占全球陸地面積7%的熱帶森林包括了全世界半數(shù)以上的物種,NAS確定了11個(gè)生物多樣性豐富的熱帶地區(qū),它們是:厄瓜多爾海岸森林、巴西“可可”地區(qū)、喀麥隆、坦桑尼亞山脈、亞馬遜河流域東部和南部地區(qū)、緬甸、馬達(dá)加斯加、斯里蘭卡、蘇拉威西島、新喀里多尼亞、夏威夷;生物多樣性豐富的國(guó)家有12個(gè),它們是:巴西、哥倫比亞、厄瓜多爾、秘魯、墨西哥、扎伊爾、馬達(dá)加斯加、澳大利亞、中國(guó)、印度、印尼、馬來(lái)西亞,這12個(gè)國(guó)家擁有全球60%~70%的生物多樣性。豐富的生物多樣性主要是由于它們廣闊的疆域,多成分的地形、氣候及長(zhǎng)期的隔離所造成。(二)國(guó)內(nèi)動(dòng)物遺傳多樣性概況我國(guó)是世界上12個(gè)生物多樣性最豐富的國(guó)家之一,在動(dòng)物遺傳多樣性方面,中國(guó)脊椎動(dòng)物共有6347種,占世界脊椎動(dòng)物的13.97%;鳥類1244種,占世界鳥類種類的13.1%;魚類3862種,占世界魚類種類的20.9%。1.野生動(dòng)物遺傳多樣性概況野生動(dòng)物伴隨著人類演化與發(fā)展歷史進(jìn)程,為人類提供巨大的物質(zhì)和經(jīng)濟(jì)價(jià)值,如野生漁種向全世界提供了超過(guò)1億噸的食物;野生動(dòng)物為我們提供食品、藥材和研究材料;在穩(wěn)定生態(tài)系統(tǒng)的正常功能方面發(fā)揮有必不可少的作用。此外,野生動(dòng)物在文化、社會(huì)、美感等方面也有重要價(jià)值,例如:大熊貓給予人類美感享受。我國(guó)已記載的野生動(dòng)物種類豐富,超過(guò)2.5萬(wàn)種。毛類野生經(jīng)濟(jì)環(huán)節(jié)動(dòng)物23種;海產(chǎn)野生經(jīng)濟(jì)軟體動(dòng)物152種,淡水經(jīng)濟(jì)軟體動(dòng)物104種,陸生經(jīng)濟(jì)軟體動(dòng)物184種;經(jīng)濟(jì)甲殼動(dòng)物約1000種;昆蟲2萬(wàn)多種;經(jīng)濟(jì)棘皮動(dòng)物37種;魚類約1000種;野生經(jīng)濟(jì)鳥類241種;野生哺乳動(dòng)物162種。我國(guó)野生動(dòng)物種類眾多,孑遺種和特有種多,其中哺乳類73種,鳥類99種,爬行類133種,兩棲類195種,魚類440種,由于我國(guó)地域遼闊,地理環(huán)境多樣,野生動(dòng)物區(qū)系復(fù)雜,分布呈不均勻。2.家養(yǎng)動(dòng)物(畜禽)遺傳多樣性概況家養(yǎng)動(dòng)物是人們?nèi)粘I畋匦璧纳a(chǎn)和生活資料,由于我國(guó)地理環(huán)境的多樣性,加之勞動(dòng)人民長(zhǎng)期的馴化和培育,形成了豐富的家養(yǎng)動(dòng)物品種資源,特別是地方畜禽品種的優(yōu)良物種特性,是祖先留下的豐富歷史遺產(chǎn),為新品種選育及畜牧業(yè)可持續(xù)發(fā)展發(fā)揮了重要作用。我國(guó)政府對(duì)畜禽品種資源保護(hù)工作歷來(lái)十分重視,從20世紀(jì)50年代開始進(jìn)行畜禽品種資源調(diào)查,先后出版了豬、牛、羊、家禽、馬品種志。我國(guó)畜禽遺傳資源主要有豬、牛、羊、雞、鴨、鵝、馬、兔、鹿、蜂等21個(gè)物種,共計(jì)576個(gè)品種,其他地方品種為426個(gè),培育品種73個(gè),引進(jìn)品種77個(gè)。全國(guó)家養(yǎng)動(dòng)物普查結(jié)果表明,我國(guó)家養(yǎng)動(dòng)物主要畜禽品種或種類有:黃牛73種、水牛26種、牦牛11種、大額牛1種、馬66種、驢22種、駱駝4種、綿羊79種、山羊50種、豬113種、雞109種、鴨35種、鵝26種、火雞21種、兔14種、梅花鹿3種、馬鹿2種、水貂1種、蜂11種。我國(guó)家養(yǎng)動(dòng)物普遍具有適應(yīng)性強(qiáng),產(chǎn)品品質(zhì)好,耐粗飼,繁殖力強(qiáng)等特點(diǎn),但大部分畜禽品種與國(guó)外品種相比生長(zhǎng)速度、產(chǎn)奶量、產(chǎn)蛋量等生產(chǎn)力水平偏低。3.漁業(yè)類遺傳多樣性簡(jiǎn)況我國(guó)有淡水魚類804種,淡水蝦類、貝類、螺類分別有62種、104種、56種。海洋魚類有2156種;海洋磷蝦類、蟹類、蝦類分別有42種、600多種、300多種;海洋螺類、貝類分別為1583種、873種。(三)動(dòng)物遺傳多樣性受威脅概況隨著動(dòng)物棲息環(huán)境惡化,人類利用活動(dòng)加劇,動(dòng)物遺傳多樣性受到威脅程度逐漸加劇,自1600年以來(lái),世界上已有21%的獸類、13%的鳥類已經(jīng)滅絕?,F(xiàn)今地球上每年將有2~3萬(wàn)種生物物種滅絕,IUCN最近的統(tǒng)計(jì)表明,5%~20%的脊椎動(dòng)物面臨滅絕的威脅,目前,鳥類和哺乳類動(dòng)物的滅絕率是地質(zhì)時(shí)期的100~1000倍。據(jù)估計(jì),全世界4500個(gè)畜禽品種的30%左右處于高度危險(xiǎn)的境地,據(jù)第2版《紅色警告—世界瀕危畜禽品種名單》報(bào)告,世界哺乳類和禽類3882個(gè)品種信息,其中的559個(gè)品種被分級(jí)為高滅絕危險(xiǎn)品種,雞、牛、綿羊和馬有許多資源處于滅絕的危險(xiǎn),馬和家鵝瀕臨滅絕的品種比例最高,如登記在案的馬有384個(gè)品種,處于滅絕危險(xiǎn)的品種為216個(gè),比例高達(dá)56.25%。中國(guó)既是動(dòng)物多樣性最豐富的國(guó)家之一,也是動(dòng)物多樣性受到嚴(yán)重威脅的國(guó)家,受到威脅的物種占區(qū)系成分的15%~20%。中國(guó)受危獸類和鳥類的種類排在世界前三位,受到威脅或?yàn)l危的獸類有128種,鳥類183種,爬行類96種,兩棲類29種,魚類92種。在家養(yǎng)動(dòng)物方面,據(jù)1999年調(diào)查結(jié)果表明,我國(guó)已滅絕的畜禽品種達(dá)19個(gè),僅近20年就滅絕了9個(gè)畜禽品種,其中牛品種3個(gè),如蕩腳牛、高臺(tái)牛;豬4個(gè),如豪桿嘴型內(nèi)江豬、大普吉豬;羊1個(gè),為棗北大尾羊;雞7個(gè),如九斤黃雞、太平雞;鴨1個(gè);鵝3個(gè),如文山鵝、思茅鵝。瀕臨滅絕的品種37個(gè),其中牛品種4個(gè),豬17個(gè),綿羊1個(gè),山羊2個(gè),馬3個(gè),雞10個(gè);數(shù)量急劇減少的品種有牛7個(gè),豬24個(gè),綿羊2個(gè),山羊2個(gè),雞5個(gè),鵝1個(gè),馬7個(gè),驢1個(gè)。二、動(dòng)物遺傳多樣性保護(hù)的意義包括馴化了的動(dòng)物(畜禽)在內(nèi)的動(dòng)物遺傳資源為人類的生存提供了主要的動(dòng)物蛋白,在人類的生活和發(fā)展中,如狩獵、運(yùn)輸、娛樂(lè)等諸多方面起著重要作用,它是同人類關(guān)系最為密切、最為直接的動(dòng)物遺傳資源。在特定的自然條件、社會(huì)經(jīng)濟(jì)條件和人工干預(yù)下,動(dòng)物在馴化過(guò)程中形成了不同的種、品種和類型,是動(dòng)物遺傳多樣性的具體表現(xiàn)形式。隨著時(shí)空的演變,社會(huì)經(jīng)濟(jì)和科學(xué)技術(shù)的飛速發(fā)展,特別是改革開放以來(lái),我國(guó)畜牧生產(chǎn)持續(xù)20年的快速增長(zhǎng),畜牧業(yè)生產(chǎn)的集約化、規(guī)模化程度越來(lái)越高,為了適應(yīng)這種生產(chǎn)模式,培育和引進(jìn)了大量品種,少數(shù)培育和引進(jìn)品種在生產(chǎn)中占了主導(dǎo)地位,使我國(guó)畜禽遺傳資源發(fā)生了一定的變化。外來(lái)品種的侵蝕和生境條件的惡化,我國(guó)畜禽遺傳多樣性的保護(hù)正受到巨大的壓力。目前34%的牛,71%的豬,44%的馬驢,20%的家禽,15%的綿羊等遺傳資源受到不同程度的威脅。無(wú)論是從保護(hù)我國(guó)古老文明遺產(chǎn)和保護(hù)畜禽遺傳資源特有基因,還是保存滿足未來(lái)需求基因的角度,我國(guó)特有動(dòng)物(畜禽)遺傳多樣性的保護(hù)都是一項(xiàng)緊迫的工作,具有十分重要的經(jīng)濟(jì)、科學(xué)和歷史文化意義。1.保護(hù)動(dòng)物遺傳資源多樣性,實(shí)現(xiàn)可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略動(dòng)物遺傳資源多樣性具有不可再生性,一旦喪失,就很難恢復(fù)。例如,在過(guò)去100年中,全球450多個(gè)牛品種已滅絕。目前,180多個(gè)國(guó)家和地區(qū)在《生物多樣性公約》簽字,說(shuō)明了動(dòng)物遺傳資源多樣性是維持人類生存的物質(zhì)基礎(chǔ),是實(shí)現(xiàn)可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略資源;隨著社會(huì)經(jīng)濟(jì)的發(fā)展,難以預(yù)測(cè)未來(lái)變化的性質(zhì)和程度,人類社會(huì)對(duì)動(dòng)物產(chǎn)品的消費(fèi)將提出新的要求。因此,僅憑少數(shù)畜禽品種維系的畜牧業(yè)不可能持續(xù)發(fā)展,只有保持畜禽品種遺傳的多樣性,才能滿足人類社會(huì)經(jīng)濟(jì)和自然發(fā)展的需要。2.培育畜禽新品種,有利于提高畜牧生產(chǎn)水平,具有重要的經(jīng)濟(jì)意義畜禽良種是建設(shè)現(xiàn)代畜牧業(yè),提高畜產(chǎn)品市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)力的基礎(chǔ)。畜禽良種的培育依賴于畜禽遺傳資源的優(yōu)良基因?,F(xiàn)代畜牧生產(chǎn)表明,畜禽遺傳資源對(duì)食物和農(nóng)業(yè)的貢獻(xiàn)率達(dá)30%~40%。目前,生產(chǎn)上普遍使用的少數(shù)畜禽品種是人工培育和改良的品種,通常是使用閉鎖繁育、級(jí)進(jìn)雜交,高強(qiáng)度的人工選擇而形成,都是為了滿足目前人類生產(chǎn)的需要,使某些有利基因純化程度較高,而控制其他性狀的未知基因消失殆盡,特別是隨著人工授精、胚胎移植等技術(shù)的廣泛應(yīng)用,只有數(shù)量很有限的公畜在繁殖后代,導(dǎo)致遺傳背景貧乏,使畜禽遺傳基礎(chǔ)越來(lái)越窄,品種進(jìn)一步改進(jìn)的潛力減小。目前的一些高產(chǎn)品種自身存在著一些嚴(yán)重缺陷,如占全球奶牛飼養(yǎng)量90%以上的荷斯坦牛抗病力差,飼養(yǎng)中,60%的?;疾煌潭鹊娜榉垦?。不同的品種對(duì)各種疫病的非特異性免疫性不同,例如,中國(guó)黃牛對(duì)焦蟲病有抗性,而歐洲牛則沒(méi)有。不同的品種具有不同的適應(yīng)范圍,而世界上的自然條件和社會(huì)條件千差萬(wàn)別,畜禽種質(zhì)資源的危機(jī),意味著畜禽種質(zhì)所攜帶基因的危機(jī)或消失,其后果是造成畜禽種質(zhì)遺傳變異越來(lái)越少。遺傳多樣性越豐富,可供選擇的遺傳基礎(chǔ)就愈豐富,育種潛力就越大,它的任何一點(diǎn)利用都可能在類型、質(zhì)量、數(shù)量上給肉、奶、蛋和毛皮等動(dòng)物在農(nóng)業(yè)上帶來(lái)創(chuàng)新,適應(yīng)不斷發(fā)展的人類社會(huì)對(duì)畜牧業(yè)的新需求。因此,滿足人類需要的家養(yǎng)動(dòng)物改良和新品種(系)的培育,依賴于家養(yǎng)動(dòng)物遺傳多樣性,為畜禽育種提供基本素材。充分發(fā)掘地方品種的優(yōu)良特性,培育適合未來(lái)市場(chǎng)需求的畜禽新品種,才能進(jìn)一步提高畜牧生產(chǎn)水平,促進(jìn)農(nóng)業(yè)和農(nóng)村經(jīng)濟(jì)的發(fā)展,具有重要的經(jīng)濟(jì)意義。3.科學(xué)研究意義生物在發(fā)展和繁衍后代的過(guò)程中,其遺傳信息DNA能準(zhǔn)確地復(fù)制并傳遞給后代,以保持遺傳性狀的相對(duì)穩(wěn)定。然而在DNA復(fù)制、傳遞和表達(dá)過(guò)程中由于受生物自身內(nèi)部的因素(酶的活性、體液酸堿度)、外界環(huán)境因素(物理或化學(xué)因素)的影響,可能引起單個(gè)堿基或堿基片段的變化,如堿基的缺失、插入、倒位、易位等,從而導(dǎo)致不同程度的遺傳變異。遺傳多樣性的存在是自然選擇和生物體自發(fā)突變動(dòng)態(tài)平衡的結(jié)果,對(duì)于一個(gè)生物群體(種、亞種)在時(shí)間上是延續(xù)不斷的,是進(jìn)化的基本單位,隨著遺傳變異的不斷積累,遺傳多樣性不斷得到豐富,遺傳多樣性變異越豐富,群體對(duì)環(huán)境變化的適應(yīng)能力越強(qiáng),進(jìn)化潛力越大。大量研究表明,生物群體遺傳變異的大小與其進(jìn)化速率成正比。因此,對(duì)遺傳多樣性進(jìn)行研究,可以揭示生物群體(物種)的進(jìn)化歷史(如起源的時(shí)間和方式),也能為進(jìn)一步分析其進(jìn)化潛力和未來(lái)命運(yùn)提供重要的資料,尤其有助于對(duì)物種稀有或?yàn)l危原因及過(guò)程的探討。保護(hù)生物遺傳多樣性對(duì)于合理而有效的利用生物資源以及保護(hù)生物遺傳資源具有十分重要的現(xiàn)實(shí)意義。通過(guò)研究種內(nèi)遺傳變異的大小,時(shí)空分布及其與環(huán)境條件的相互關(guān)系,才能采取科學(xué)有效的措施保護(hù)人類賴以生存的遺傳資源,才能挽救瀕于滅絕和受到威脅的物種。實(shí)際上人類早就注意到生物的多樣性和持續(xù)性,生物分類學(xué)上地理族、種、亞種的劃分,農(nóng)作物和動(dòng)物品種、品系的劃分就說(shuō)明了以上觀點(diǎn)?,F(xiàn)代生物技術(shù)已成為發(fā)展經(jīng)濟(jì)的重要手段,利用轉(zhuǎn)基因動(dòng)物生產(chǎn)低成本的藥用蛋白,提高畜禽生長(zhǎng)速度和繁殖力,控制人類和動(dòng)物疾病等基因的鑒別和控制技術(shù)的研究,這些都依賴于特定的動(dòng)物遺傳資源。例如,加利福尼亞大學(xué)培育成功的近交系雞被全世界廣泛用于免疫學(xué)研究。4.歷史、文化和美學(xué)意義動(dòng)物遺傳資源是伴隨著人類文明發(fā)展史——?jiǎng)游锺Z化史和自然選擇雙重作用的結(jié)果,是人類的科學(xué)文化遺產(chǎn),祖先留下的寶貴財(cái)富。我國(guó)地域遼闊、氣候類型多樣、地貌類型豐富,西南部有青藏高原的隆起,為各種生物種類的產(chǎn)生和繁衍提供了多樣性的生境,悠久的歷史和古老的文明,祖先留給我們?cè)S多優(yōu)良的獨(dú)特地方品種,使我國(guó)成為世界上動(dòng)物遺傳多樣性最豐富的國(guó)家,對(duì)這些遺傳資源進(jìn)行保護(hù)和鑒定為我國(guó)歷史文化遺產(chǎn)提供了活的見(jiàn)證。人類還從動(dòng)物遺傳資源中得到快樂(lè)和美感,例如,飼養(yǎng)寵物,參觀動(dòng)物園,自然保護(hù)區(qū)生態(tài)旅游等。三、動(dòng)物遺傳資源保存的主要問(wèn)題(一)野生動(dòng)物棲息環(huán)境惡化,生存受危程度加劇全球氣候變暖,過(guò)度放牧,草場(chǎng)沙漠化加??;人口膨脹,城市用地及工礦用地?cái)U(kuò)張,毀林開荒等使森林面積降低,造成野生動(dòng)物棲息生態(tài)環(huán)境惡化,棲息地縮小。水資源受到工業(yè)排污、農(nóng)藥、酸雨、原油的污染,使一些重要經(jīng)濟(jì)魚類的產(chǎn)卵場(chǎng)、索餌場(chǎng)受到污染,導(dǎo)致魚類和兩棲類爬行動(dòng)物資源減少。圍湖造田、筑壩修電站,使?jié)O業(yè)類棲息地減少,洄游路線阻斷,導(dǎo)致天然水域中主要經(jīng)濟(jì)魚類數(shù)量降低,珍稀水生動(dòng)物資源嚴(yán)重衰竭。例如:我國(guó)的“四大家魚”,由于自然資源減少,絕大部分依賴于人工繁殖,由于人工繁殖的局限性,導(dǎo)致物種退化,表現(xiàn)為抗逆性下降,個(gè)體縮小,生長(zhǎng)速度降低,使其遺傳多樣性呈下降趨勢(shì)。(二)外來(lái)物種入侵,造成大量本土優(yōu)良品種數(shù)量減少或喪失隨著商品經(jīng)濟(jì)的發(fā)展,追求當(dāng)前片面的高效益,大量引進(jìn)外來(lái)畜禽新品種,漁業(yè)新品種,對(duì)有重要遺傳資源的本地品種進(jìn)行雜交,同時(shí),造成生存競(jìng)爭(zhēng),致使本地品種遭到淘汰,造成數(shù)量減少甚至滅絕,動(dòng)物的遺傳多樣性降低。在豬、牛、羊、家禽方面,生產(chǎn)中大力推廣二元和三元雜交,飼養(yǎng)洋三元豬,導(dǎo)致地方畜禽良種數(shù)量的減少和滅絕。如:我國(guó)21個(gè)地方畜禽良種數(shù)量減少,93%的豬,35%的牛的種質(zhì)資源受到不同程度的威脅;上海的蕩腳牛、江蘇的九斤黃雞、棗北大尾羊、項(xiàng)城豬已完全滅絕;云南的湖泊散養(yǎng)外地魚種后導(dǎo)致本地九種稀有魚種消失;蝦夷扇貝的引進(jìn)已威脅到本地的櫛孔扇貝。(三)動(dòng)物遺傳資源收集與保護(hù)力度不夠,研發(fā)水平低我國(guó)政府歷來(lái)重視動(dòng)物遺傳資源的保護(hù)工作,在全國(guó)各地建設(shè)了規(guī)模較大的動(dòng)物遺傳資源基因庫(kù),如:建設(shè)了78個(gè)畜禽保種場(chǎng),1551個(gè)自然保護(hù)區(qū)。然而,我國(guó)地域廣闊,生態(tài)區(qū)系復(fù)雜,歷史悠久,具有豐富的種質(zhì)資源,還有大量的畜禽、漁業(yè)、野生動(dòng)物遺傳資源處于未知狀況,種群遺傳結(jié)構(gòu)不清楚。遺傳資源保護(hù)與研究系統(tǒng)不健全,相互之間缺少聯(lián)系。我國(guó)動(dòng)物遺傳資源保護(hù)絕大部分工作停留在收集、表型鑒定上,例如:我國(guó)2005年開始的全國(guó)畜禽種質(zhì)資源大規(guī)模普查工作也沒(méi)有涉及分子水平研究。國(guó)際上發(fā)達(dá)的國(guó)家(如:美國(guó)、英國(guó))已經(jīng)普遍深入到分子水平,采用分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)動(dòng)物遺傳資源進(jìn)行鑒定,并開發(fā)出一些對(duì)人類有重大作用的基因。我國(guó)動(dòng)物遺傳資源基因型鑒定還處于起步階段,遺傳資源創(chuàng)新研究工作薄弱,專門保護(hù)種質(zhì)資源的家畜野生親緣種不多,家養(yǎng)畜禽品種資源的收集、整理、鑒定有許多工作要作,原位保存難度大,異位保存存在技術(shù)難度,例如:魚類胚胎超低溫保存技術(shù)有待進(jìn)一步研究。(四)缺少系統(tǒng)的管理法規(guī)和權(quán)威的管理機(jī)制盡管我國(guó)政府和有關(guān)行政部門頒布了一些動(dòng)物遺傳資源管理的法規(guī)制度,如:《種畜禽管理?xiàng)l例》、《水產(chǎn)資源繁殖保護(hù)條例》、《畜牧法》等。然而,這些法規(guī)對(duì)畜禽遺傳資源的出境管制、利益分享沒(méi)有涉及到,也沒(méi)有健全配套的管理制度和保護(hù)措施。工作體系不健全,對(duì)動(dòng)物遺傳資源的管理不規(guī)范,多部門管理,各施其政,難以協(xié)調(diào)整合和統(tǒng)一行動(dòng),尚未設(shè)立國(guó)家物種資源管理機(jī)構(gòu),未能統(tǒng)籌規(guī)劃國(guó)家動(dòng)物遺傳資源調(diào)查與收集、引種與交換、整理和保存、評(píng)價(jià)與利用等工作平臺(tái)。由于缺乏健全的管理法規(guī),資源調(diào)查與收集無(wú)權(quán)威機(jī)構(gòu)審批,出現(xiàn)亂采亂收現(xiàn)象,許多資源外流嚴(yán)重,呈現(xiàn)了有損國(guó)家種質(zhì)資源主權(quán)和安全的混亂局面。有法不依、執(zhí)法不力、管理不能到位,由于執(zhí)法不力,非法偷獵越演越烈,例如:1985—1987年,大熊貓被獵殺62只,不少國(guó)家珍稀動(dòng)物如:馬鹿、藏羚羊被獵殺,每年高達(dá)幾萬(wàn)只,非法引進(jìn),輸出的遺傳資源遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)官方正規(guī)渠道交換的進(jìn)出口數(shù)量。(五)經(jīng)費(fèi)投入不足,科技隊(duì)伍不穩(wěn)定我國(guó)動(dòng)物遺傳資源工作尚無(wú)固定經(jīng)費(fèi)投入,依賴科研項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)維持其運(yùn)行。美國(guó)參與遺傳資源研究和管理人員平均經(jīng)費(fèi)10萬(wàn)美元,第三世界國(guó)家的印度,保存資源20萬(wàn)份,每份年耗資5.5美元,我國(guó)年飼養(yǎng)400頭以上的豬、牛保種場(chǎng),國(guó)家年投入100~300萬(wàn)元,其維持舉步艱難,不能開展正常的科研工作,導(dǎo)致科技隊(duì)伍不穩(wěn)定,大量從事資源工作的科技人員流失,嚴(yán)重影響了種質(zhì)資源發(fā)展戰(zhàn)略和系統(tǒng)工作的展開。(六)國(guó)際合作較少我國(guó)畜禽種質(zhì)資源的收集絕大部分限于國(guó)內(nèi),與國(guó)際合作機(jī)會(huì)較少,多數(shù)發(fā)達(dá)國(guó)家已開展國(guó)外種質(zhì)資源的引進(jìn),如:美國(guó)有80%的遺傳資源來(lái)自國(guó)外,俄羅斯也有50%來(lái)自國(guó)外。動(dòng)物遺傳多樣性的評(píng)價(jià)方法在進(jìn)行動(dòng)物遺傳資源保護(hù)之前為了制定保存開發(fā)利用的政策,戰(zhàn)略和行動(dòng)計(jì)劃,需要明確了解遺傳資源的基本狀況,對(duì)其遺傳多樣性進(jìn)行評(píng)估,以發(fā)布相關(guān)信息和引起社會(huì)各界的關(guān)注。動(dòng)物遺傳多樣性可以從形態(tài)特征、細(xì)胞學(xué)特征、生理特征、基因位點(diǎn)及DNA序列等不同方面來(lái)體現(xiàn),若要實(shí)現(xiàn)遺傳資源合理的系統(tǒng)保護(hù)與開發(fā)利用的措施,須確定與各物種相適應(yīng)的評(píng)價(jià)內(nèi)容,并采取與之相適應(yīng)的評(píng)價(jià)方法,對(duì)該物種的遺傳多樣性進(jìn)行準(zhǔn)確、科學(xué)的評(píng)價(jià),為物種保存與利用的決策、措施提供科學(xué)的依據(jù)。一、動(dòng)物遺傳資源評(píng)價(jià)的內(nèi)容動(dòng)物遺傳資源評(píng)價(jià)除動(dòng)物物種自身的遺傳信息作為評(píng)價(jià)的主要內(nèi)容外,還應(yīng)包括與遺傳資源相關(guān)的信息,如分布地域的地理信息,保護(hù)計(jì)劃等,動(dòng)物遺傳資源評(píng)價(jià)的主要內(nèi)容有如下幾方面:1.種群資源信息包括種群規(guī)模大小、主要分布地域、主要體型外貌特征、生產(chǎn)性能、特有種質(zhì)特性、抗病力、遺傳結(jié)構(gòu)、起源與進(jìn)化關(guān)系、受危程度。2.主要棲息地的自然生態(tài)條件包括氣候特點(diǎn)、土壤性質(zhì)及農(nóng)作物種類。3.影響遺傳資源變動(dòng)的因素人為因素、自然條件的變化狀況、外來(lái)物種的入侵狀況。4.保護(hù)措施特定區(qū)域的劃定、保護(hù)設(shè)施的建設(shè)情況、維持的方法和保護(hù)計(jì)劃。5.資金的投入和隊(duì)伍建設(shè)資金的來(lái)源渠道,包括政府撥款、募捐、項(xiàng)目資金,資金的使用計(jì)劃、日常維持人員、科技人員。6.遺傳資源的采集和分析對(duì)動(dòng)物遺傳資源進(jìn)行普查,確定遺傳資源采集的數(shù)量、采集方法、并對(duì)所收集的物種資源進(jìn)行常規(guī)和分子水平的分析。 此外,評(píng)價(jià)的內(nèi)容還包括遺傳資源保護(hù)的主要問(wèn)題、建議書和建議活動(dòng)。二、動(dòng)物遺傳資源評(píng)價(jià)的方法動(dòng)物遺傳資源評(píng)價(jià)的方法多種多樣,不同的技術(shù)方法從不同角度,不同層次揭示居群的遺傳信息。20世紀(jì)50年代中期以前,主要采用觀察測(cè)量的方法對(duì)居群的毛色、體態(tài)等外部形態(tài)特征、地理分布的多樣性進(jìn)行分析。20世紀(jì)60年代以來(lái),隨著細(xì)胞遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展,蛋白質(zhì)電泳技術(shù)的出現(xiàn),對(duì)物種染色體的數(shù)目、形態(tài)及帶型,基因表達(dá)產(chǎn)物(酶、蛋白質(zhì)),血型,抗原和抗體的多態(tài)性進(jìn)行了研究。外部特征數(shù)量有限,且受環(huán)境影響大,不能真實(shí)反映物種的多態(tài)性;易于分析的蛋白質(zhì)的主要變異體種類很小,從而限制了蛋白質(zhì)電泳技術(shù)作為物種多樣性研究的利用。動(dòng)物居群遺傳變異其實(shí)質(zhì)是遺傳物質(zhì)DNA的差異,直接研究DNA的變異更具有重要意義。近20年來(lái),隨著分子技術(shù)的迅速發(fā)展,以分子雜交和PCR為基礎(chǔ)的分子實(shí)驗(yàn)技術(shù),在DNA分子水平研究居群的遺傳結(jié)構(gòu)差異,起源分化,地理分布差異等方面得到了廣泛應(yīng)用,為揭示動(dòng)物多樣性的本質(zhì)發(fā)揮著重要作用。DNA分析具有以下幾方面的優(yōu)點(diǎn):(1)直接以DNA形式出現(xiàn),無(wú)上位效應(yīng),不受環(huán)境的影響;(2)多態(tài)性豐富,幾乎遍及生物體整個(gè)基因組;(3)根據(jù)研究目的的不同,可從基因組中提取所需的遺傳標(biāo)記;(4)分析材料獲得的面廣,不僅可以從現(xiàn)存的生物體,還可從殘留的痕跡(微量材料)、陳舊材料(標(biāo)本、保存年代上100年、化石)中提取DNA并進(jìn)行分析;(5)從分析方法講,各種類型的DNA基本上通用。(一)動(dòng)物遺傳多樣性檢測(cè)的方法 1.形態(tài)學(xué)方法就是對(duì)動(dòng)物形態(tài)特征和表型性狀的描述來(lái)檢測(cè)遺傳變異,形態(tài)特征和表型性狀是遺傳變異最直接的表觀,形態(tài)特征主要包括體型特征、毛色、角型、冠型、頭型、膚色、成年畜禽的各種體尺等方面進(jìn)行描述。動(dòng)物性狀包括質(zhì)量性狀和數(shù)量性狀2兩大類,對(duì)數(shù)量性狀的研究采用數(shù)量遺傳學(xué)的方法,將遺傳因素和環(huán)境因素區(qū)分開來(lái),同時(shí)分析遺傳和環(huán)境的交互作用。缺點(diǎn)是表型變化并不能如實(shí)反映遺傳變異。2.細(xì)胞遺傳學(xué)方法細(xì)胞遺傳學(xué)方法是在染色體水平檢測(cè)遺傳變異,即進(jìn)行核型分析,染色體變異主要體現(xiàn)為染色體組型特征的變異,包括染色體數(shù)目、形態(tài)和結(jié)構(gòu)變異。染色體多樣性檢測(cè)主要對(duì)細(xì)胞分裂時(shí)期染色體的數(shù)目和形態(tài)特征(如相對(duì)長(zhǎng)度、臂比值、著絲點(diǎn)位置、臂指數(shù)等)加以分析,即核型分析。不同種類的生物或同種生物的核型不同。但某些種類,特別是種以下水平居群間,其組型和染色體特征差異不明顯,則必須對(duì)染色體進(jìn)行分帶處理,顯示深淺不同的染色體帶紋,如C帶、Q帶、G帶、R帶、T帶等。顯然,細(xì)胞學(xué)標(biāo)記的數(shù)目也很有限。3.蛋白質(zhì)檢測(cè)方法采用電泳技術(shù)按照蛋白質(zhì)的靜電荷和相對(duì)分子質(zhì)量把不同形式的蛋白質(zhì)分開,測(cè)定某一蛋白質(zhì)位點(diǎn)的遺傳變異水平。某一物種DNA全基因組中有一個(gè)堿基發(fā)生變化,導(dǎo)致mRNA堿基組分的變化,其中一些變化會(huì)引起翻譯的蛋白質(zhì)的改變,通過(guò)電泳,不同蛋白質(zhì)在凝膠中的遷移位置不同,特定位點(diǎn)的蛋白通過(guò)專一的酶活性用組織化學(xué)染色而檢測(cè)出來(lái)。蛋白電泳通常采用含有各種大量可溶性蛋白質(zhì)的組織和器官,如動(dòng)物的血液,肝臟等作為試驗(yàn)材料。蛋白質(zhì)檢測(cè)中常見(jiàn)的有血液蛋白多態(tài)性分析和同工酶分析2種方法。4.分子生物學(xué)方法隨著分子生物技術(shù)的發(fā)展,許多學(xué)者將分子生物技術(shù)的方法應(yīng)用于遺傳資源的評(píng)價(jià),從分子水平研究畜禽品種的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)及其系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,為畜禽遺傳資源的保護(hù)和利用提供了最直接的理論依據(jù)。目前,采用的主要方法有:限制性酶切片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析,擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性(AFLP)分析,隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA(RAPD)分析,單位點(diǎn)微衛(wèi)星多態(tài)性分析,序列標(biāo)記微衛(wèi)星分析,DNA單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析,DNA序列測(cè)定及基因芯片分析技術(shù)。(二)動(dòng)物遺傳多樣性評(píng)價(jià)指標(biāo)1.平均數(shù)和變異系數(shù)對(duì)表型性狀進(jìn)行測(cè)量后,利用生物統(tǒng)計(jì)學(xué)方法計(jì)算性狀的平均數(shù)和變異系數(shù),并進(jìn)行差異顯著性檢驗(yàn)。2.基因和基因型頻率基因頻率指某一位點(diǎn)上不同的等位基因所占的比例;基因型頻率指一個(gè)群體中某一性狀的各基因型間的比率。3.遺傳平衡檢驗(yàn)利用基因型頻率,采用X2檢驗(yàn),檢驗(yàn)群體遺傳結(jié)構(gòu)是否符合哈代-溫伯格平衡定律,用于衡量群體遺傳的波動(dòng)情況。4.遺傳變異的度量參數(shù)大多數(shù)生物的自然群體具有大量的遺傳變異,在一個(gè)群體中,存在兩個(gè)和多個(gè)有著相當(dāng)高頻率(通常大于1%)的等位基因時(shí)就稱為遺傳多態(tài)性。一個(gè)座位的遺傳多態(tài)性是由各種突變產(chǎn)生的,如核苷酸替代、插入、缺失、基因轉(zhuǎn)換和等位基因間的重組等,遺傳多樣性依賴于群體多態(tài)性程度的測(cè)度。要評(píng)價(jià)一個(gè)群體的遺傳變異就必須研究多個(gè)座位,理想的方案是研究所有的遺傳座位,但實(shí)際上這是不可能的。因此,一個(gè)群體的遺傳變異通常是通過(guò)從基因組中隨機(jī)抽取不同的座位來(lái)研究。一個(gè)群體中遺傳變異度量適宜的尺度是平均期望雜合度,核苷酸多樣性,核苷酸替代平均數(shù)目。(1)平均期望雜合度:平均期望雜合度又稱基因多樣度,一個(gè)座位的基因多樣度定義為:h=1-,Xi是第i個(gè)等位基因的群體頻率,q是等位基因的數(shù)目。實(shí)際上,我們并不知道群體的等位基因頻率,所以需要從群體中抽取m個(gè)個(gè)體進(jìn)行估計(jì)。對(duì)于二倍體生物,一個(gè)共顯性座位上的等位基因Ai的頻率為:=,是基因型的樣本頻率,這個(gè)座位上的基因多樣性為:=2m(1-)/(2m-1),當(dāng)研究L個(gè)座位時(shí),平均基因多樣性估算為:/L(公式17-1)(2)核苷酸多態(tài)性:一個(gè)不依賴于樣本大小m的DNA多態(tài)性的測(cè)度是兩個(gè)序列間每個(gè)位點(diǎn)上核苷酸差異的平均值或是核苷酸多樣性。定義為:π=(公式17-2)q是不同等位基因序列的總數(shù),Xi是第i個(gè)等位基因的群體頻率,dij是第i個(gè)和第j個(gè)等位基因間每個(gè)座位的核苷酸差異數(shù)。在一個(gè)隨機(jī)交配群體中,π是核苷酸水平上的雜合度,可由下式估算:=(公式17-3)(3)核苷酸替代平均數(shù)目:群體間DNA差異由核苷酸替代平均數(shù)目度量。假定在一個(gè)特定的DNA區(qū)域上有q種不同的等位基因并且分別從群體X和Y中抽取Mx和My條序列,設(shè)Xi和Yi分別為群體X和Y的第i種等位基因的樣本頻率。在群體X(dx:核苷酸多樣性)中的一對(duì)隨機(jī)等位基因的核苷酸替代平均數(shù)目可由下式估計(jì):(公式17-4)5.遺傳距離估計(jì)數(shù)學(xué)模型群體中多態(tài)座位或多態(tài)序列類型即單倍型是遺傳進(jìn)化的基本形式,是核苷酸隨時(shí)間變化而發(fā)生的序列改變。這種變化既可用來(lái)估計(jì)進(jìn)化的速率,又可用于重建生物的進(jìn)化史。我們所觀察到的序列類型間的變異是幾十萬(wàn)乃至數(shù)百萬(wàn)年進(jìn)化的結(jié)果,因此,必須借助給定序列與進(jìn)化上共有祖先序列的比較,并建立核苷酸替換概率的數(shù)學(xué)模型,依此計(jì)算各單倍型或群體間的遺傳距離,重建研究對(duì)象的進(jìn)化史。目前,常用的數(shù)學(xué)模型有:(1)P距離模型:該距離描述序列分歧大小的測(cè)度是兩條后裔序列中不同核苷酸位點(diǎn)的比例。(公式17-5)為估計(jì)核苷酸間的P距離,nd和n分別為所檢測(cè)的兩序列間不同核苷酸數(shù)和配對(duì)總數(shù)。該方法計(jì)算簡(jiǎn)單,較粗糙,但比較序列間的距離小時(shí)(p﹤0.1),用它構(gòu)建的系統(tǒng)樹與復(fù)雜方法構(gòu)建的結(jié)果實(shí)質(zhì)上一致.(2)Jukes-Cantor距離模型:該模型假設(shè)任一位點(diǎn)的核苷酸替代都是以相同頻率發(fā)生的,每種核苷酸的替代速率相等,均為3α(α為核苷酸替代速率),遺傳距離為:d=-(3/4)ln[1-(4/3)p]p=1-q為X與Y間不同核苷酸的比例;q為X與Y間相同核苷酸的比例。(3)Kimura兩參數(shù)距離模型:在實(shí)際數(shù)據(jù)中,轉(zhuǎn)換替代速率常高于顛換速度,基于此情況,Kimmura(1980),提出一種估計(jì)每個(gè)位點(diǎn)核苷酸替代數(shù)的方法。該模型中,每年每個(gè)位點(diǎn)轉(zhuǎn)換替代率(α)不同于顛換替代率(2β)。對(duì)轉(zhuǎn)換對(duì)(Q)和顛換對(duì)(P)的每一個(gè)總頻率進(jìn)行估計(jì):P=(1/4)(1-2e-4(α+β)t+e-8βt)(公式17-6)Q=(1/2)(1-e-8βt)(公式17-7)d=P+Q(公式17-8)動(dòng)物線粒體DNA中轉(zhuǎn)換替代數(shù)通常大于顛換替代數(shù)(Brown等;1982),木村(1980)為此將轉(zhuǎn)換和顛換速率分開,建立了基于轉(zhuǎn)換速率α和顛換速度β的雙參數(shù)最大似然估計(jì)。(4)Tajima-Nei距離模型:該模型假設(shè)核苷酸頻率的靜態(tài)分布來(lái)估計(jì)替代數(shù)d,其基礎(chǔ)是等輸入模型。d=-bln(1-p/b)(公式17-9)b=(1/2)[1-+p2/c](公式17-10)C=/2gigj(公式17-11)實(shí)際上,由于核苷酸替代速率不等,b通常小于3/4,該方法可得到優(yōu)于Jukes-Cantor模型的核苷酸替代數(shù)估計(jì)。(5)Tamura距離模型:真實(shí)數(shù)據(jù)中,不同核苷酸頻率不等,且GC含量常常偏離0.5,為此,Tamura(1992)提出了一種估計(jì)d值的方法,此模型是將Kimura兩參數(shù)模型擴(kuò)展到不同GC含量的情況。d=hln(1-p/h-Q)-(1/2)(1-h)ln(1-2Q)(公式17-12)h=2θ(1-θ),θ為GC含量。(公式17-13)(6)Tamura-Nei距離模型構(gòu)建系統(tǒng)樹中常用的數(shù)學(xué)模型之一是Hasegawa等(1985)提出的最大似然模型(HKY模型),該模型中的公式十分復(fù)雜。Tamura和Nei(1993)在此基礎(chǔ)上提出了一般化更便于適用的計(jì)算方法,它包括作為特例的HKY模型并可獲得d的解析解。6.系統(tǒng)發(fā)育分化推斷方法不同的基因或DNA片段的進(jìn)化速率存在較大的差異,我們可以通過(guò)這些基因或DNA片段來(lái)研究幾乎所有水平上的有機(jī)體(屬、種以及種內(nèi)群體)的進(jìn)化關(guān)系。系統(tǒng)發(fā)育分析就是闡明多基因家族的進(jìn)化式樣及分子水平上適應(yīng)性進(jìn)化的進(jìn)程。某些統(tǒng)計(jì)方法用于分子數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)育分析,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,對(duì)居群的系統(tǒng)發(fā)育和演化進(jìn)行推斷。(1)距離法:在距離法中首先獲得所有分類群間的進(jìn)化距離,系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建基于距離值之間的關(guān)系,已被證明能有效用于實(shí)際數(shù)據(jù)分析的方法有:1)算術(shù)平均不加權(quán)的組對(duì)法(UPGMA):該方法最早由Sokal和Michener(1958)提出,目前使用的是SreathandSokal(1973)改進(jìn)的方法。進(jìn)化距離測(cè)度通過(guò)對(duì)所有的物種對(duì)或序列對(duì)計(jì)算獲得:dAB=(公式17-14)r、s分別表示聚合A和聚合B內(nèi)的種數(shù),dij是聚合A中的種i和聚合B中的種j間的距離,兩個(gè)聚合之間的分支點(diǎn)為dAB/2。當(dāng)基因替代速度恒定或具有較小變異系數(shù)的距離測(cè)度時(shí),用基因頻率數(shù)據(jù)來(lái)重建系統(tǒng)發(fā)育樹時(shí),能構(gòu)建出較其他距離法更好的樹。檢驗(yàn)UPGMA樹的可靠性可使用內(nèi)部分支檢驗(yàn)或自展法檢驗(yàn)。2)最小二乘(LS)法:實(shí)際中譜系間的核苷酸替代速度不同,UPGMA法常給出錯(cuò)誤的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。為此,avalli-sforza和Edwards(1967)提出了用最小二乘(LS)法構(gòu)建拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的方法。該方法采用最小二乘法估計(jì)分支長(zhǎng)度(d),再估計(jì)殘差平方和(Rs),Rs最小的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)即為最終的樹:Rs=(公式17-15)各種拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)確立以分支換算法來(lái)檢驗(yàn)。3)最小進(jìn)化(ME)法:該方法是所有分支長(zhǎng)度估計(jì)的和為:S=(公式17-16)所有可能的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)都要計(jì)算出S值,具有最小S值的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)被挑選作為最優(yōu)樹。bi表示對(duì)第i支長(zhǎng)度的估計(jì),T是分支的總數(shù)。采用Z檢驗(yàn)來(lái)檢驗(yàn)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。(2)鄰接(NJ)法:ME法有較好的統(tǒng)計(jì)學(xué)特性,但物種數(shù)目較大時(shí),需要相當(dāng)長(zhǎng)的計(jì)算時(shí)間,Saiou和Nei(1987)基于最小進(jìn)化原理,提出了鄰接(NJ)構(gòu)樹方法,并認(rèn)為是簡(jiǎn)化的ME法。(3)最大簡(jiǎn)約法(MP):Fitch(1971)和Hartigan(1973)發(fā)展了一種嚴(yán)謹(jǐn)?shù)腗P算法,用于核苷酸序列數(shù)據(jù),考慮4個(gè)或4個(gè)以上的核苷酸序列(m4),假設(shè)4種核苷酸可突變?yōu)榕c自身不同的任何一種,這樣對(duì)于任一給定的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),可以推斷每個(gè)位點(diǎn)的祖先狀況,對(duì)這一拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)計(jì)算出用來(lái)解釋整個(gè)進(jìn)化過(guò)程所需核苷酸的最小替代數(shù)目,對(duì)所有可能正確的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)進(jìn)行這種計(jì)算并挑選出所需替代的最小拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)作為最優(yōu)系統(tǒng)樹。構(gòu)建MP系統(tǒng)樹首先估計(jì)核苷酸的最小替代數(shù)目(樹長(zhǎng)),然后確定MP樹。當(dāng)所分析的序列數(shù)或類群數(shù)(m)﹤10時(shí),尋找MP的方法可采用窮盡式搜索;m﹥10時(shí),采用啟發(fā)式搜索,可通過(guò)分支限界法,核心樹和分類群加入的順序等算法提高獲得MP樹的概率。最后建立一個(gè)可以代表所有等價(jià)簡(jiǎn)約樹的復(fù)合樹即一致樹。檢驗(yàn)自展一致樹可靠的有效途徑就是使用自展法檢驗(yàn)。(4)最大似然法(ML):Felsenstein(1981)提出的基于核苷酸序列數(shù)據(jù)的一種用最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)樹的算法。ML法以一個(gè)特定的替代模型分析既定的一組序列數(shù)據(jù),使所獲得的每一個(gè)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的似然率均為最大,挑出其最大似然率最大的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)選為最終樹。所考慮的參數(shù)不是拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)而是每個(gè)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的枝長(zhǎng),并對(duì)似然率求最大值來(lái)估計(jì)枝長(zhǎng)。ML法獲得系統(tǒng)樹的方法與ME法、MP法相似。遺傳多樣性保護(hù)理論和方法動(dòng)物遺傳多樣性保護(hù)就是保存物種群體的遺傳多樣性,即種質(zhì)的多樣性,其實(shí)質(zhì)是保護(hù)種群的各類遺傳變異,也就是保存一個(gè)群體的基因庫(kù)平衡,使其每個(gè)基因不被丟失,達(dá)到這一目的的技術(shù)理論采用群體遺傳學(xué)的哈代-溫伯格平衡定律,即在隨機(jī)交配的大群體中,在沒(méi)有選擇、遷移、突變等因素的影響下,基因頻率在各世代間保持恒定不變。任何引起基因頻率變化的因素都會(huì)造成平衡的變化。動(dòng)物遺傳多樣性保護(hù)有原位保存和異位保存兩2種方式,原位保存就是在自然生態(tài)環(huán)境條件下維持一個(gè)活體動(dòng)物群體;異位保存就是利用精液、胚胎、細(xì)胞和DNA文庫(kù)保存物種群體的遺傳資源。通常,保護(hù)的物種群體都是小群體,小型群體會(huì)發(fā)生近交,增加遺傳多樣性喪失的風(fēng)險(xiǎn)。對(duì)近交衰退,基因流的降低、遺傳漂變、有害突變的積累等遺傳學(xué)知識(shí)的應(yīng)用有助于物種保護(hù),以減緩物種滅絕。一、原位保存的群體遺傳學(xué)基礎(chǔ)遺傳多樣性保護(hù)的結(jié)果主要是防止近交造成的衰退,防止近交衰退的主要技術(shù)理論是近交系數(shù)在世代間變化要小,通常用近交增量(△F)來(lái)表示,決定群體近交系數(shù)增量大小的參數(shù)為群體有效含量(Ne),群體有效含量指與實(shí)際群體有相同基因頻率方差或相同的雜合度衰減率的理想群體含量。當(dāng)初始群的近交系數(shù)為零時(shí),第t代的近交系數(shù)Ft與近交增量的關(guān)系為:Ft=1-(1-△F)t影響保種群體近交系數(shù)增加的主要因素有:有效群體含量,公母性別比例,留種方式,交配體系,世代重疊及世代間隔等。1.有效群體含量動(dòng)物在實(shí)際保種群中,群體規(guī)模大小不等,導(dǎo)致有效群體大小不等,小型群體產(chǎn)生遺傳漂變,導(dǎo)致近交系數(shù)增量發(fā)生變化,若群體中公母的數(shù)量分別為Nm和Nf,則有:Ne=1/4Nm+1/4Nf(公式17-17)△F=1/2Ne(公式17-18)ne=1/4Nm+1/4Nf2.群體公母比例在實(shí)際的保種群中,繁殖個(gè)體雄性和雌性數(shù)目經(jīng)常不等,通常使用較少的雄性和較多的雌性較經(jīng)濟(jì),有效群體含量比實(shí)際群體規(guī)模要少。雄性數(shù)量(Nm)和雌性數(shù)量(Nf)與近交系數(shù)增加近似關(guān)系:△F=1/8Nm+1/8Nf(公式17-19)3.留種方式保種群中通常希望盡可能低的近交系數(shù),除增加群體數(shù)量外,通過(guò)親本個(gè)體的選擇,減少家系大小的方差,使其低于隨機(jī)數(shù)量,從而增加有效群體含量來(lái)降低近交系數(shù)增量。采用家系等量留種,即每對(duì)親本的后裔中選留公母各一個(gè)個(gè)體,群體的有效含量近似的為Ne=2N;若采用隨機(jī)留種,各家系留種雌雄數(shù)目不等,則有:△F=3/32Nm+1/32Nf(公式17-20)4.世代重疊在保種群中,現(xiàn)存的個(gè)體都處于不同的年齡和不同的生活周期階段,世代不是分離的而是重疊的,終身壽命的差異加上繁殖力的差異,增加了家系大小的方差,從而導(dǎo)致有效群體數(shù)目的變化。Ne=4NeL/(VK+2)(公式17-21)式中:Ne=Nt/E,Nt:統(tǒng)計(jì)時(shí)存活總數(shù),E:平均壽命,L:世代間隔,即后裔出生時(shí)雙親的平均年齡,VK:家系大小方差??梢?jiàn),延長(zhǎng)世代間隔,可增加有效群體含量,從而降低近交系數(shù)增量。5.世代間群體數(shù)量不等群體在不同世代間數(shù)目是變化的,對(duì)于t世代而言,平均群體有效含量是每一世代中的數(shù)目的調(diào)和平均值,在t世代的整個(gè)期間為:1/Ne=[1/t]×[1/N1+1/N2+…+1/Nt](公式17-22)則有:△F=[1/2t]×[1/N1+1/N2+…+1/Nt](公式17-23)6.交配體系近交使純合基因頻率增加,雜合基因頻率降低,導(dǎo)致基因丟失。在隨機(jī)交配的基礎(chǔ)上,避免全同胞、半同胞、親子等親緣關(guān)系較近的個(gè)體間交配。將群體劃分為不同的亞群體(品系),不同亞群體的親緣關(guān)系較遠(yuǎn),在亞群體間采用輪回交配,避開有親緣關(guān)系個(gè)體間的交配,可有效地控制近交系數(shù)增長(zhǎng)過(guò)快。二原位保存的基本方法根據(jù)上述群體遺傳學(xué)的基本原理,為了在整體上保存一個(gè)品種的遺傳結(jié)構(gòu)穩(wěn)定,一般應(yīng)采用以下的措施:1.制定保種計(jì)劃保種只保護(hù)生產(chǎn)性能優(yōu)良、具有特殊性能和潛在價(jià)值的品種,保種計(jì)劃中包括保種的目的、保種地點(diǎn)、保種群大小、保種的年限及繁育方法等。2.品種調(diào)查摸清各品種的數(shù)量、分布及生產(chǎn)性能,尤其是特殊性能和潛在價(jià)值的性能,并對(duì)品種資源進(jìn)行評(píng)估。3.選擇保種基地保種基地一般選擇在主產(chǎn)地區(qū)。該基地有明確的地理界限,基地內(nèi)不能飼養(yǎng)相同畜種的其他品種,便于生殖和地理隔離,基地內(nèi)飼料資料應(yīng)豐富,有足夠的面積支撐載畜量。4.建立適度規(guī)模的保種核心群選擇符合品種條件的優(yōu)秀純種組成核心群,個(gè)體無(wú)親緣關(guān)系。保種規(guī)??筛鶕?jù)各代近交系數(shù)增量的要求進(jìn)行確定,一般要求每代F小于0.5%,豬、羊等中等大小家畜的群體有效含量應(yīng)為200頭,牛、馬等大家畜的群體有效含量應(yīng)為100頭,并且要保證有足夠的公畜,以維持一定的性別比例。5.實(shí)行各家系等量留種在每一世代留種時(shí),實(shí)行每一公畜后代中選留一頭公畜,每一母畜后代中選留相同數(shù)量的母畜,并且盡量保持每個(gè)世代的群體規(guī)模一致。6.制定合理的交配制度在保種群體中避免全同胞、半同胞交配的不完全隨機(jī)交配制度,或采取非近交的公畜輪回配種制度,可以降低群體近交系數(shù)增量。也可以采用劃分亞群,并結(jié)合亞群間輪回交配的方式。此外,適當(dāng)延長(zhǎng)世代間隔,也可以降低群體近交系數(shù)增量;外界環(huán)境條件要相對(duì)穩(wěn)定,控制污染源,防止基因突變。三、新技術(shù)在遺傳多樣性保護(hù)中的應(yīng)用傳統(tǒng)的保種方法具有投入經(jīng)費(fèi)大、消耗的人力、物力資源多的缺陷,同時(shí),保種過(guò)程難以避免的技術(shù)難點(diǎn)是近交系數(shù)的增加,使純合基因型增加,雜合基因型減少,導(dǎo)致遺傳多樣性降低,隨著冷凍生物技術(shù)、分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用,這些新技術(shù)在動(dòng)物遺傳多樣性保護(hù)方面發(fā)揮越來(lái)越重要的作用。1.冷凍精液保存技術(shù)自20世紀(jì)50年代英國(guó)的smith和Polge研究牛冷凍精液保存方法取得成功后,經(jīng)過(guò)50多年的發(fā)展,精液的冷凍保存技術(shù)對(duì)大多數(shù)動(dòng)物的精液進(jìn)行長(zhǎng)期保存已基本可行,特別是奶牛、黃牛、水牛、綿羊、山羊的冷凍精液技術(shù)已經(jīng)廣泛使用。豬、馬、家禽等動(dòng)物的精液冷凍效果有待進(jìn)一步提高。冷凍精液保存技術(shù)就是采集雄性動(dòng)物的精液,加入稀釋劑和保護(hù)液以顆?;蚣?xì)管的方式,在-196℃的溫度下進(jìn)行保存。目前,世界上大多數(shù)國(guó)家已建立動(dòng)物凍精庫(kù),動(dòng)物凍精保存不受時(shí)間、區(qū)域和動(dòng)物壽命的限制;凍精保種只能保存品種50%的遺傳基因,若要獲得與現(xiàn)有遺傳特征基本一致的品種,必須通過(guò)人工授精對(duì)動(dòng)物進(jìn)行多世代的回交。2.冷凍胚胎保存技術(shù)哺乳動(dòng)物的冷凍胚胎自20世紀(jì)70年代首獲成功,目前,已在奶牛、黃牛、水牛、山羊、綿羊、兔、小鼠等20多種哺乳動(dòng)物上獲得成功,牛的冷凍胚胎在北美、歐洲一些地區(qū)已進(jìn)入商業(yè)化階段,大規(guī)模地應(yīng)用于養(yǎng)牛生產(chǎn)。胚胎來(lái)源有活體超數(shù)排卵及體外受精(IVF)2種方法。我國(guó)農(nóng)業(yè)部已建立畜禽種質(zhì)資源保存利用中心,已冷凍保存牛、羊等家畜的凍胚2000多枚。冷凍胚胎保存動(dòng)物遺傳資源與其他保存技術(shù)相比具有突出的優(yōu)越性,胚胎保存了品種的全部基因,若有數(shù)量充足的胚胎,可保存與現(xiàn)有物種遺傳多樣性一致的遺傳資源。細(xì)胞可以在超低溫條件下長(zhǎng)期保存,即使活物消失,只要存在同種物種,通過(guò)胚胎移植和核移植技術(shù)就可恢復(fù)這些遺傳資源,因此,在保護(hù)動(dòng)物遺傳資源,尤其是挽救瀕危動(dòng)物方面,冷凍胚胎技術(shù)發(fā)揮越來(lái)越重要的作用。當(dāng)然,冷凍胚胎亦存在潛在的危險(xiǎn),就是經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期的超低溫保存,是否引起配子的遺傳變異現(xiàn)在無(wú)法評(píng)估。3.建立DNA文庫(kù)的基因保存技術(shù)遺傳資源就是基因資源,基因是存在DNA分子上的遺傳信息,保住了DNA就是保住了遺傳資源。從DNA水平可以全面、準(zhǔn)確地分析種群的遺傳變異。自人類基因組計(jì)劃實(shí)施以來(lái),全球同步開展了豬、牛、羊、馬、家禽等動(dòng)物遺傳圖譜和物理圖譜的構(gòu)建工作,一些影響數(shù)量性狀較大的QTL得到定位,利用基因克隆技術(shù)可以組建動(dòng)物基因組文庫(kù),使一些獨(dú)特的遺傳資源得到長(zhǎng)期的保存,將來(lái)需要時(shí)可通過(guò)轉(zhuǎn)基因技術(shù)在動(dòng)物群體中出現(xiàn),DNA文庫(kù)是活體保種的一種有效補(bǔ)充形式,我國(guó)已保存363個(gè)地方豬品種,85個(gè)地方牛品種,71個(gè)地方羊品種共13000多份個(gè)體的基因組DNA。4.構(gòu)建細(xì)胞庫(kù)保存遺傳資源技術(shù)細(xì)胞包含生物所有的遺傳信息,保存了細(xì)胞就保存遺傳資源,現(xiàn)將構(gòu)建細(xì)胞庫(kù)的主要技術(shù)簡(jiǎn)介如下。(1)實(shí)驗(yàn)室準(zhǔn)備工作:1)實(shí)驗(yàn)室要求和所需主要儀器設(shè)備細(xì)胞體外培養(yǎng)的實(shí)驗(yàn)室要求無(wú)菌操作,防止微生物污染和有害物質(zhì)的影響。按功能不同把細(xì)胞培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)室分為準(zhǔn)備室、緩沖室、培養(yǎng)室等3個(gè)主要部分。準(zhǔn)備室主要用于培養(yǎng)器皿的清洗、包裝、培養(yǎng)物質(zhì)的準(zhǔn)備和消毒以及供應(yīng)物品的保藏等。布置于該室的設(shè)備主要有水槽和盛物臺(tái)、烤箱、電熱干燥消毒箱、高壓蒸汽消毒器、水純化裝置、物品準(zhǔn)備臺(tái)以及其他附屬設(shè)備。緩沖室的主要作用在于減少工作人員將外界污染物帶入培養(yǎng)室的可能,一般在3~5平方米即可。培養(yǎng)室常被稱為無(wú)菌室,專門用于細(xì)胞培養(yǎng)和各種無(wú)菌操作。該室應(yīng)盡量避免受到外界環(huán)境的污染,其基本要求為:清潔、無(wú)菌、干燥和不通風(fēng)。一般放置的儀器設(shè)備有:超凈工作臺(tái)、倒置顯微鏡、二氧化碳培養(yǎng)箱、真空泵、冰箱、低速離心機(jī)等。培養(yǎng)室和緩沖室的天花板上均應(yīng)吊裝消毒用的紫外線燈,以保證殺毒效果,紫外燈距地面不超過(guò)2.5米。另外,在構(gòu)建細(xì)胞庫(kù)作為遺傳資源長(zhǎng)久保存時(shí)還需要相應(yīng)的超低溫冷凍保存裝置及貯備室。常用的就是液氮灌和低溫冰箱,可以根據(jù)具體情況選擇不同的型號(hào)。2)細(xì)胞體外培養(yǎng)所需的主要器具用于細(xì)胞體外培養(yǎng)的器具主要有過(guò)濾除菌裝置、手術(shù)器械、培養(yǎng)器皿、移液器。大部分培養(yǎng)用液只能通過(guò)過(guò)濾的方法進(jìn)行除菌消毒。常用的過(guò)濾除菌裝置有Zeiss濾器、玻璃漏斗式濾器和微孔濾膜濾器等。在操作過(guò)程中使用的主要手術(shù)器械包括手術(shù)刀柄及刀片、組織剪、虹膜剪、鑷子、持針器等。體外培養(yǎng)需使用大量的各式器皿,可分為一次性和可重復(fù)使用兩類,主要有溶液瓶、培養(yǎng)瓶、玻璃錐形瓶、培養(yǎng)皿、多孔培養(yǎng)板、移液管和吸管、移液器等;另外一般還配備了篩網(wǎng)和細(xì)胞刮刀等特殊用具,篩網(wǎng)用于過(guò)濾消化處理后的細(xì)胞懸液,細(xì)胞刮刀用于將貼壁生長(zhǎng)的培養(yǎng)細(xì)胞從培養(yǎng)器皿的壁上刮下來(lái)。3)細(xì)胞體外培養(yǎng)所需的培養(yǎng)用液培養(yǎng)用液指為保證細(xì)胞體外生存和生長(zhǎng)而提供的各種溶液,主要包括培養(yǎng)基(液)、緩沖液、平衡鹽溶液、血清以及消化液、PH調(diào)整液和抗生素液等其他常用液。培養(yǎng)基按來(lái)源不同分為天然培養(yǎng)基和合成培養(yǎng)基。天然培養(yǎng)基主要包括各種動(dòng)物血清、水解乳蛋白以及自制的體液或組織提取液等。動(dòng)物細(xì)胞培養(yǎng)常用的血清有胎牛血清、新生牛血清或成年血清、馬血清、雞血清、兔血清、羊血清以及人血清等。其中以胎牛血清、新生牛血清應(yīng)用最廣泛。合成培養(yǎng)基指根據(jù)模擬、借鑒細(xì)胞在體內(nèi)生存生長(zhǎng)的各種條件設(shè)計(jì)出類似體內(nèi)環(huán)境而適宜細(xì)胞在體外生存和生長(zhǎng)的各種培養(yǎng)基。合成培養(yǎng)基已被廣泛應(yīng)用于體外培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)。(2)細(xì)胞系的構(gòu)建:細(xì)胞系是指從原代培養(yǎng)物經(jīng)過(guò)傳代培養(yǎng)后獲得的一群不均一的細(xì)胞,可分為有限細(xì)胞系和無(wú)限細(xì)胞系。在體外生存期有限的細(xì)胞系稱之為有限細(xì)胞系;在體外可以持續(xù)生存,具有無(wú)限繁殖能力的細(xì)胞系稱為無(wú)限細(xì)胞系。1)培養(yǎng)方法的選擇由于培養(yǎng)的對(duì)象不同,擬放置的培養(yǎng)器皿不同以及維持生存與生活所需條件的差異,細(xì)胞體外培養(yǎng)可分為許多不同的方法和技術(shù)。常采用細(xì)胞培養(yǎng)方法有:懸滴培養(yǎng)法、培養(yǎng)瓶培養(yǎng)法、蓋玻片培養(yǎng)法、旋轉(zhuǎn)管培養(yǎng)法、克隆培養(yǎng)法、中空纖維細(xì)胞培養(yǎng)技術(shù)、微載體細(xì)胞培養(yǎng)法和灌注小室培養(yǎng)法等。現(xiàn)簡(jiǎn)單介紹幾種常用的方法。①懸滴培養(yǎng)法:懸滴培養(yǎng)法又可分為單蓋片懸滴培養(yǎng)法和雙蓋片懸滴培養(yǎng)法。單蓋片懸滴培養(yǎng)法是最早建立的體外培養(yǎng)經(jīng)典方法,它是將組織或器官植塊接種在基質(zhì)蓋片上(一張蓋玻片),加上一滴培養(yǎng)液,翻轉(zhuǎn)基質(zhì)蓋片,使植塊及營(yíng)養(yǎng)液滴懸掛在生長(zhǎng)基質(zhì)表面,置基質(zhì)蓋片于一凹載片上,用蠟密封后放入培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。雙蓋片懸滴培養(yǎng)法是將植塊種植在生長(zhǎng)基質(zhì)蓋片上,而用另一張蓋玻片封閉培養(yǎng)環(huán)境,其要點(diǎn)在于在更新培養(yǎng)基或者繼續(xù)培養(yǎng)時(shí)只需將舊的載體玻璃片取下,換上另一張無(wú)菌的載體蓋波片,無(wú)需更換種植組織塊的生長(zhǎng)基質(zhì)蓋片,因而極大地方便了更換培養(yǎng)液的過(guò)程,減少培養(yǎng)基被污染的概率。②培養(yǎng)瓶培養(yǎng)法:指將培養(yǎng)對(duì)象直接接種在培養(yǎng)瓶?jī)?nèi)再入培養(yǎng)箱進(jìn)行培養(yǎng)的方法。一般采用的是一次性使用的塑料培養(yǎng)瓶。對(duì)用于細(xì)胞培養(yǎng)的培養(yǎng)瓶有特殊的要求,第一是用于制造培養(yǎng)瓶的玻璃或塑料材料對(duì)細(xì)胞無(wú)毒害作用的透明物質(zhì);第二,培養(yǎng)瓶要具有適于顯微鏡進(jìn)行觀察的扁平形狀??筛鶕?jù)具體情況選用不同規(guī)格大小的型號(hào)。③旋轉(zhuǎn)管培養(yǎng)法:對(duì)傳統(tǒng)的培養(yǎng)瓶培養(yǎng)皿而言,進(jìn)行培養(yǎng)的主要方式就是將培養(yǎng)物在培養(yǎng)液中靜置培養(yǎng),細(xì)胞周圍的營(yíng)養(yǎng)環(huán)境、氣體環(huán)境以及代謝產(chǎn)物基本上都是由物質(zhì)逐漸擴(kuò)散得以保持的,具有細(xì)胞周圍的物質(zhì)環(huán)境不均勻的缺點(diǎn)。旋轉(zhuǎn)管培養(yǎng)法就是為了解決這個(gè)問(wèn)題而發(fā)展出來(lái)的,它是將所培養(yǎng)的組織細(xì)胞接種在一管狀培養(yǎng)皿內(nèi),再將旋轉(zhuǎn)管固定在一可旋轉(zhuǎn)的裝置上,邊旋轉(zhuǎn)邊培養(yǎng);其優(yōu)點(diǎn)在于所培養(yǎng)的組織細(xì)胞將交替接觸培養(yǎng)液和氣體環(huán)境,有利用組織的均勻生長(zhǎng)。④克隆培養(yǎng)法:也稱為單細(xì)胞分離法,是將從細(xì)胞懸液中獲得的單個(gè)細(xì)胞用于培養(yǎng),使之分裂增值而產(chǎn)生一個(gè)細(xì)胞群的培養(yǎng)方法。它強(qiáng)調(diào)培養(yǎng)產(chǎn)物的單一性而排除異質(zhì)性,所獲得的培養(yǎng)產(chǎn)物為遺傳特性幾乎完全相同的純細(xì)胞系,即細(xì)胞株。2)樣品的采集與處理構(gòu)建細(xì)胞庫(kù)的樣品主要有動(dòng)物胚胎和成年動(dòng)物組織。在遺傳資源保存的細(xì)胞庫(kù)構(gòu)建中常常使用的是采集成年動(dòng)物組織,取材部位一般在體表,如耳組織。取樣步驟為:=1\*GB3①對(duì)取材部位進(jìn)行消毒后取一約1cm2左右的組織小塊,迅速放入冰冷的已加抗生素的培養(yǎng)液或平衡液中,在密封的容器內(nèi)盡快送到實(shí)驗(yàn)室。=2\*GB3②組織塊運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室后,盡快更換抗生素溶液,盡量除去表面血污及毛發(fā)等污染物,然后將其切成小塊,放置培養(yǎng)液中備用。3)原代培養(yǎng)原代培養(yǎng)也叫初代培養(yǎng),是從供體取得組織后在體外進(jìn)行的首次培養(yǎng)。原代培養(yǎng)的成功與否與樣品的處理即清洗、供體年齡、操作、培養(yǎng)基的選擇等多方面因素相關(guān)。供體年齡越小、處理樣品時(shí)間越短,原代培養(yǎng)的成功率越高。原代培養(yǎng)主要包括有植塊培養(yǎng)、分離(散)細(xì)胞培養(yǎng)、懸浮細(xì)胞培養(yǎng)和器官培養(yǎng)等。其中植塊培養(yǎng)常被用于種質(zhì)資源細(xì)胞庫(kù)的構(gòu)建中。其基本過(guò)程為:將上面取得的材料切成1mm3大小的植塊,再將植塊接種到培養(yǎng)器皿內(nèi),加入培養(yǎng)液,然后將培養(yǎng)皿放入培養(yǎng)箱內(nèi)培養(yǎng)。該步的主要目的在于讓植塊內(nèi)的細(xì)胞從植塊內(nèi)遷移出來(lái)并在植塊外分裂增值,然后將植塊移除,從而得到細(xì)胞培養(yǎng)物。4)傳(繼)代培養(yǎng)在植塊培養(yǎng)物生長(zhǎng)一定時(shí)間后,從植塊內(nèi)長(zhǎng)出的細(xì)胞會(huì)越來(lái)越多,同時(shí)不斷地分裂增值,逐漸長(zhǎng)滿所附著的生長(zhǎng)基質(zhì)表面,細(xì)胞之間就會(huì)逐漸發(fā)生接觸性抑制現(xiàn)象,植塊培養(yǎng)物就可能會(huì)停止生長(zhǎng)。這種情況下,需要將培養(yǎng)物分割成小的部分,重新接種到另外的培養(yǎng)器皿內(nèi)繼續(xù)培養(yǎng),這個(gè)過(guò)程就叫做傳代。再培養(yǎng)主要包括清洗、消化和分瓶等步驟。清洗:棄除培養(yǎng)瓶?jī)?nèi)舊的培養(yǎng)液,用預(yù)熱至37℃的0.9%NaCl液洗細(xì)胞2~3次,以除去殘余的血清和脫落的組織塊及死細(xì)胞。消化:向瓶?jī)?nèi)加入適量消化酶,倒置培養(yǎng)瓶于溫箱中預(yù)熱至37℃,然后翻轉(zhuǎn)消化30秒。在倒置顯微鏡下觀察,細(xì)胞質(zhì)回縮,細(xì)胞間隙增大時(shí),加入全培養(yǎng)液并用吸管反復(fù)輕輕吹打瓶壁細(xì)胞,使細(xì)胞脫落形成細(xì)胞懸液。分瓶:按1∶2或1∶3的比例分瓶,放入培養(yǎng)箱中繼續(xù)培養(yǎng)。(3)培養(yǎng)細(xì)胞系的鑒定:細(xì)胞在傳代培養(yǎng)后需對(duì)其進(jìn)行檢測(cè)鑒定,判斷是否符合所需的各項(xiàng)指標(biāo)。畜禽種質(zhì)資源細(xì)胞庫(kù)的鑒定內(nèi)容主要以世界最大,最權(quán)威的細(xì)胞庫(kù)——美國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心(AmericanTypeCultureCollection,ATCC)的檢測(cè)內(nèi)容為標(biāo)準(zhǔn)。其檢測(cè)項(xiàng)目有:①培養(yǎng)簡(jiǎn)歷:組織來(lái)源日期、物種、性別、年齡、供體正常或異常健康狀態(tài)、細(xì)胞已傳代數(shù)等。②培養(yǎng)液:培養(yǎng)基種類和名稱、血清來(lái)源和含量。③凍存液:培養(yǎng)基和凍存液名稱。④細(xì)胞活力:凍存前后細(xì)胞成活率和生長(zhǎng)特性。⑤細(xì)胞形態(tài)類型:上皮細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、B淋巴細(xì)胞或其他細(xì)胞等。⑥核型:二倍體或多倍體,有無(wú)標(biāo)記染色體。⑦無(wú)污染檢測(cè):無(wú)細(xì)菌、真菌、支原體、原蟲和病毒等污染。⑧物種檢測(cè):檢測(cè)同工酶,以證明細(xì)胞沒(méi)有交叉污染。⑨免疫檢測(cè):1~—2種血清學(xué)檢測(cè)。另外,中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧研究所“重要瀕危畜禽品種體細(xì)胞庫(kù)構(gòu)建及其生物學(xué)特性研究”課題組在此基礎(chǔ)上又添加了5個(gè)檢測(cè)項(xiàng)目,分別為染色體帶型分析:通過(guò)G帶、C帶、Q帶和Ag-NORs的分布和數(shù)量確定細(xì)胞種源,以及通過(guò)復(fù)制帶來(lái)確定性染色體;檢測(cè)培養(yǎng)細(xì)胞在基因表達(dá)中是否履行其正常功能;培養(yǎng)細(xì)胞與新鮮動(dòng)物組織同種同基因序列的比較研究;確定不同品種細(xì)胞的生長(zhǎng)規(guī)律,鑒定細(xì)胞生長(zhǎng)發(fā)育狀況和培養(yǎng)細(xì)胞數(shù)量檢測(cè)。(4)細(xì)胞系的冷凍保存:在細(xì)胞系構(gòu)建成功后,需對(duì)其進(jìn)行冷凍保存。其主要步驟如下:1)換液:將要凍存的細(xì)胞于凍存前24h更換新鮮培養(yǎng)液;2)消化:常規(guī)法消化細(xì)胞,加培養(yǎng)液終止反應(yīng),將同一個(gè)體的細(xì)胞收集于一培養(yǎng)瓶中;3)記數(shù):紅細(xì)胞計(jì)數(shù)板計(jì)數(shù)凍存細(xì)胞總數(shù);4)收集:離心去上清液,加入4℃的凍存液,混勻后調(diào)整細(xì)胞密度為每毫升3~-4×106個(gè)細(xì)胞,用吸管輕輕吹打使細(xì)胞分散均勻;5)分裝:分裝入滅菌的凍存管中,嚴(yán)密封口,標(biāo)明動(dòng)物名稱、性別、培養(yǎng)代數(shù)、凍存日期、個(gè)體編號(hào)等;6)預(yù)凍:將凍存管放入裝有異丙醇的凍存盒中,置4℃20~-30min,使其充分滲透到細(xì)胞內(nèi),達(dá)到內(nèi)外平衡后置于-70℃冰箱中過(guò)夜;7)凍存:提出凍存管放入液氮柜中,長(zhǎng)期保存;(5)細(xì)胞復(fù)蘇在需要使用冷凍保存的細(xì)胞時(shí),首先得對(duì)其進(jìn)行解凍處理,主要過(guò)程有:1)解凍:將凍存管從液氮中取出,迅速投入42℃水浴中,不停的晃動(dòng),見(jiàn)余有小冰團(tuán)黃豆粒大小時(shí)放入超凈工作臺(tái)內(nèi);2).加液:用吸管將細(xì)胞移入加有培養(yǎng)液的培養(yǎng)瓶中,輕輕吹打均勻,放置于培養(yǎng)箱中培養(yǎng),過(guò)夜換液繼續(xù)培養(yǎng)。5.可用于保存遺傳資源的其他生物新技術(shù)20世紀(jì)60年代以來(lái),細(xì)胞生物技術(shù)進(jìn)入了快速發(fā)展階段,取得了豐碩成果,一些技術(shù)已進(jìn)入實(shí)用階段。胚胎干細(xì)胞(ES細(xì)胞)是指從早期胚胎內(nèi)細(xì)胞團(tuán)(ICM)或桑椹胚分離和克隆的具有全能性的細(xì)胞。1981年,Evans和Kaufman首先首次分離得到小鼠ES細(xì)胞,并建立了ES細(xì)胞系。由于ES細(xì)胞具有在體外誘導(dǎo)分化為各種功能性細(xì)胞的特性,它被廣泛應(yīng)用于動(dòng)物克隆、轉(zhuǎn)因動(dòng)物的生產(chǎn)、真核細(xì)胞基因的表達(dá)與調(diào)控、人類遺傳病動(dòng)物模型的創(chuàng)建,人類器官移植材料的生產(chǎn)以及細(xì)胞分化機(jī)制的研究等領(lǐng)域。ES細(xì)胞系作為一種有效的遺傳資源保護(hù)方式,它可以大大地提高繁殖效率,迅速擴(kuò)大瀕危動(dòng)物的群體數(shù)量,同時(shí)也可以采用冷凍的全能性細(xì)胞作供體進(jìn)行細(xì)胞核移植克隆已經(jīng)滅絕或?yàn)l臨滅絕的物種,近年來(lái)已經(jīng)相繼在牛、羊、豬等大動(dòng)物建立ES細(xì)胞系。克隆即無(wú)性繁殖、非有性繁殖或細(xì)胞核移植等技術(shù)的總稱。動(dòng)物克隆主要指由一個(gè)細(xì)胞或個(gè)體,以無(wú)性繁殖的方式產(chǎn)生具有完全相同的遺傳性狀的細(xì)胞群或新個(gè)體。動(dòng)物克隆發(fā)展已經(jīng)由胚胎克隆逐漸過(guò)渡到體細(xì)胞克隆,即核移植技術(shù):取出一個(gè)雙倍體細(xì)胞核移入一個(gè)去核的卵細(xì)胞,并在一定條件下進(jìn)行核卵重組,再植入代孕母體中發(fā)育成新個(gè)體的過(guò)程??寺】赏ㄟ^(guò)胚胎分割、胚胎細(xì)胞克隆、體細(xì)胞克隆三條途徑來(lái)保存種質(zhì)資源,1996年英國(guó)報(bào)道克隆羊“多利”成功后,先后報(bào)道了牛、猴、兔、鼠等動(dòng)物克隆成功的事例,利用克隆技術(shù)可保存種群各個(gè)體的若干份數(shù)量的DNA組,結(jié)合胚胎移植技術(shù),使與現(xiàn)有遺傳資源相同的物種重現(xiàn)。此外,冷凍保存卵母細(xì)胞技術(shù)也是一種具有發(fā)展?jié)摿Φ倪z傳資源保護(hù)方法。四、家畜遺傳資源的管理與利用家畜遺傳資源保護(hù)與利用工作是一項(xiàng)基礎(chǔ)性、社會(huì)性、公益性工作,不僅是一項(xiàng)技術(shù)性很強(qiáng)的工作,而且涉及多部門、多學(xué)科、需要投入大量的各類人才和物力。在家畜遺傳資源保護(hù)與開發(fā)方面要實(shí)現(xiàn)突破,有新的發(fā)展,必須統(tǒng)籌規(guī)劃,調(diào)動(dòng)各方面的積極性,采取切實(shí)可行的措施。近年來(lái),在聯(lián)合國(guó)糧農(nóng)組織,有關(guān)國(guó)際組織如:聯(lián)合國(guó)環(huán)境規(guī)劃所(UNEP),國(guó)際稀有品種研究會(huì)(RBI),亞太地區(qū)育種研究促進(jìn)會(huì)(SABRAO)及一些國(guó)家的政府的積極努力和協(xié)調(diào)下,制定了全球和各國(guó)的家畜遺傳資源管理策略。以便更好的了解、維護(hù)、開發(fā)利用和評(píng)估家畜遺傳資源。家畜遺傳資源的保護(hù)和利用是全球動(dòng)物遺傳資源保護(hù)工作中最重要的組成部分,我國(guó)是一個(gè)家畜遺傳多樣性特別豐富的大國(guó),今后在該項(xiàng)工作中的基本路線是:立足畜禽品種資源保護(hù),有計(jì)劃地進(jìn)行選育提高,面向市場(chǎng)開發(fā)利用,逐步形成保護(hù)和利用的良性循環(huán),保種工作突出重點(diǎn),實(shí)行分級(jí)負(fù)責(zé)。建立與國(guó)民經(jīng)濟(jì)和社會(huì)發(fā)展相適應(yīng)的保護(hù)和管理體系,把畜禽遺傳資源保護(hù)與開發(fā)推向高水平。1.家畜遺傳資源的監(jiān)測(cè)家畜遺傳資源的管理涉及多學(xué)科、多部門,是一項(xiàng)龐大的系統(tǒng)工作,需全球各國(guó)、一個(gè)國(guó)家內(nèi)各部門協(xié)調(diào)行動(dòng),制定一個(gè)科學(xué)合理的系統(tǒng),畜禽遺傳資源監(jiān)測(cè)應(yīng)包括以下內(nèi)容:1)制定長(zhǎng)遠(yuǎn)計(jì)劃,2)專業(yè)隊(duì)伍建設(shè),3)融資渠道,保證經(jīng)費(fèi)來(lái)源,4)開展資源普查,確定重點(diǎn)品種,5)確定具有獨(dú)特種質(zhì)特性的群體和瀕危群體,6)建立系統(tǒng)保護(hù)與利用法規(guī),權(quán)威的執(zhí)法機(jī)構(gòu),7)維護(hù)遺傳資源設(shè)施、場(chǎng)地建設(shè),8)建立遺傳資源評(píng)估體系,=9\*GB3⑨種質(zhì)和信息系統(tǒng),建立資源數(shù)據(jù)庫(kù),=10\*GB3⑩制定利益共享體系、國(guó)際合作交流的能力建設(shè),促進(jìn)家畜遺傳資源管理和利用的研究。要實(shí)施有效的畜禽遺傳資源保護(hù),必須掌握群體的基本情況,最主要掌握群體規(guī)模的變化,即進(jìn)行有效的品種資源監(jiān)測(cè)。主要的監(jiān)測(cè)指標(biāo)有:1)種群主要的地理分布區(qū)域,2)種群的群體規(guī)模和群體結(jié)構(gòu),3)品種種質(zhì)特性變化,如:體型外貌、主要生產(chǎn)性能、抗病力等,4)遺傳結(jié)構(gòu)的變化,5)品種的現(xiàn)狀及利用情況,1)品種的受危程度,1)中心分布區(qū)域的地理生態(tài)環(huán)境及其變化。2.家畜遺傳資源數(shù)據(jù)庫(kù)遺傳資源處于動(dòng)態(tài)的過(guò)程,為了科學(xué)合理有效地實(shí)施遺傳資源的管理,從事該工作的管理者、科技人員需要及時(shí)、準(zhǔn)確了解遺傳資源的相關(guān)信息。遺傳多樣性管理數(shù)據(jù)庫(kù)是《生物多樣性公約》締約國(guó)會(huì)議中期方案的重點(diǎn)工作,也是歷次締約國(guó)大會(huì)的主要議題,聯(lián)合國(guó)環(huán)境規(guī)劃署利用GEF資金于1995年啟動(dòng)了“生物多樣性數(shù)據(jù)管理與信息網(wǎng)絡(luò)化能力建設(shè)”項(xiàng)目(BDM),取得了豐碩的成果,目前已建成諸多的遺傳資源數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)。如世界保護(hù)監(jiān)測(cè)中心(WCMC),生物多樣性保護(hù)信息系統(tǒng),國(guó)際自然保護(hù)聯(lián)盟(IUCN),中國(guó)畜禽品種資源數(shù)據(jù)庫(kù),目前世界上家畜遺傳資源最大的數(shù)據(jù)庫(kù)是FAO的iDAD-iS。遺傳多樣性信息具有復(fù)雜性、數(shù)據(jù)龐大、時(shí)空性和特殊性的特點(diǎn)。要求信息庫(kù)不僅存儲(chǔ)量大,而且能提供空間、時(shí)間、動(dòng)態(tài)的儲(chǔ)存和分析能力,因此,要應(yīng)用數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)(DBMS),地理信息系統(tǒng)(GIS),遙感技術(shù)(RS),全球定位系統(tǒng)(GPS)等技術(shù)手段進(jìn)行遺傳多樣性信息的采集和管理。(1)家畜遺傳多樣性信息的類型:1)生物多樣性(CBD)確定的信息模型①生物多樣性主要信息類型:生態(tài)系統(tǒng)與生境;物種和群落;已發(fā)現(xiàn)的對(duì)社會(huì)、科學(xué)和經(jīng)濟(jì)有重要價(jià)值的基因組和基因。②擴(kuò)展的信息類型技術(shù)方面:包括生物多樣性監(jiān)測(cè)和評(píng)價(jià)技術(shù)的信息,如數(shù)據(jù)采集技術(shù),計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和通訊,遙感,地理信息系統(tǒng),數(shù)據(jù)庫(kù)技術(shù)和標(biāo)準(zhǔn)。生物技術(shù)及其價(jià)值與風(fēng)險(xiǎn)方面:包括有關(guān)生物技術(shù)研究和應(yīng)用安全的信息交流,生物資源的價(jià)值及其傳統(tǒng)利用的特征。環(huán)境統(tǒng)計(jì)學(xué)和經(jīng)濟(jì)學(xué)方面:包括資源利用、生物多樣性價(jià)值、土地利用、利益和公平分享、自然資源的利用、貿(mào)易、經(jīng)濟(jì)學(xué)等方面的信息。政策方面:包括政策制定、建模、決策支持系統(tǒng)和技術(shù)、授權(quán)和公共咨詢技術(shù)等方面的信息。人類因素方面:包括人口、健康、社會(huì)條件、土著知識(shí)以及這些與生態(tài)多樣性間的相互關(guān)系。法律方面:包括環(huán)境立法、公約、議定書、法規(guī)和標(biāo)準(zhǔn)等方面的信息。2)UNEP生物多樣性國(guó)情研究指南歸納的信息類型UNEP生物多樣性國(guó)情研究指南(1993)闡明了較重要的信息需求,特別是對(duì)評(píng)價(jià)和戰(zhàn)略制定較重要的幾類信息。①生物信息:這是生物多樣性保護(hù)的基本點(diǎn)—核心數(shù)據(jù),其中包括物種、生態(tài)系統(tǒng)和遺傳資源的數(shù)據(jù),涉及到資源的現(xiàn)狀和分布、功能關(guān)系以及支持該學(xué)科的工具開發(fā)。②自然條件的信息:有關(guān)自然條件,如氣候、地形和水文的信息。③社會(huì)經(jīng)濟(jì)的信息:生物資源的利用和濫用實(shí)際上是社會(huì)經(jīng)濟(jì)因子的函數(shù)。重要數(shù)據(jù)有森林的監(jiān)測(cè)、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)方法的影響,或人口中心以及交通路線的分布。自然資源的獲取和利用是較重要的數(shù)據(jù),它常常構(gòu)成地方經(jīng)濟(jì)中一個(gè)基本組成部分。④費(fèi)用和效益的信息:為了有效地管理生物多樣性,必須了解生物多樣性的真正價(jià)值以及管理方式的費(fèi)用和效益。這就需要涉及到諸多如管理保護(hù)區(qū)系統(tǒng)的費(fèi)用,旅游收入的水平以及流域保護(hù)的間接效益等。⑤威脅壓力的信息:為了改善各種生物資源的管理,查明和監(jiān)測(cè)有關(guān)生物多樣性潛在和實(shí)際威脅因素,對(duì)任何信息管理項(xiàng)目計(jì)劃皆具有重要意義,因?yàn)槿魏涡畔⒐芾碛?jì)劃皆需要考慮到直接因素外的影響,以及人類活動(dòng)的潛在影響。⑥持續(xù)管理的信息:生物多樣性保護(hù)體現(xiàn)在對(duì)資源的有效和持續(xù)的管理,而評(píng)價(jià)此種管理,不僅需要生物多樣性本身的信息(如現(xiàn)狀與分布),而且還需要過(guò)去和現(xiàn)在的管理活動(dòng)的信息,特別是生物多樣性利用的信息。⑦信息源的信息:需要有關(guān)信息模型、標(biāo)準(zhǔn)、技術(shù)以及信息交流機(jī)構(gòu)和專家技能等方面的信息。(2)遺傳多樣性保護(hù)核心數(shù)據(jù)的確定:保護(hù)生物多樣性的信息需求主要集中在生態(tài)系統(tǒng)和生境、生物群落、基因組和基因這三個(gè)層次上。即要求查明以下的核心數(shù)據(jù):1)擁有高度多樣性、大量特有種或受威脅種的生態(tài)系統(tǒng)或荒野地;遷徙物種所需的生境;具有社會(huì)、經(jīng)濟(jì)、文化或科學(xué)重要性的生態(tài)系統(tǒng);或具有代表性、獨(dú)特性,或與關(guān)鍵重要的進(jìn)化或其他生物學(xué)過(guò)程相聯(lián)系的生態(tài)系統(tǒng)。2)受威脅的物種及其群落;馴養(yǎng)物種的野生親緣種及其群落;具有醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)或其他經(jīng)濟(jì)價(jià)值的物種及群落;具有社會(huì)、科學(xué)研究或文化重要性的物種及群落。3)對(duì)社會(huì)、科學(xué)或經(jīng)濟(jì)具有重要意義的基因組和基因。(3)畜禽遺傳資源數(shù)據(jù)庫(kù)的具體內(nèi)容:家養(yǎng)動(dòng)物遺傳資源多媒體數(shù)據(jù)庫(kù)的主要內(nèi)容包括:家養(yǎng)動(dòng)物遺傳資源種類、分布、生態(tài)、種群數(shù)量、特性特征、生產(chǎn)性能、保護(hù)和利用方向、預(yù)警線、種群及個(gè)體的聲、像、圖等信息。(4)畜禽遺傳資源數(shù)據(jù)管理工具:1)硬件決定使用什么樣結(jié)構(gòu)的計(jì)算機(jī)來(lái)開發(fā)信息系統(tǒng),在很大程度上就決定了使用什么樣的軟件工具來(lái)管理數(shù)據(jù)。結(jié)構(gòu)通常有幾種選擇:=1\*GB3①獨(dú)立運(yùn)行的計(jì)算機(jī);=2\*GB3②局域網(wǎng),數(shù)據(jù)庫(kù)軟件安裝在文件服務(wù)器上;=3\*GB3③客戶—服務(wù)器結(jié)構(gòu);=4\*GB3④由數(shù)臺(tái)計(jì)算機(jī)用專線或撥號(hào)線聯(lián)結(jié)在一起構(gòu)成的分布式數(shù)據(jù)庫(kù)。2)軟件①數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng):數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)(DBMS)通過(guò)用戶自己制定的表格可以方便的輸入新的記錄或者修改已有的記錄。數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)可以找出用戶需要的記錄產(chǎn)生輸出報(bào)表,以匯總的形式提供信息。常用的數(shù)據(jù)庫(kù)軟件有MSAcess、FoxPro、Informix、Oracle、SQLserver等。②電子表格軟件:電子表格軟件指帶有繪圖功能的自動(dòng)計(jì)算板。數(shù)字放入柵格后,它會(huì)自動(dòng)進(jìn)行計(jì)算,并把結(jié)果存在指定地方。常用的電子表格軟件有Excel、Lotus等。③統(tǒng)計(jì)軟件包:常用的數(shù)據(jù)計(jì)算可以用數(shù)據(jù)庫(kù)或者電子表格等完成,但是
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